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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m2a | ||||||
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タイトル | A non-His-rich type of chimeric sirohydrochlorin nickelochelatase CfbA from M. jannaschii and M. barkeri | ||||||
要素 | Sirohydrochlorin cobaltochelatase,Sirohydrochlorin cobaltochelatase,Sirohydrochlorin cobaltochelatase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Chelatase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sirohydrochlorin nickelchelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase / anaerobic cobalamin biosynthetic process / sirohydrochlorin cobaltochelatase activity / メタン生成経路 / cobalt ion binding / nickel cation binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) Methanosarcina barkeri (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å | ||||||
データ登録者 | Fujishiro, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021 タイトル: The nickel-sirohydrochlorin formation mechanism of the ancestral class II chelatase CfbA in coenzyme F430 biosynthesis. 著者: Fujishiro, T. / Ogawa, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m2a.cif.gz | 62.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m2a.ent.gz | 44.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m2a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m2a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 1 - 126 / Label seq-ID: 1 - 126
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14015.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: This chimeric protein was prepared by substitution of the His-rich region of CfbA from Methanocaldococcus jannaschii by the corresponding non-His-rich region of CfbA from Methanosarcina barkeri. 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌), (組換発現) Methanosarcina barkeri (strain Fusaro / DSM 804) (古細菌) 遺伝子: cbiX, cfbA, MJ0970, cbiX, cfbA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: Q58380, UniProt: P61816, sirohydrochlorin cobaltochelatase, sirohydrochlorin nickelchelatase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.1M ammonium sulfate, 0.3M Na-formate, 0.1M Tris, 3% (w/v) gamma-PGA, 10% (w/v) PEG 2000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.23→43.48 Å / Num. obs: 12499 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.289 % / Biso Wilson estimate: 45.688 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rrim(I) all: 0.184 / Χ2: 0.926 / Net I/σ(I): 8.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2XWS 解像度: 2.23→43.48 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.38 / 位相誤差: 23.52
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 86.51 Å2 / Biso mean: 43.5316 Å2 / Biso min: 22.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.23→43.48 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %
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