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万見
- PDB-6mgm: Helix-Loop-helix motif of mouse DNA-binding protein inhibitor ID-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mgm
タイトルHelix-Loop-helix motif of mouse DNA-binding protein inhibitor ID-1
要素DNA-binding protein inhibitor ID-1
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Helix-loop-helix DNA-binding protein inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vasculature development / negative regulation of endothelial cell differentiation / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of dendrite morphogenesis / lung vasculature development / collagen metabolic process / positive regulation of actin filament bundle assembly / endothelial cell morphogenesis / endothelial cell apoptotic process / transcription regulator inhibitor activity ...regulation of vasculature development / negative regulation of endothelial cell differentiation / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of dendrite morphogenesis / lung vasculature development / collagen metabolic process / positive regulation of actin filament bundle assembly / endothelial cell morphogenesis / endothelial cell apoptotic process / transcription regulator inhibitor activity / negative regulation of cold-induced thermogenesis / lung morphogenesis / proteasome binding / regulation of MAPK cascade / negative regulation of osteoblast differentiation / regulation of angiogenesis / BMP signaling pathway / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of epithelial cell proliferation / circadian regulation of gene expression / protein destabilization / 概日リズム / : / heart development / 細胞分化 / protein dimerization activity / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / 中心体 / apoptotic process / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA-binding protein inhibitor / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein inhibitor ID-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.791 Å
データ登録者Benezra, R. / Pavletich, N.P. / Goldgur, Y. / Gall, A.-L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)PO1 CA094060 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: A Small-Molecule Pan-Id Antagonist Inhibits Pathologic Ocular Neovascularization.
著者: Wojnarowicz, P.M. / Lima E Silva, R. / Ohnaka, M. / Lee, S.B. / Chin, Y. / Kulukian, A. / Chang, S.H. / Desai, B. / Garcia Escolano, M. / Shah, R. / Garcia-Cao, M. / Xu, S. / Kadam, R. / ...著者: Wojnarowicz, P.M. / Lima E Silva, R. / Ohnaka, M. / Lee, S.B. / Chin, Y. / Kulukian, A. / Chang, S.H. / Desai, B. / Garcia Escolano, M. / Shah, R. / Garcia-Cao, M. / Xu, S. / Kadam, R. / Goldgur, Y. / Miller, M.A. / Ouerfelli, O. / Yang, G. / Arakawa, T. / Albanese, S.K. / Garland, W.A. / Stoller, G. / Chaudhary, J. / Norton, L. / Soni, R.K. / Philip, J. / Hendrickson, R.C. / Iavarone, A. / Dannenberg, A.J. / Chodera, J.D. / Pavletich, N. / Lasorella, A. / Campochiaro, P.A. / Benezra, R.
履歴
登録2018年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein inhibitor ID-1
B: DNA-binding protein inhibitor ID-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5282
ポリマ－12,5282
非ポリマー00
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area6310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.165, 28.979, 50.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein inhibitor ID-1 / Inhibitor of DNA binding 1 / Inhibitor of differentiation 1


分子量: 6264.212 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 52-104 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Id1, Id, Id-1, Idb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20067
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 6.5), 0.2 M magnesium acetate, 10% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 8782 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rpim(I) all: 0.231 / Rsym value: 0.376

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MDY

1mdy


解像度: 1.791→21.437 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2227 934 10.64 %
Rwork0.1782 --
obs0.1832 8775 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.791→21.437 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数772 0 0 95 867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7271055
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.878493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7914-1.88580.28591280.21381087X-RAY DIFFRACTION97
1.8858-2.00390.2661210.19811108X-RAY DIFFRACTION99
2.0039-2.15850.24351180.17381126X-RAY DIFFRACTION99
2.1585-2.37550.24391430.16411100X-RAY DIFFRACTION100
2.3755-2.71860.21431350.17551138X-RAY DIFFRACTION100
2.7186-3.42290.21751350.18241121X-RAY DIFFRACTION100
3.4229-21.43810.20231540.17281161X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.7165 Å / Origin y: -0.6715 Å / Origin z: 14.0714 Å
111213212223313233
T0.106 Å2-0.0011 Å20.0039 Å2-0.098 Å20.0063 Å2--0.0902 Å2
L1.7299 °20.0363 °20.2585 °2-0.9257 °20.0822 °2--0.5527 °2
S-0.0119 Å °0.1676 Å °-0.018 Å °-0.1103 Å °0.0309 Å °0.001 Å °-0.0026 Å °-0.0006 Å °-0.0125 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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