PDB-6moi: Dimeric DARPin C_angle_R5 complex with EpoR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6moi

タイトル

Dimeric DARPin C_angle_R5 complex with EpoR

要素

Dimeric DARPing CCR5 (C_angle_R5)
Erythropoietin receptor

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / DARPin / complex / receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / erythropoietin-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / decidualization / Erythropoietin activates RAS / cytokine-mediated signaling pathway / brain development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.065 Å

データ登録者

Jude, K.M. / Mohan, K. / Garcia, K.C. / Guo, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Topological control of cytokine receptor signaling induces differential effects in hematopoiesis.
著者: Mohan, K. / Ueda, G. / Kim, A.R. / Jude, K.M. / Fallas, J.A. / Guo, Y. / Hafer, M. / Miao, Y. / Saxton, R.A. / Piehler, J. / Sankaran, V.G. / Baker, D. / Garcia, K.C.

履歴

登録	2018年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年10月21日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6moi.cif.gz	187.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6moi.ent.gz	147.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6moi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6moi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6moi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6moeC 6mofC 6mogC 6mohC 6mojC 6mokC 6molC 1ernS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4avq-d 4geu-d 3tlj-d 5h12-d 3v7t-d 4awf-d 4mpw-1 3g06-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/621 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dimeric DARPing CCR5 (C_angle_R5)

B: Erythropoietin receptor

ヘテロ分子

50.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dimeric DARPing CCR5 (C_angle_R5)

B: Erythropoietin receptor

ヘテロ分子

A: Dimeric DARPing CCR5 (C_angle_R5)

B: Erythropoietin receptor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.748, 112.748, 280.793
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dimeric DARPing CCR5 (C_angle_R5) 分子量: 24343.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Erythropoietin receptor / EPO-R 分子量: 25129.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19235

-
非ポリマー , 7種, 51分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#8: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.3 M magnesium sulfate, 0.1 M bis-tris propane pH 7, 22.5% PurePEGs cocktail (Anatrace), 30% ethylene glycol cryoprotectant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.065→48.821 Å / Num. obs: 29498 / % possible obs: 45.01 % / 冗長度: 37.3 % / B_iso Wilson estimate: 44.32 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.4664 / R_pim(I) all: 0.08034 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.065→2.421 Å / 冗長度: 25.2 % / R_merge(I) obs: 3.143 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1475 / CC_1/2: 0.151 / R_pim(I) all: 6.339 / % possible all: 1.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS	Jan 26, 2018	データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: predicted model; 1ERN

1ern

解像度: 2.065→48.821 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.08
詳細: Refined against elliptically truncated data 3.026 (0.894 a* - 0.447 b*) x 3.026 (b*) x 2.065 (c*)

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2512	1573	5.33 %	random
R_work	0.2145	-	-	-
obs	0.2164	29492	45.02 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.065→48.821 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3264	0	82	34	3380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3409
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.477	4613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.33	2029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	529
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	593

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0655-2.1321	0.0802	5	0.3776	84	X-RAY DIFFRACTION	2
2.1321-2.2083	0.4439	9	0.4173	166	X-RAY DIFFRACTION	3
2.2083-2.2968	0.4838	20	0.4012	337	X-RAY DIFFRACTION	6
2.2968-2.4013	0.5483	37	0.3651	647	X-RAY DIFFRACTION	12
2.4013-2.5279	0.4131	60	0.3694	1130	X-RAY DIFFRACTION	20
2.5279-2.6863	0.3098	87	0.3185	1577	X-RAY DIFFRACTION	28
2.6863-2.8936	0.3259	135	0.2993	2306	X-RAY DIFFRACTION	41
2.8936-3.1848	0.336	234	0.2904	4174	X-RAY DIFFRACTION	74
3.1848-3.6455	0.2865	319	0.2304	5687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6455-4.5924	0.2125	325	0.1757	5731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5924-48.8349	0.2177	342	0.1914	6080	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3682	0.7944	3.3917	8.3379	-3.153	7.3442	0.6083	-0.6184	0.5102	0.8129	-0.2973	-0.3694	-0.866	0.9093	-0.344	0.5325	-0.2408	0.1146	0.5915	-0.1075	0.3822	17.7134	-36.0578	16.2284
2	5.671	0.0659	3.611	1.2138	-0.9884	4.4585	0.285	-1.1454	0.6256	0.3852	-0.2363	0.1942	-0.3346	-0.7124	-0.0732	0.6297	-0.0442	0.3516	0.4114	-0.0655	0.4151	7.7987	-35.9359	13.8475
3	3.999	3.8955	-0.7602	4.5519	0.1153	3.3206	0.4516	-0.0602	-0.2754	0.1613	-0.2978	-0.2471	0.1335	0.441	-0.017	0.393	0.0378	0.1797	0.376	0.0119	0.2033	15.3937	-44.8411	9.0151
4	1.6626	0.1214	-1.1482	0.2116	-0.3357	2.5246	0.0263	-0.012	-0.0036	0.3563	-0.0156	0.1362	0.0439	0.0808	0.1314	0.6602	0.049	0.3765	0.2597	0.0584	0.2319	3.8453	-42.6427	8.3445
5	5.3271	3.4926	0.4683	6.1884	-0.1997	8.1731	-0.1173	0.4836	-0.3025	0.4915	0.2411	-0.5381	0.6124	0.8377	0.0538	0.4687	0.1139	0.2312	0.3386	-0.0125	0.1784	11.4179	-49.4942	1.1372
6	1.3055	0.9735	1.209	3.6819	-2.3429	4.6943	0.0875	0.2677	-0.0536	0.3029	0.3479	0.7057	0.0039	-0.2978	-0.385	0.4616	0.04	0.2212	0.3566	0.0452	0.1996	-0.0711	-47.5927	0.8774
7	6.6616	4.6997	-1.5144	3.3747	-1.6317	5.5875	0.4175	0.0482	0.1334	0.007	-0.3066	-0.0342	0.2083	0.3496	-0.2471	0.4161	0.112	0.0897	0.3841	-0.0435	0.1699	7.5091	-51.8092	-7.3157
8	6.5604	-1.7334	1.1836	3.6559	1.9381	2.2374	-0.0889	0.1692	-0.1156	0.2523	-0.0753	0.4176	0.5376	-0.9232	0.1307	0.5371	0.0239	0.1466	0.4532	-0.015	0.27	-2.9916	-51.0574	-8.3123
9	2.3261	0.1765	2.8185	6.2236	2.1632	4.3974	-0.0144	0.6112	0.2211	0.0654	0.2989	-0.2903	0.2172	0.2171	-0.3484	0.4322	0.0947	0.078	0.5168	0.0001	0.1818	5.2245	-53.4297	-16.518
10	3.176	-1.2068	-0.3689	5.9907	2.8507	7.2599	0.2977	0.6076	0.1891	-0.5826	-0.3829	0.2985	-0.6006	-0.5246	0.1074	0.4238	0.0188	-0.0094	0.5205	0.0196	0.1628	-0.2879	-51.8778	-22.9471
11	5.7426	-0.3925	-2.3858	6.9481	-0.6213	6.6968	0.1303	1.2196	0.6995	-1.2877	-0.1655	0.5272	-1.1663	-0.8951	0.0304	0.8234	0.1894	-0.0817	0.9578	0.0473	0.3915	-2.7885	-47.9162	-32.3977
12	4.2512	4.0247	1.6443	5.2689	0.7143	4.542	0.0122	1.0619	0.1257	-0.4425	0.2415	-0.2772	-0.0395	0.0837	-0.2149	0.7071	0.0869	0.2877	0.4758	0.0581	0.5861	14.6228	-28.6398	-12.6328
13	6.98	1.7867	-4.7816	0.4624	-1.2877	3.485	0.291	-0.03	0.7008	0.0108	-0.1177	0.3823	-0.6923	0.0187	-0.2407	0.7817	0.0855	0.2378	0.2948	0.0869	0.5023	14.673	-26.9851	-6.8995
14	3.4043	-0.6013	-1.0694	3.5891	0.4528	6.3922	-0.0058	-0.0401	0.0402	0.547	0.116	0.0446	0.6492	0.3048	-0.0485	0.4089	0.0726	0.0312	0.3093	0.1062	0.1848	42.53	-29.9094	-23.6352

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 40 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 59 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 60 through 73 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 74 through 92 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 93 through 106 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 107 through 125 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 126 through 139 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 140 through 158 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 159 through 191 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 192 through 223 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 9 through 59 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 60 through 127 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 128 through 223 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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