PDB-6lf0: Structure of FEM1C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lf0

タイトル

Structure of FEM1C

要素

Protein fem-1 homolog C

キーワード

PROTEIN BINDING / ubiquitination E3 ligase

機能・相同性

機能・相同性情報

ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ubiquitin ligase complex / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Chen, X. / Liao, S. / Xu, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for arginine C-terminal degron recognition by Cul2 FEM1 E3 ligase.
著者: Chen, X. / Liao, S. / Makaros, Y. / Guo, Q. / Zhu, Z. / Krizelman, R. / Dahan, K. / Tu, X. / Yao, X. / Koren, I. / Xu, C.

履歴

登録	2019年11月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年1月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2021年3月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lf0.cif.gz	304.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lf0.ent.gz	246.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lf0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lf0_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lf0_full_validation.pdf.gz	452.3 KB	表示
XML形式データ	6lf0_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	6lf0_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lf0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lbfSC 6lbgC 6lbnC 6ldpC 6le6C 6lenC 6leyC 7cngC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5t2t-1 1njg-d 6v5p-1 6v6k-1 4i24-d 4akr-2 3is0-d 5x2f-2 6p1l-1 4mfu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein fem-1 homolog C

B: Protein fem-1 homolog C

ヘテロ分子

89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein fem-1 homolog C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein fem-1 homolog C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.720, 98.480, 146.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein fem-1 homolog C / FEM1c / FEM1-gamma 分子量: 44607.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FEM1C, KIAA1785 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96JP0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.72 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl pH 7.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→81.74 Å / Num. obs: 74445 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 2.11→2.16 Å / Num. unique obs: 7352 / CC_1/2: 0.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6LBF

6lbf

解像度: 2.11→56.502 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2291	3550	4.77 %
R_work	0.195	-	-
obs	0.1966	74445	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 172.21 Å² / B_iso mean: 58.7608 Å² / B_iso min: 33.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.11→56.502 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5784	0	5	274	6063
B_iso mean	-	-	100.63	54.2	-
残基数	-	-	-	-	773

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.11-2.1389	0.3294	140	0.2973	2840	100
2.1389-2.1695	0.3218	148	0.2762	2779	100
2.1695-2.2018	0.2566	123	0.2524	2811	100
2.2018-2.2363	0.2734	149	0.2307	2795	100
2.2363-2.2729	0.2248	158	0.22	2783	100
2.2729-2.3121	0.2518	136	0.2162	2781	100
2.3121-2.3542	0.2483	154	0.2079	2815	100
2.3542-2.3994	0.2311	160	0.2033	2802	100
2.3994-2.4484	0.2814	149	0.1971	2791	100
2.4484-2.5017	0.2349	123	0.2028	2804	100
2.5017-2.5598	0.2192	138	0.1995	2822	100
2.5598-2.6239	0.2429	134	0.1956	2799	100
2.6239-2.6948	0.2288	133	0.1966	2832	100
2.6948-2.7741	0.2695	129	0.2111	2848	100
2.7741-2.8636	0.2844	146	0.2173	2822	100
2.8636-2.966	0.2129	134	0.2242	2820	100
2.966-3.0847	0.2525	138	0.2269	2852	100
3.0847-3.2251	0.2526	182	0.2178	2795	100
3.2251-3.3951	0.2567	131	0.2106	2853	100
3.3951-3.6078	0.2167	136	0.1805	2834	100
3.6078-3.8863	0.2035	146	0.1742	2868	100
3.8863-4.2773	0.1773	146	0.1639	2877	100
4.2773-4.8959	0.1791	132	0.1616	2910	100
4.8959-6.1671	0.2385	136	0.2033	2922	100
6.1671-56.502	0.2441	149	0.1888	3040	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1738	0.0084	-0.6016	0.4321	-0.211	0.8065	0.1456	0.2773	0.108	-0.3444	0.0836	-0.1701	-0.4703	-0.052	0	0.7139	-0.0188	0.1471	0.5028	-0.0025	0.5561	29.5042	20.3369	13.1525
2	0.5565	0.2324	-1.4934	0.9465	-0.6901	1.3368	0.0986	0.0203	-0.0436	-0.0916	-0.0273	-0.0405	-0.1655	-0.0576	0.0002	0.4061	0.0173	-0.022	0.4139	-0.0341	0.4282	15.909	8.6895	37.1407
3	1.4379	0.4475	0.2386	1.0937	0.6849	1.2336	-0.0068	-0.0999	-0.0426	0.2137	-0.0415	-0.0322	0.4167	-0.0697	-0.0001	0.5194	-0.0305	-0.0203	0.3933	-0.0163	0.4164	4.8839	-20.3536	41.7872
4	0.0098	0.048	-0.0486	-0.0672	-0.1731	0.0667	-0.2051	0.0556	-0.1727	-0.1259	-0.0213	-0.2647	-0.0885	0.2346	0.0002	0.6378	-0.1874	-0.0367	0.5719	-0.0057	0.5809	14.5608	-12.187	17.9722
5	-0.0312	0.0138	0.2227	0.122	-0.1654	0.709	0.17	-0.3593	-0.0165	1.5059	0.2822	-0.0425	-0.0685	0.0808	0.0205	1.1621	0.1049	-0.1409	0.7696	-0.1209	0.5413	45.1059	4.0777	23.8635
6	1.2305	0.318	0.4101	1.1852	0.9294	0.7524	0.0026	-0.1549	0.0054	0.1688	0.0914	-0.0144	0.0826	0.0525	0.0001	0.4045	0.0429	0.0406	0.4423	0.0262	0.4456	35.4155	-6.2742	-0.3721
7	0.4521	0.6374	-0.5667	1.6306	-0.4534	0.9989	-0.0162	0.1324	0.1228	-0.2008	0.0136	0.0128	0.1007	-0.253	0	0.4006	-0.0558	0.0105	0.5225	0.013	0.4511	9.3029	-20.8943	-4.7618
8	1.0073	-0.2683	0.0134	0.2491	-0.5855	1.4449	0.0355	-0.1583	0.0937	0.06	-0.3218	-0.1969	-0.2043	-0.0327	0.0001	0.446	-0.135	-0.0093	0.4841	0.0474	0.4174	12.354	-22.7395	17.7133

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 104 )	A	2 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 105 through 226 )	A	105 - 226
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 227 through 370 )	A	227 - 370
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 371 through 403 )	A	371 - 403
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 5 through 104 )	B	5 - 104
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 105 through 226 )	B	105 - 226
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 227 through 350 )	B	227 - 350
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 351 through 403 )	B	351 - 403

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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