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- PDB-6m8s: Crystal structure of the KCTD12 H1 domain in complex with Gbeta1g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m8s
タイトルCrystal structure of the KCTD12 H1 domain in complex with Gbeta1gamma2 subunits
要素
  • BTB/POZ domain-containing protein KCTD12
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / beta-propeller / homopentamer / GABAB desensitization
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / cell projection / protein homooligomerization / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation ...regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / cell projection / protein homooligomerization / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / presynaptic membrane / GTPase binding / Ca2+ pathway / retina development in camera-type eye / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / receptor complex / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / KCTD8/12/16 H1 domain / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase ...: / KCTD8/12/16 H1 domain / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Few Secondary Structures / Irregular / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / BTB/POZ domain-containing protein KCTD12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Zheng, S. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other privateKlingenstein-Simons Fellowship Program 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structural basis for KCTD-mediated rapid desensitization of GABABsignalling.
著者: Zheng, S. / Abreu, N. / Levitz, J. / Kruse, A.C.
履歴
登録2018年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
D: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
H: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
I: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
J: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
K: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
L: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
A: BTB/POZ domain-containing protein KCTD12
O: BTB/POZ domain-containing protein KCTD12
P: BTB/POZ domain-containing protein KCTD12
B: BTB/POZ domain-containing protein KCTD12
E: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
F: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
M: BTB/POZ domain-containing protein KCTD12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,88615
ポリマ－304,88615
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, microscopy, Negative stain electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area47020 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area93840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)109.090, 121.990, 206.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38534.062 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#2: タンパク質
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7845.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768
#3: タンパク質
BTB/POZ domain-containing protein KCTD12 / Pfetin / Predominantly fetal expressed T1 domain


分子量: 14598.107 Da / 分子数: 5 / Fragment: UNP residues 200-325 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCTD12, C13orf2, KIAA1778, PFET1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q96CX2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, 8% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.71→50 Å / Num. obs: 29623 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 3.56
反射 シェル解像度: 3.71→3.8 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.059 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 2129 / CC1/2: 0.52 / Rrim(I) all: 1.213 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3211: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OMW

1omw


解像度: 3.71→48.406 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2866 3705 6.75 %
Rwork0.2508 --
obs0.2533 29596 97.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.71→48.406 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18981 0 0 0 18981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00319331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70626166
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.00711487
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462931
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063379
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.71-3.75880.42821390.37711959X-RAY DIFFRACTION97
3.7588-3.81030.38071430.33332003X-RAY DIFFRACTION99
3.8103-3.86470.31430.32541959X-RAY DIFFRACTION99
3.8647-3.92240.3571510.31452015X-RAY DIFFRACTION99
3.9224-3.98360.36091470.31891992X-RAY DIFFRACTION99
3.9836-4.04890.34771480.30912010X-RAY DIFFRACTION99
4.0489-4.11870.35441430.31141964X-RAY DIFFRACTION99
4.1187-4.19360.37091460.29392020X-RAY DIFFRACTION98
4.1936-4.27420.3191410.28821957X-RAY DIFFRACTION98
4.2742-4.36140.30161460.28542007X-RAY DIFFRACTION98
4.3614-4.45610.29441400.23721913X-RAY DIFFRACTION97
4.4561-4.55970.29061440.24042000X-RAY DIFFRACTION97
4.5597-4.67360.26461380.2281944X-RAY DIFFRACTION97
4.6736-4.79990.2611400.23891919X-RAY DIFFRACTION95
4.7999-4.9410.25881420.2281935X-RAY DIFFRACTION96
4.941-5.10030.29041350.2231944X-RAY DIFFRACTION95
5.1003-5.28240.26081400.24181921X-RAY DIFFRACTION95
5.2824-5.49360.30221370.25431921X-RAY DIFFRACTION96
5.4936-5.74330.331430.26361984X-RAY DIFFRACTION98
5.7433-6.04550.31041430.25982011X-RAY DIFFRACTION99
6.0455-6.42350.28981460.24671976X-RAY DIFFRACTION98
6.4235-6.91820.23521390.21541982X-RAY DIFFRACTION98
6.9182-7.6120.28741460.2271992X-RAY DIFFRACTION98
7.612-8.70790.2251370.19971937X-RAY DIFFRACTION96
8.7079-10.950.19091460.16921928X-RAY DIFFRACTION95
10.95-48.40990.25141420.23241956X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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