[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6lkt: Crystal structure of the Fab fragment of murine monoclonal antibo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6lkt | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the Fab fragment of murine monoclonal antibody KH-1 against Human herpesvirus 6B | |||||||||
Components |
| |||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / Human herpesvirus 6B / neutralizing antibody | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Nishimura, M. / Novita, B.D. / Kato, T. / Tjan, L.H. / Wang, B. / Wakata, A. / Poetranto, A.L. / Kawabata, A. / Tang, H. / Aoshi, T. / Mori, Y. | |||||||||
Funding support | Japan, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2020 Title: Structural basis for the interaction of human herpesvirus 6B tetrameric glycoprotein complex with the cellular receptor, human CD134. Authors: Nishimura, M. / Novita, B.D. / Kato, T. / Handayani Tjan, L. / Wang, B. / Wakata, A. / Lystia Poetranto, A. / Kawabata, A. / Tang, H. / Aoshi, T. / Mori, Y. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6lkt.cif.gz | 108.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6lkt.ent.gz | 79.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6lkt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6lkt_validation.pdf.gz | 425.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6lkt_full_validation.pdf.gz | 427 KB | Display | |
Data in XML | 6lkt_validation.xml.gz | 21.8 KB | Display | |
Data in CIF | 6lkt_validation.cif.gz | 33.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/6lkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/6lkt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6ltgC 2ok0S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Antibody | Mass: 23005.662 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) |
---|---|
#2: Antibody | Mass: 23183.646 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Mus musculus (house mouse) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.16 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.8 Details: 100 mM Tris-HCl, pH 8.8, polyethylene glycol 3350 22.5% (w/v) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL26B1 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Sep 29, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→39.106 Å / Num. obs: 36273 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 7.453 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 17.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2OK0 Resolution: 1.8→39.106 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.08
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 60.87 Å2 / Biso mean: 22.0658 Å2 / Biso min: 8.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→39.106 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|