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- PDB-2x18: The crystal structure of the PH domain of human AKT3 protein kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x18
タイトルThe crystal structure of the PH domain of human AKT3 protein kinase
要素RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
キーワードTRANSFERASE / KINASE / MEMBRANE / ATP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of artery morphogenesis / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / Negative regulation of the PI3K/AKT network / AKT phosphorylates targets in the nucleus / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / : / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / brain morphogenesis / AKT phosphorylates targets in the cytosol / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation ...positive regulation of artery morphogenesis / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / Negative regulation of the PI3K/AKT network / AKT phosphorylates targets in the nucleus / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / : / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / brain morphogenesis / AKT phosphorylates targets in the cytosol / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / Co-inhibition by CTLA4 / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / negative regulation of cellular senescence / Regulation of localization of FOXO transcription factors / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of TOR signaling / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of cell size / Activation of BAD and translocation to mitochondria / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / positive regulation of endothelial cell proliferation / FLT3 Signaling / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / homeostasis of number of cells within a tissue / histone H4S1 kinase activity / : / histone H3S57 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / TP53 Regulates Metabolic Genes / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / positive regulation of angiogenesis / Regulation of TP53 Degradation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / PIP3 activates AKT signaling / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / ciliary basal body / cilium / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein kinase B gamma, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain ...Protein kinase B gamma, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RAC-gamma serine/threonine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Vollmar, M. / Wang, J. / Zhang, Y. / Elkins, J.M. / Burgess-Brown, N. / Chaikuad, A. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...Vollmar, M. / Wang, J. / Zhang, Y. / Elkins, J.M. / Burgess-Brown, N. / Chaikuad, A. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the Ph Domain of Human Akt3 Protein Kinase
著者: Vollmar, M. / Wang, J. / Zhang, Y. / Elkins, J.M. / Burgess-Brown, N. / Chaikuad, A. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S.
履歴
登録2009年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
B: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
C: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
D: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
E: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
F: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
G: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
H: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,25912
ポリマ－114,3068
非ポリマー9534
水30,9321717
1
A: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5272
ポリマ－14,2881
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2881
ポリマ－14,2881
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2881
ポリマ－14,2881
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2881
ポリマ－14,2881
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5272
ポリマ－14,2881
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5272
ポリマ－14,2881
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2881
ポリマ－14,2881
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5272
ポリマ－14,2881
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.475, 62.401, 71.411
Angle α, β, γ (deg.)111.47, 102.75, 94.36
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
RAC-GAMMA SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / RAC-PK-GAMMA / PROTEIN KINASE AKT-3 / PROTEIN KINASE B GAMMA / PKB GAMMA / STK-2 / AKT3


分子量: 14288.233 Da / 分子数: 8 / 断片: PH DOMAIN, RESIDUES 466-583 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2
参照: UniProt: Q9Y243, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.81 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M PROLINE, 0.1M HEPES PH 7.5, 10% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→64.03 Å / Num. obs: 164858 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.46→1.54 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0089精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UNP

1unp


解像度: 1.46→64.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.003 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23377 8269 5 %RANDOM
Rwork0.18934 ---
obs0.19156 156074 98.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.825 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.22 Å2-0.22 Å2
2---0.35 Å20.01 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→64.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7506 0 28 1717 9251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6581.9510741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.369313469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.365925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.62224.03402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.619151440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9651568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021619
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.55734651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8331816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.83557621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1983259
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.652113108
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.46→1.498 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 578 -
Rwork0.341 11046 -
obs--93.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08030.3079-0.13770.69910.07350.542-0.0024-0.0904-0.02460.06890.00290.02070.02650.0325-0.00050.00960.00760.00270.02010.00230.002328.760892.472614.85
20.46060.19250.24860.6275-0.13810.825-0.0065-0.05870.0270.09190.030.0190.0379-0.0527-0.02350.02850.0107-0.00290.0298-0.00570.007462.884760.605115.1801
30.60860.2911-0.08170.37330.15890.96070.0412-0.06690.02130.0492-0.02180.0348-0.00130.0031-0.01940.00830.0010.00450.0207-0.0050.007660.781692.03415.0711
40.47330.2424-0.06620.65080.40370.92030.00630.06110.0092-0.070.01260.0291-0.05520.0144-0.01890.01850.0067-0.00680.013-0.00170.008426.070887.9741-12.8494
50.72590.56410.0140.9313-0.14970.20750.0541-0.0526-0.030.1145-0.09570.051-0.02410.06240.04160.0164-0.00690.0070.04170.0090.041230.339260.563515.4946
60.58820.20870.02621.2788-0.04770.55270.00530.04880.0114-0.0915-0.01560.00020.0120.00880.01030.01230.0063-0.00150.00750.00070.003458.271857.5491-12.7165
70.47130.19120.06320.57590.01740.9694-0.01170.04790.0288-0.06580.01970.03230.0018-0.008-0.00810.01380.0027-0.00660.00810.00180.006357.399888.1157-12.8178
80.62230.4032-0.20441.0052-0.04910.4241-0.04170.06820.0114-0.07120.0265-0.02970.04150.00720.01520.01870.0032-0.00390.01210.00150.009527.917958.5649-13.5134
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 118
6X-RAY DIFFRACTION6F3 - 113
7X-RAY DIFFRACTION7G4 - 118
8X-RAY DIFFRACTION8H3 - 118

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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