+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6moh | ||||||
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Title | Dimeric DARPin C_R3 complex with EpoR | ||||||
Components |
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Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Complex / Receptor / DARPin | ||||||
Function / homology | Function and homology information erythropoietin receptor activity / erythropoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development ...erythropoietin receptor activity / erythropoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development / cytokine-mediated signaling pathway / heart development / nuclear speck / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Jude, K.M. / Mohan, K. / Garcia, K.C. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Science / Year: 2019 Title: Topological control of cytokine receptor signaling induces differential effects in hematopoiesis. Authors: Mohan, K. / Ueda, G. / Kim, A.R. / Jude, K.M. / Fallas, J.A. / Guo, Y. / Hafer, M. / Miao, Y. / Saxton, R.A. / Piehler, J. / Sankaran, V.G. / Baker, D. / Garcia, K.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6moh.cif.gz | 289 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6moh.ent.gz | 235 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6moh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6moh_validation.pdf.gz | 469.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6moh_full_validation.pdf.gz | 475.2 KB | Display | |
Data in XML | 6moh_validation.xml.gz | 25.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6moh_validation.cif.gz | 34.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6moh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6moh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6moeC 6mofC 6mogSC 6moiC 6mojC 6mokC 6molC 1ernS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: 10.15785/SBGRID/622 / Data set type: diffraction image data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17565.109 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Protein | Mass: 25129.424 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: EPOR / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P19235 #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.88 Å3/Da / Density % sol: 68.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.3 Details: 0.1 M HEPES pH 7.3, 1.4 M sodium potassium phosphate, 24% glycerol cryoprotectant |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.999924 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 25, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999924 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→68.02 Å / Num. obs: 18878 / % possible obs: 79.96 % / Redundancy: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 29.34 Å2 / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.8886 / Rpim(I) all: 0.2813 / Net I/σ(I): 3.07 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.315 Å / Redundancy: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 5.596 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 944 / CC1/2: 0.552 / Rpim(I) all: 1.771 / % possible all: 17.52 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6MOG, 1ERN Resolution: 3.2→68.019 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.27 Details: refined against elliptically truncated data 3.469 (a*) x 3.469 (b*) x 3.167 (c*)
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→68.019 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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