PDB-6m2g: Sirohydrochlorin nickelochelatase CfbA in complex with cobalt-sir...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m2g

タイトル

Sirohydrochlorin nickelochelatase CfbA in complex with cobalt-sirohydrochlorin

要素

Sirohydrochlorin cobaltochelatase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Chelatase

機能・相同性

機能・相同性情報

sirohydrochlorin nickelchelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase activity / anaerobic cobalamin biosynthetic process / methanogenesis / cobalt ion binding / nickel cation binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Fujishiro, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: The nickel-sirohydrochlorin formation mechanism of the ancestral class II chelatase CfbA in coenzyme F430 biosynthesis.
著者: Fujishiro, T. / Ogawa, S.

履歴

登録	2020年2月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m2g.cif.gz	111.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m2g.ent.gz	84.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6m25C 6m26C 6m27C 6m28C 6m29C 6m2aC 6m2eC 6m2fC 6m2hC 2xwsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m2e-d 6m2f-d 6m28-d 6m2h-d 5v3x-1 2xvx-d 5h5a-4 2dj5-d 2xvy-d 5ib0-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sirohydrochlorin cobaltochelatase

B: Sirohydrochlorin cobaltochelatase

ヘテロ分子

34 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.180, 69.180, 81.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 143 / Label seq-ID: 1 - 143

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Sirohydrochlorin cobaltochelatase / CbiXS / Sirohydrochlorin nickelchelatase 分子量: 16554.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 遺伝子: cbiX, cfbA, MJ0970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: Q58380, sirohydrochlorin cobaltochelatase, sirohydrochlorin nickelchelatase
#2: 化合物	ChemComp-F0X / cobalt-sirohydrochlorin 分子量: 919.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₄₄CoN₄O₁₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1M ammonium sulfate, 0.3M Na-formate, 0.1M Na-acetate, 3% (w/v) gamma-PGA, 5% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 1.60578 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月22日

放射

モノクロメーター: liquid-nitrogen-cooled Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.60578 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→48.92 Å / Num. obs: 9563 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.934 % / B_iso Wilson estimate: 74.058 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 1.077 / Net I/σ(I): 20.28 / Num. measured all: 129299

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.8-2.9	7.052	0.82	2.56	13089	1856	1856	0.761	0.886	100
2.9-3	6.861	0.538	3.91	10978	1600	1600	0.914	0.582	100
3-3.1	6.715	0.336	6.02	9542	1422	1421	0.962	0.365	99.9
3.1-3.2	6.467	0.274	7.41	8084	1253	1250	0.973	0.298	99.8
3.2-3.3	6.695	0.196	10.31	7545	1130	1127	0.982	0.212	99.7
3.3-3.4	7.165	0.157	13.07	6835	954	954	0.99	0.169	100
3.4-3.54	7.194	0.122	15.74	8698	1210	1209	0.995	0.131	99.9
3.54-4	7.076	0.075	22.57	19933	2817	2817	0.998	0.081	100
4-6	6.948	0.046	34.88	31329	4512	4509	0.998	0.05	99.9
6-10	6.86	0.035	43.15	10297	1501	1501	0.999	0.038	100
10-48.92	7.349	0.03	51.21	2969	408	404	0.999	0.032	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XWS

2xws

解像度: 2.8→48.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 28.4 / SU ML: 0.248 / SU R Cruickshank DPI: 0.6406 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.641 / ESU R Free: 0.295 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2236	479	5 %	RANDOM
R_work	0.1844	-	-	-
obs	0.1866	9084	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 185.1 Å² / B_iso mean: 72.114 Å² / B_iso min: 33.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→48.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1879	0	63	2	1944
B_iso mean	-	-	111.46	57.32	-
残基数	-	-	-	-	237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.346	1.694	2692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.657	5	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.608	20.722	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.818	15	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.912	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1493

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3421 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.433	36	-
R_work	0.364	670	-
all	-	706	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4325	0.3523	-0.6436	1.1317	-0.0368	1.4879	-0.0489	0.0646	-0.0576	-0.2326	-0.0277	-0.068	0.0698	-0.1024	0.0767	0.1066	0.0212	0.0084	0.0286	-0.0035	0.0097	20.8055	16.2765	-14.6031
2	0.0728	-0.0627	0.2052	0.5802	0.0208	1.389	0.0125	0.0058	-0.0267	0.0007	-0.0258	-0.0392	-0.2772	0.1232	0.0133	0.1198	-0.0423	-0.0439	0.0455	0.0095	0.038	24.7862	21.5621	-5.828
3	2.9508	-0.2634	-1.0065	0.3291	-0.5698	1.7676	-0.1172	-0.2529	-0.1335	0.1252	0.0126	-0.0173	-0.2074	0.1122	0.1046	0.0498	0.0069	-0.007	0.0962	-0.0282	0.0316	18.1379	15.9459	12.9863
4	0.5351	-0.3288	-0.0689	0.3503	0.0051	1.8149	-0.0429	-0.0865	-0.0289	-0.0606	0.0493	-0.0103	0.2623	-0.1714	-0.0064	0.0851	-0.0161	0.0147	0.0649	-0.0008	0.0132	14.1356	8.9756	8.33

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	58 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 43
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	44 - 143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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