PDB-6mol: Monoextended DARPin M_R12 complex with EpoR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mol

タイトル

Monoextended DARPin M_R12 complex with EpoR

要素

Erythropoietin receptor
Monoextended DARPin R12 (M_R12)

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / DARPin / complex / receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development / cytokine-mediated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.163 Å

データ登録者

Jude, K.M. / Mohan, K. / Garcia, K.C. / Guo, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Topological control of cytokine receptor signaling induces differential effects in hematopoiesis.
著者: Mohan, K. / Ueda, G. / Kim, A.R. / Jude, K.M. / Fallas, J.A. / Guo, Y. / Hafer, M. / Miao, Y. / Saxton, R.A. / Piehler, J. / Sankaran, V.G. / Baker, D. / Garcia, K.C.

履歴

登録	2018年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mol.cif.gz	344.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mol.ent.gz	283.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mol.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6mol_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mol_full_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示
XML形式データ	6mol_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	6mol_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6mol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6mol	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6moeC 6mofC 6mogC 6mohC 6moiC 6mojC 6mokC 1ernS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1775 5usr-2 4f0e-d 5zzb-d 6f5f-d 2opr-d 1jle-d 6qrq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/619 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Monoextended DARPin R12 (M_R12)

B: Erythropoietin receptor

C: Erythropoietin receptor

ヘテロ分子

98.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.109, 168.109, 78.029
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Monoextended DARPin R12 (M_R12) 分子量: 48223.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Erythropoietin receptor / EPO-R 分子量: 25129.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19235
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
由来についての詳細	DARPin is a computationally designed protein.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.99 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Seeded from 0.2 M NaCl, 0.1 M CAPS pH 10.5, 20% PEG 8000 into 0.2 M ammonium tartrate and 20% PEG 3350, with 10% glycerol, 10% ethylene glycol as cryoprotectant PH範囲: 7.3-10.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033202 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033202 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.163→44.969 Å / Num. obs: 14501 / % possible obs: 66.63 % / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 109.2 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.198 / R_pim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 6.22
反射シェル	解像度: 3.163→3.4 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 2.046 / Mean I/σ(I) obs: 0.24 / Num. unique obs: 724 / CC_1/2: 0.491 / R_pim(I) all: 0.832 / % possible all: 17.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3211: ???)	精密化
XDS	Jan 26, 2018	データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: predicted model, 1ERN

1ern

解像度: 3.163→44.969 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.4
詳細: Refined against elliptically truncated data 3.144 (0.894 a* - 0.447 b*) x 3.144 (b*) x 4.58 (c*)

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2599	1370	9.46 %	random
R_work	0.2193	-	-	-
obs	0.2232	14484	66.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.163→44.969 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6511	0	6	2	6519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6661
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.494	9112
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.364	3920
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	1067
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1189

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1627-3.2757	0.4329	11	0.4657	123	X-RAY DIFFRACTION	6
3.2757-3.4068	0.4264	57	0.3901	569	X-RAY DIFFRACTION	30
3.4068-3.5618	0.383	85	0.3264	895	X-RAY DIFFRACTION	45
3.5618-3.7495	0.3686	108	0.3083	1059	X-RAY DIFFRACTION	55
3.7495-3.9843	0.3527	137	0.3119	1293	X-RAY DIFFRACTION	67
3.9843-4.2917	0.3165	160	0.2726	1515	X-RAY DIFFRACTION	77
4.2917-4.7231	0.2424	181	0.2235	1757	X-RAY DIFFRACTION	89
4.7231-5.4056	0.2573	206	0.2234	1919	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4056-6.8067	0.2687	218	0.2253	1973	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8067-44.9738	0.2008	207	0.1517	2011	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8997	-0.3249	0.0425	1.6566	1.3357	1.0653	-0.1672	-1.0355	-1.0662	0.653	-0.2064	1.2906	0.6474	-0.3648	0.4337	1.0419	-0.1401	0.4212	0.8404	0.1227	1.5245	2.1805	25.8163	28.3976
2	9.6783	3.2954	-1.7801	2.809	0.6147	1.1877	-0.1453	-0.6155	-0.5938	0.701	-0.0766	0.4967	0.2416	-0.1148	0.1426	0.7923	0.1267	-0.0892	0.4889	0.1896	0.567	32.733	30.8228	27.6386
3	2.0361	0.2838	0.2199	6.7512	-3.2458	3.4882	-0.1457	0.2779	0.1577	0.1477	-0.1458	-0.7663	-0.1454	-0.0076	0.1672	0.6292	0.0877	-0.0848	0.6185	0.2516	0.4808	49.6931	42.5628	13.2675
4	4.2495	2.3446	1.2042	6.7073	2.2703	5.7372	-0.2088	0.3252	0.1968	-0.4767	0.2066	-0.837	-0.7551	0.7857	0.1157	0.7374	-0.0357	-0.0124	0.8002	0.3482	0.5709	52.4002	54.0634	-4.2471
5	1.0589	-0.5526	1.5967	5.9412	0.7103	2.8327	-0.2153	0.7851	0.571	-1.4681	0.1681	-0.7843	-0.9871	0.4796	0.6655	1.0013	-0.0234	0.0965	1.197	0.5808	0.6495	50.8589	59.3307	-21.2435
6	1.1312	-0.0655	1.0962	0.0348	0.1881	2.9921	0.0216	0.2906	0.0656	0.0072	-0.0681	0.0671	0.119	-0.6917	0.0353	1.6316	-0.0191	-0.0842	1.3885	0.305	0.4075	46.4173	63.1274	-34.9636
7	4.9087	6.4013	-2.9115	9.2057	-2.2939	7.2546	-1.1459	0.3049	-0.6091	-2.679	-0.1495	2.0597	0.4221	-0.3252	1.1219	1.0286	0.2114	-0.3694	0.9383	-0.0282	1.4212	21.7952	49.3741	-20.9037
8	3.9302	-1.3375	-2.4241	8.4238	2.8132	9.701	0.4064	0.6866	-0.0856	-1.1106	-0.4104	-0.3863	1.6793	-0.5486	-0.1928	0.6315	0.1586	-0.0956	0.8076	-0.0202	1.0552	29.3502	47.6454	-16.9437
9	5.0851	-0.2615	-0.7725	4.2745	0.6549	4.4046	-0.7851	0.9838	0.8313	-0.9756	-0.6568	-0.2332	-0.5345	0.6314	0.6873	1.0683	0.0152	-0.0854	0.6664	-0.0515	0.6978	36.6657	39.8499	-18.7568
10	4.1446	-3.8571	-2.402	4.3272	0.7579	4.3681	-1.1259	0.7066	-0.1699	-0.1089	-0.194	1.302	0.1524	-0.3252	0.384	0.7362	-0.243	-0.1665	0.7441	0.2151	0.5811	31.0779	42.0353	-13.1679
11	8.4414	-1.2719	-1.5115	7.2812	2.751	2.1943	-0.0527	0.8241	-0.1562	-0.5065	-0.6422	-0.2429	-0.5808	-1.4673	0.2893	0.6436	0.0829	-0.0249	0.8341	0.1652	0.4532	40.3034	47.3327	-15.1824
12	8.0634	-1.4786	0.1299	2.7951	-2.3427	3.7074	-0.2245	-0.6623	0.4803	0.4935	-0.233	-0.4548	-0.3875	-0.7931	0.4854	0.6839	0.0013	-0.3496	1.0065	-0.1696	0.6548	7.8628	59.7804	-8.2136
13	3.5501	0.0874	2.1164	6.4127	-4.0076	6.1106	-0.6952	-0.5642	1.8551	-0.6437	-0.3177	-0.3137	-0.2841	-0.351	0.6783	0.7957	-0.1998	-0.6092	0.7666	-0.1075	1.4231	13.7158	66.1053	-12.7191
14	5.7205	-0.892	2.1727	9.2751	-1.8952	5.6977	-0.4932	-0.1933	1.2261	0.6789	-0.3549	0.0985	-0.7002	0.2859	0.7331	0.6542	-0.0862	-0.1743	1.0016	-0.2791	0.74	8.9632	67.5652	-11.476
15	2.3849	0.1947	-1.6606	3.0418	0.1736	1.3549	-0.4559	-0.1357	0.5897	0.3564	0.1811	-0.8434	0.0403	0.3163	-0.1201	1.035	-0.0088	-0.3266	1.0045	-0.3862	0.8205	12.5736	62.6327	-12.8843
16	5.4644	-2.3449	2.9239	4.5114	-4.5417	4.8423	-0.4716	0.4849	0.543	-0.2249	-0.8461	-1.489	-0.5513	0.0317	1.2705	1.0462	-0.0175	-0.0235	0.8759	-0.3595	1.6725	15.5515	50.7481	17.8918
17	2.8607	-0.0441	1.14	7.5123	-2.9776	5.4338	-0.956	0.309	-0.7825	0.99	1.0103	-0.1727	-0.4954	-0.4257	-0.1922	0.7401	-0.0385	0.0428	0.8528	-0.2856	0.9661	12.0926	42.8716	15.3566
18	8.6125	-0.6943	-6.8773	3.973	1.9749	8.2605	0.1644	1.7068	0.2743	0.0653	-0.1515	0.4846	-0.5182	-0.7041	0.2389	0.8936	-0.1201	-0.0046	0.7905	-0.2403	0.9869	8.785	37.7311	8.9935
19	3.3676	-0.5862	0.0872	7.4059	1.7586	0.9032	0.2733	-0.1391	-0.2151	0.7991	-0.8604	0.8892	0.2403	-0.2777	0.5184	0.7219	-0.0735	0.0173	0.8348	0.0795	0.8152	4.1302	49.6947	19.7475
20	2.4524	1.8906	2.3752	2.8508	2.0282	2.7562	0.573	-0.372	-0.5804	-0.261	0.9255	-0.1796	0.3576	0.4793	-1.0607	1.0694	-0.0202	-0.0587	0.9844	-0.0718	0.9745	2.4462	67.6996	21.3615
21	6.3083	4.9136	1.0065	8.0077	2.6469	4.6771	1.8563	0.073	0.6716	1.8196	-0.4653	0.7959	1.5912	1.092	-0.7621	1.0855	-0.1851	0.0319	0.8869	0.0223	0.5278	4.5584	63.2444	28.0711
22	9.035	0.6321	-4.0905	7.0009	0.6729	5.8427	0.705	-1.289	0.4971	0.155	-0.7462	0.4733	0.3766	-0.4489	-0.3943	1.0808	-0.0234	0.0563	1.6245	-0.0232	0.7036	9.9997	69.5752	34.6724
23	8.1307	1.3587	1.9718	8.3621	3.1363	2.8198	0.8044	-0.7882	-1.0674	1.0768	0.0626	-2.0598	0.6204	0.6497	-0.8328	0.9251	-0.2601	-0.0238	0.7466	-0.0159	1.0828	12.3296	67.2938	28.8542
24	8.5568	4.8932	1.285	8.3395	2.9464	4.1337	-0.3194	-0.217	0.207	-0.4713	0.1777	0.0098	0.0923	0.602	0.3245	0.7598	-0.0573	-0.023	0.9798	-0.1562	0.5478	9.1808	64.2138	27.2099

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 124 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 125 through 223 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 224 through 299 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 300 through 352 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 353 through 417 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 418 through 454 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 8 through 21 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 22 through 42 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 43 through 77 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 78 through 94 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 95 through 117 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 118 through 150 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 151 through 174 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 175 through 200 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 201 through 223 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 10 through 21 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 22 through 47 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 50 through 84 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 85 through 137 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 138 through 150 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 151 through 161 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 162 through 189 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 190 through 200 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 201 through 222 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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