PDB-6m27: Sirohydrochlorin nickelochelatase CfbA in complex with Ni2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m27

タイトル

Sirohydrochlorin nickelochelatase CfbA in complex with Ni2+

要素

Sirohydrochlorin cobaltochelatase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Chelatase

機能・相同性

機能・相同性情報

sirohydrochlorin nickelchelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase / sirohydrochlorin cobaltochelatase activity / anaerobic cobalamin biosynthetic process / methanogenesis / cobalt ion binding / nickel cation binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Fujishiro, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: The nickel-sirohydrochlorin formation mechanism of the ancestral class II chelatase CfbA in coenzyme F430 biosynthesis.
著者: Fujishiro, T. / Ogawa, S.

履歴

登録	2020年2月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m27.cif.gz	113.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m27.ent.gz	86.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6m27_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m27_full_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示
XML形式データ	6m27_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	6m27_validation.cif.gz	14.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/6m27	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6m25C 6m26C 6m28C 6m29C 6m2aC 6m2eC 6m2fC 6m2gC 6m2hC 2xwsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m28-d 6m2h-d 6m25-d 6m26-d 6m2e-d 6m2f-d 1pc3-2 4jlg-1 5wnn-2 6gks-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sirohydrochlorin cobaltochelatase

B: Sirohydrochlorin cobaltochelatase

ヘテロ分子

33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.210, 68.210, 81.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 143 / Label seq-ID: 1 - 143

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Sirohydrochlorin cobaltochelatase / CbiXS / Sirohydrochlorin nickelchelatase 分子量: 16554.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 遺伝子: cbiX, cfbA, MJ0970 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: Q58380, sirohydrochlorin cobaltochelatase, sirohydrochlorin nickelchelatase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.1M ammonium sulfate, 0.3M Na-formate, 0.1M Tris, 3 % (w/v) gamma-PGA, 5% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 1.48644 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月2日

放射

モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.48644 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→41.47 Å / Num. obs: 11541 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.86 % / B_iso Wilson estimate: 73.105 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_rim(I) all: 0.089 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I): 18.26 / Num. measured all: 222269

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.6-2.7	9.957	0.989	3.06	24355	2446	2446	0.765	1.045	100
2.7-2.8	9.331	0.779	3.9	19380	2077	2077	0.842	0.827	100
2.8-2.9	9.266	0.559	5.9	16605	1792	1792	0.94	0.593	100
2.9-3	10.123	0.366	9.25	16045	1585	1585	0.989	0.386	100
3-3.1	10.582	0.299	11.77	14677	1387	1387	0.993	0.314	100
3.1-3.2	10.419	0.227	14.71	12513	1201	1201	0.994	0.239	100
3.2-3.3	10.399	0.192	17.29	10690	1028	1028	0.994	0.202	100
3.3-3.4	10.188	0.149	18.92	9943	976	976	0.997	0.157	100
3.4-3.5	9.996	0.146	20.37	8137	814	814	0.996	0.154	100
3.5-3.6	9.918	0.115	22.24	7746	781	781	0.996	0.121	100
3.6-3.7	9.666	0.107	23.73	6283	650	650	0.997	0.113	100
3.7-3.8	9.373	0.088	26.03	5755	614	614	0.996	0.093	100
3.8-3.9	8.674	0.088	24.99	4580	528	528	0.997	0.093	100
3.9-4	8.706	0.078	27.34	4179	480	480	0.997	0.083	100
4-6	10.016	0.066	32.9	43629	4356	4356	0.997	0.069	100
6-10	9.704	0.051	35.61	13935	1437	1436	0.999	0.054	99.9
10-41.47	9.737	0.045	37.13	3817	396	392	0.997	0.048	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XWS

2xws

解像度: 2.6→41.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / WR_factor R_free: 0.2464 / WR_factor R_work: 0.2081 / FOM work R set: 0.8021 / SU B: 21.681 / SU ML: 0.206 / SU R Cruickshank DPI: 0.3873 / SU R_free: 0.2545 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.387 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2301	577	5 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.1939	10964	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 172.67 Å² / B_iso mean: 69.405 Å² / B_iso min: 39.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→41.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1904	0	2	11	1917
B_iso mean	-	-	84.16	55.74	-
残基数	-	-	-	-	240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.432	1.638	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.427	5	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.858	21	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	26.261	15	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.327	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.188	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1440

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3608 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.396	42	-
R_work	0.348	811	-
all	-	853	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.535	-1.5832	-7.2944	3.9306	0.6304	10.8999	-0.6699	-0.2207	-0.7578	-0.0727	0.1854	0.1198	0.3012	0.0487	0.4845	0.1193	-0.0411	-0.0065	0.0409	0.0423	0.0735	-20.7137	12.1974	-11.0873
2	6.4882	0.3692	-1.3294	7.205	2.352	3.9107	-0.0671	0.6935	-0.0972	-0.4401	-0.0117	0.1411	-0.2154	-0.3084	0.0788	0.1093	-0.0281	-0.0503	0.2435	0.0609	0.0489	-17.7585	13.8354	-15.7884
3	1.9822	-0.7547	0.8211	1.9705	-0.7252	9.1588	-0.0285	0.3153	-0.483	-0.1974	0.1724	0.1169	1.0045	0.007	-0.1438	0.1515	-0.0279	0.0256	0.1629	-0.0411	0.1628	-14.1499	3.773	-8.8089
4	2.4287	-2.3266	-1.3032	8.5377	8.6327	9.5268	0.56	0.926	-0.6191	-0.0748	-0.4802	0.0726	0.6012	-0.1226	-0.0798	1.1399	-0.1131	-0.0511	0.6328	-0.1234	0.5893	-10.1301	-2.0911	-16.4247
5	5.6664	-3.5834	-4.1258	6.4097	4.9431	8.9319	-0.1196	-0.3836	0.3748	0.3996	0.2575	-0.0884	-0.4348	0.7488	-0.1379	0.1387	-0.0694	-0.0156	0.0927	0.0087	0.0698	-13.8679	21.898	3.7113
6	2.5321	-1.1923	-0.2235	5.7428	2.8636	4.8675	0.1288	-0.0213	-0.0959	-0.2293	-0.4488	0.3249	-0.099	-0.2435	0.3201	0.0811	-0.0301	-0.0182	0.1226	0.0315	0.0786	-21.9109	13.4243	11.2868
7	7.582	0.5661	-3.0572	7.0156	1.2586	4.6989	0.0015	-0.5578	-0.1986	0.6554	-0.0973	0.124	0.3228	0.1715	0.0958	0.2101	-0.0098	-0.051	0.1095	0.0431	0.049	-20.2448	16.3642	16.0262
8	1.7441	-0.3903	0.8956	2.4743	0.0992	9.3764	0.3094	-0.2487	-0.0321	0.3716	-0.0825	0.456	-0.1253	-1.0709	-0.2269	0.1761	-0.0292	0.0521	0.141	-0.0002	0.1391	-29.9812	19.9006	9.1034
9	11.1924	3.4377	7.1695	1.9801	0.1786	9.0313	0.2211	-0.3961	-0.0612	0.0268	-0.156	-0.0054	0.2676	-0.2209	-0.0651	0.4344	0.0413	-0.0113	0.3629	-0.0636	0.3694	-40.4665	19.3611	14.8578
10	8.7737	-2.3704	-5.4998	4.0452	2.2733	9.6875	0.4391	0.1506	0.1171	-0.0637	-0.1512	-0.0757	-1.012	0.0418	-0.288	0.1641	-0.0505	-0.0259	0.0375	0.0401	0.0742	-17.8419	22.1293	1.849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	16 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	58 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	88 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	123 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 15
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	16 - 57
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	58 - 86
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	87 - 115
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	116 - 143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)