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- PDB-6m2g: Sirohydrochlorin nickelochelatase CfbA in complex with cobalt-sir... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6m2g | ||||||
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Title | Sirohydrochlorin nickelochelatase CfbA in complex with cobalt-sirohydrochlorin | ||||||
![]() | Sirohydrochlorin cobaltochelatase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() sirohydrochlorin nickelchelatase / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fujishiro, T. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The nickel-sirohydrochlorin formation mechanism of the ancestral class II chelatase CfbA in coenzyme F430 biosynthesis. Authors: Fujishiro, T. / Ogawa, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 111.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 84.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6m25C ![]() 6m26C ![]() 6m27C ![]() 6m28C ![]() 6m29C ![]() 6m2aC ![]() 6m2eC ![]() 6m2fC ![]() 6m2hC ![]() 2xwsS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 1 - 143 / Label seq-ID: 1 - 143
|
-
Components
#1: Protein | ![]() Mass: 16554.045 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: cbiX, cfbA, MJ0970 / Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q58380, ![]() #2: Chemical | ChemComp-F0X / | #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.96 Å3/Da / Density % sol: 58.39 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 0.1M ammonium sulfate, 0.3M Na-formate, 0.1M Na-acetate, 3% (w/v) gamma-PGA, 5% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 22, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: liquid-nitrogen-cooled Si(111) double-crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→48.92 Å / Num. obs: 9563 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.934 % / Biso Wilson estimate: 74.058 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.077 / Net I/σ(I): 20.28 / Num. measured all: 129299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 2XWS Resolution: 2.8→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 28.4 / SU ML: 0.248 / SU R Cruickshank DPI: 0.6406 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.641 / ESU R Free: 0.295 / Details: U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 185.1 Å2 / Biso mean: 72.114 Å2 / Biso min: 33.42 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→48.92 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 3421 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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