PDB-6mfy: Crystal structure of a 5-domain construct of LgrA in the substrat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mfy

タイトル

Crystal structure of a 5-domain construct of LgrA in the substrate donation state

要素

Linear gramicidin synthase subunit A

キーワード

LIGASE / nonribosomal peptide synthetase / tailoring domain / NRPS / enzyme / natural product / linear gramicidin

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevibacillus parabrevis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Reimer, J.M. / Eivaskhani, M. / Harb, I. / Schmeing, T.M.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structures of a dimodular nonribosomal peptide synthetase reveal conformational flexibility.
著者: Reimer, J.M. / Eivaskhani, M. / Harb, I. / Guarne, A. / Weigt, M. / Schmeing, T.M.

履歴

登録	2018年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mfy.cif.gz	654.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mfy.ent.gz	536 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mfy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mfy_validation.pdf.gz	672.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mfy_full_validation.pdf.gz	689.8 KB	表示
XML形式データ	6mfy_validation.xml.gz	53.1 KB	表示
CIF形式データ	6mfy_validation.cif.gz	73.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/6mfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/6mfy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mfwSC 6mfxC 6mfzC 6mg0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4598 6g32-d 5wru-d 4psx-d 4qsk-d 4ax3-d 6qno-d 3l4g-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (6) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (6) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Linear gramicidin synthase subunit A

ヘテロ分子

197 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.863, 141.114, 171.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Linear gramicidin synthase subunit A 分子量: 196107.047 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-1716 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevibacillus parabrevis (バクテリア) 遺伝子: lgrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70LM7
#2: 化合物	ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₃N₂O₇PS
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.57 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.2 M sodium/potassium phosphate, 22% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月10日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→147.53 Å / Num. obs: 80942 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.3 % / B_iso Wilson estimate: 50.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.55 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4330 / CC_1/2: 0.475

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 6MFW

6mfw

解像度: 2.5→85.766 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2664	3793	5 %
R_work	0.2381	-	-
obs	0.2395	75813	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→85.766 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12694	0	71	100	12865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	13037
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	17708
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.682	4846
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1968
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2297

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5317	0.3262	124	0.3328	2345	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5317-2.565	0.4016	138	0.3314	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.565-2.6001	0.3352	140	0.3211	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6001-2.6373	0.319	138	0.3154	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6373-2.6766	0.3252	139	0.3038	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6766-2.7184	0.3234	141	0.3017	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7184-2.763	0.3143	139	0.2945	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.763-2.8107	0.3238	140	0.3058	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8107-2.8618	0.3036	138	0.3007	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8618-2.9168	0.389	140	0.2995	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9168-2.9764	0.4178	141	0.3084	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9764-3.0411	0.2983	140	0.3018	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0411-3.1118	0.3542	141	0.2882	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1118-3.1897	0.3335	138	0.2764	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1897-3.2759	0.2722	141	0.2638	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2759-3.3723	0.2841	140	0.2572	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3723-3.4811	0.3098	140	0.2595	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4811-3.6056	0.2505	140	0.2343	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6056-3.7499	0.2854	143	0.2355	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7499-3.9206	0.2638	140	0.2199	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9206-4.1273	0.2435	143	0.2096	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1273-4.3859	0.2305	141	0.1959	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3859-4.7245	0.2082	143	0.1866	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7245-5.1999	0.2023	142	0.1935	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1999-5.9521	0.2715	145	0.2229	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9521-7.4984	0.2528	147	0.2249	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4984-85.8165	0.2098	151	0.205	2885	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9129	-0.4448	-0.0046	2.05	1.6269	5.9997	0.0004	-0.0565	0.1745	-0.168	0.0047	-0.3143	-0.426	0.261	0.0235	0.3754	0.0225	0.0091	0.3301	0.0797	0.3951	195.0688	22.3099	35.2003
2	2.0293	-0.9229	-1.1818	2.5684	1.2364	3.4849	0.0863	0.1485	-0.0355	-0.1761	-0.0409	0.1438	-0.1058	-0.224	-0.0408	0.3376	0.0062	0.0127	0.3124	0.0078	0.2898	197.7499	-2.4911	-15.3
3	1.5228	0.91	-1.4573	1.9429	-0.4723	2.4974	-0.1462	0.5923	0.1151	-0.1896	0.0188	0.0701	0.1043	-0.4332	0.1428	0.3222	-0.022	-0.0579	0.5803	-0.0099	0.4239	175.4527	21.6129	-20.895
4	3.6049	0.9522	0.3669	4.8549	-0.068	3.8944	-0.2296	0.1621	-0.426	-0.4082	0.1154	-0.1113	0.2777	0.1214	0.158	0.6598	0.0708	0.0219	0.6522	-0.0459	0.6345	198.8249	23.9021	-37.4892
5	1.4913	-0.2427	0.1978	0.8655	0.1595	1.387	-0.0496	0.0753	0.0708	-0.07	0.0171	0.0325	-0.1178	-0.0416	0.0352	0.3233	-0.0303	-0.0082	0.3273	0.0125	0.3347	209.0014	40.8948	-16.1117
6	1.9943	-1.0291	0.2218	2.5176	-0.0108	2.0262	-0.1834	-0.153	0.8415	0.1847	0.076	0.1299	-1.3083	-0.344	0.1309	1.4263	0.2756	-0.1384	0.7489	-0.0939	1.0774	179.8188	89.4523	-13.3268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 192 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 199 through 585 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 586 through 681 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 687 through 768 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and ((resid 772 through 1199 ) or (resid 2000))
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1200 through 1617 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)