PDB-6m26: Sirohydrochlorin nickelochelatase CfbA in P212121 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m26

タイトル

Sirohydrochlorin nickelochelatase CfbA in P212121 space group

要素

Sirohydrochlorin cobaltochelatase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Chelatase

機能・相同性

機能・相同性情報

sirohydrochlorin nickelchelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase activity / anaerobic cobalamin biosynthetic process / methanogenesis / cobalt ion binding / nickel cation binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Fujishiro, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: The nickel-sirohydrochlorin formation mechanism of the ancestral class II chelatase CfbA in coenzyme F430 biosynthesis.
著者: Fujishiro, T. / Ogawa, S.

履歴

登録	2020年2月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m26.cif.gz	113.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m26.ent.gz	87.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m26	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6m25C 6m27C 6m28C 6m29C 6m2aC 6m2eC 6m2fC 6m2gC 6m2hC 2xwsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m28-d 6m27-d 5ub7-1 6m2f-d 5ed7-d 5ub3-1 3gae-3 3ort-d 3m54-d 3m59-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sirohydrochlorin cobaltochelatase

B: Sirohydrochlorin cobaltochelatase

33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.430, 64.380, 69.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 143 / Label seq-ID: 1 - 143

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Sirohydrochlorin cobaltochelatase / CbiXS / Sirohydrochlorin nickelchelatase 分子量: 16554.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 遺伝子: cbiX, cfbA, MJ0970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: Q58380, sirohydrochlorin cobaltochelatase, sirohydrochlorin nickelchelatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Sirohydrochlorin cobaltochelatase / CbiXS / Sirohydrochlorin nickelchelatase

分子量: 16554.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
遺伝子: cbiX, cfbA, MJ0970 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: Q58380, sirohydrochlorin cobaltochelatase, sirohydrochlorin nickelchelatase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 0.2M ammonium formate, 20 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 1.48644 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月2日

放射

モノクロメーター: 0.98 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.48644 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.61→47.17 Å / Num. obs: 9065 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.139 % / B_iso Wilson estimate: 49.815 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.192 / R_rim(I) all: 0.2 / Χ²: 0.989 / Net I/σ(I): 12.78 / Num. measured all: 219102 / Scaling rejects: 16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.61-2.71	10.963	0.95	2.33	19547	1786	1783	0.819	0.997	99.8
2.71-2.81	13.576	0.769	3.52	20568	1515	1515	0.902	0.799	100
2.81-3	13.582	0.568	5.13	32693	2407	2407	0.954	0.591	100
3-3.5	12.71	0.309	9.63	51566	4057	4057	0.986	0.322	100
3.5-4	13.872	0.202	17.09	31684	2284	2284	0.996	0.209	100
4-6	13.581	0.146	22.75	44260	3260	3259	0.997	0.152	100
6-10	13.685	0.091	26.91	14698	1074	1074	0.998	0.095	100
10-47.17	13.758	0.065	33.94	4086	297	297	0.998	0.067	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XWS

2xws

解像度: 2.61→47.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 27.99 / SU ML: 0.271 / SU R Cruickshank DPI: 1.0136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.014 / ESU R Free: 0.345 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2682	454	5 %	RANDOM
R_work	0.1957	-	-	-
obs	0.1993	8611	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.1 Å² / B_iso mean: 45.962 Å² / B_iso min: 21.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.61→47.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1983	0	0	37	2020
B_iso mean	-	-	-	37.97	-
残基数	-	-	-	-	249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.971	1.638	2720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.175	5	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.738	21.333	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	25.611	15	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.719	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1498

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3424 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.61→2.678 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	33	-
R_work	0.356	624	-
all	-	657	-
obs	-	-	99.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2982	0.2057	2.8364	0.9991	-0.2318	2.009	0.0866	0.0641	0.1874	0.0771	-0.1187	0.2494	0.0368	0.0859	0.0321	0.0646	-0.0245	0.0103	0.0405	-0.0204	0.0692	-12.9811	17.9857	1.0172
2	4.1493	-1.1307	1.9452	2.8545	-1.9513	1.7088	0.1837	-0.154	-0.0209	-0.0278	-0.106	0.1316	0.0699	0.0245	-0.0777	0.0344	0.0015	0.009	0.087	0.008	0.0112	-9.1221	17.954	6.6108
3	2.024	-0.3711	-0.366	0.1074	-0.12	1.9439	0.0334	-0.1171	0.0752	-0.0053	-0.016	-0.0093	-0.1341	-0.0751	-0.0174	0.1111	-0.0038	0.0217	0.1011	-0.0207	0.0093	-9.0215	28.7802	3.0311
4	6.8122	-1.9436	-2.4613	1.228	0.7396	0.9409	-0.1077	0.5127	-0.0288	0.0832	0.0965	0.0424	-0.099	-0.1558	0.0112	0.4074	-0.0316	0.0006	0.1941	0.0272	0.0294	-8.4486	42.1734	-1.8107
5	1.2267	-0.1122	-0.648	0.4071	0.8449	1.9527	0.0228	-0.013	0.1247	-0.1219	0.0756	-0.0166	-0.1768	0.1656	-0.0984	0.1297	-0.0002	-0.0287	0.0182	-0.0098	0.024	-3.1798	20.6727	-2.1674
6	0.0961	-0.194	-0.3333	4.0089	2.6929	2.2867	0.0214	0.053	-0.0334	-0.0414	-0.0873	-0.0288	-0.0674	-0.1608	0.0659	0.1098	0.0595	0.0001	0.0783	0.0018	0.0253	-6.9467	17.4783	-20.1037
7	2.0669	-1.1524	0.1704	3.6198	1.1823	0.5658	-0.0123	0.0415	0.0208	-0.1242	0.0711	-0.1603	-0.0765	0.0478	-0.0588	0.1153	-0.0119	0.0075	0.0232	0.0101	0.0186	-0.9283	14.6449	-20.9167
8	0.2837	-0.6229	0.0748	1.5674	0.5045	2.3883	0.034	0.0537	0.0141	-0.096	-0.1604	0.0103	-0.1285	-0.0538	0.1264	0.0963	-0.0001	0.0029	0.0754	-0.0166	0.0113	-9.5443	11.1313	-24.4352
9	4.4128	0.0948	-0.9033	3.7893	4.8182	6.3647	0.2422	0.2374	-0.1606	-0.1273	-0.5433	0.2047	-0.2245	-0.749	0.3011	0.0916	0.0485	-0.023	0.1267	-0.0178	0.0345	-20.6085	10.0336	-20.1284
10	5.0429	-3.0983	0.1076	1.9065	-0.0603	0.1216	0.1574	0.6245	-0.3174	-0.0857	-0.3817	0.2069	0.0101	-0.0027	0.2243	0.061	0.0123	0.0054	0.0931	-0.0693	0.4648	-20.2369	10.6816	-31.4866
11	0.4988	-0.308	-0.0658	0.2659	0.2832	2.1928	0.0268	-0.0766	-0.0118	0.1005	0.0249	0.0174	0.3681	-0.1048	-0.0517	0.1832	-0.0333	0.0069	0.0324	-0.0099	0.0168	-3.8216	10.8126	-7.9373

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	46 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	86 - 90
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	110 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 15
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	16 - 43
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	44 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	75 - 88
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	89 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	117 - 143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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