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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vbt | ||||||
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タイトル | The P212121 Crystal structure of SodCI Superoxide Dismutase with 2 molecules in the asymmetric unit at 1.7 A resolution | ||||||
要素 | Superoxide dismutase [Cu-Zn] | ||||||
キーワード | OXYGEN BINDING / Superoxide Dismutase / enzyme / peptidoglycan binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / periplasmic space / copper ion binding / extracellular space / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Satyshur, K.A. / Forest, K.T. / Newhouse, P.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure and Muropeptide Binding of the Virulence Factor Superoxide Dismutase C1 from Salmonella Typhimurium 著者: Newhouse, P.W. / Satyshur, K.A. / Slauch, J.M. / Forest, K.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vbt.cif.gz | 127.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vbt.ent.gz | 103.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vbt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vbt_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vbt_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6vbt_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vbt_validation.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17437.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: sodC1, AAP89_24585, ABO94_13165, AF480_24525, AF488_17800, AF489_22535, AIC76_23135, AU613_25900, AXR84_22600, AXU58_25005, C2253_23510, CD48_19550, CE87_24875, CET98_19490, CQG18_24025, ...遺伝子: sodC1, AAP89_24585, ABO94_13165, AF480_24525, AF488_17800, AF489_22535, AIC76_23135, AU613_25900, AXR84_22600, AXU58_25005, C2253_23510, CD48_19550, CE87_24875, CET98_19490, CQG18_24025, CVR97_00185, D4369_24860, D4380_23405, D4401_24550, D4E62_23815, D6360_24640, D7F20_18080, D7H43_24310, DD95_21320, DJ388_22940, DKJ11_15870, DKU57_23325, DLM31_21285, DO698_19845, DOJ90_22365, DOQ88_23710, DQ848_24435, DRM14_23695, DSF69_10260, DSR36_22945, DUW48_23400, EBO41_23675, EBP31_23480, EGU67_12495, EHB24_23490, EHC98_23755, EIW53_22710, F0A00_10055, F0A01_03930, F0A02_16630, F0A03_14260, F0A04_11295, F0A05_20695, F0A06_10485, F0U66_16995, FKA80_23505, FKA81_22545, FKA82_23465, FKA83_23450, FKA84_23540, FKA85_22415, FKA86_23320, FKA87_22565, FKA88_23655, FKA89_19440, FKA90_23025, FKA91_22685, FKA92_23550, FKA93_23530, FKA94_23705, FKA95_23590, FKA96_23695, FKA97_23460, FKA98_23465, FKA99_23670, FKB00_23595, FKB01_23750, FKB02_23725, FKB03_23595, FKB12_23280, FKB15_23500, FKB18_22510, FKB19_23085, FYL57_20425, FYL66_21285, FYL68_13470, FYL69_02095, FYL71_08605, FYL73_12165, FYL74_21170, FYL75_22020, FYL77_03645, FYL81_07750, FYL84_20475, FYL90_20575, FYL92_04365, FYL93_18435, FYL94_21135, FYL96_21895, FYM06_15765, FYM08_18765, FYM09_02430, FYM54_04305, FZ992_22195, FZ993_21050, FZ994_04265, FZ995_00435, FZ996_12505, FZ997_14980, FZ998_14695, FZ999_05915, GW08_24555, JO10_24570, LZ63_20420, NCTC13348_01621, NG18_23390, NU83_09530, QA89_23615, QD15_24180, RJ78_24990, SAMEA4398682_02945, Y934_24990, YG50_23900, YI33_24375, YR17_24730, ZB89_24710, ZC54_24870 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: A0A0D6GQL3, UniProt: P0CW86*PLUS, superoxide dismutase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20 mg/ml SODC1 plus 1.2 mM trachaeal cytotoxin in 20 mM Tris pH 6.6 150 mM NaCl set up as hanging drop with mother liquor 0.1M KCN, 30% polyethylene glycol monomethyl ether 2000 (unbuffered) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07812 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.07812 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.487→60.274 Å / Num. obs: 36880 / % possible obs: 72.1 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 15.46 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.487→1.631 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1844 / CC1/2: 0.866 / Rpim(I) all: 0.218 / Rrim(I) all: 0.651 / % possible all: 15.1 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→33.57 Å / SU ML: 0.1767 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 20.0265
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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