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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kmx | |||||||||
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タイトル | Structure of PSI from H. hongdechloris grown under far-red light condition | |||||||||
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![]() | ELECTRON TRANSPORT / Photosystem I | |||||||||
機能・相同性 | ![]() thylakoid membrane / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...thylakoid membrane / : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.41 Å | |||||||||
![]() | Kato, K. / Nagao, R. / Shen, J.R. / Miyazaki, N. / Akita, F. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the adaptation and function of chlorophyll f in photosystem I. 著者: Koji Kato / Toshiyuki Shinoda / Ryo Nagao / Seiji Akimoto / Takehiro Suzuki / Naoshi Dohmae / Min Chen / Suleyman I Allakhverdiev / Jian-Ren Shen / Fusamichi Akita / Naoyuki Miyazaki / Tatsuya Tomo / ![]() ![]() ![]() 要旨: Chlorophylls (Chl) play pivotal roles in energy capture, transfer and charge separation in photosynthesis. Among Chls functioning in oxygenic photosynthesis, Chl f is the most red-shifted type first ...Chlorophylls (Chl) play pivotal roles in energy capture, transfer and charge separation in photosynthesis. Among Chls functioning in oxygenic photosynthesis, Chl f is the most red-shifted type first found in a cyanobacterium Halomicronema hongdechloris. The location and function of Chl f in photosystems are not clear. Here we analyzed the high-resolution structures of photosystem I (PSI) core from H. hongdechloris grown under white or far-red light by cryo-electron microscopy. The structure showed that, far-red PSI binds 83 Chl a and 7 Chl f, and Chl f are associated at the periphery of PSI but not in the electron transfer chain. The appearance of Chl f is well correlated with the expression of PSI genes induced under far-red light. These results indicate that Chl f functions to harvest the far-red light and enhance uphill energy transfer, and changes in the gene sequences are essential for the binding of Chl f. | |||||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 6分子 aAbAcAaBbBcB
#1: タンパク質 | 分子量: 87406.258 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A1Z3HIN6, photosystem I #2: タンパク質 | 分子量: 83287.695 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A1Z3HIL0, photosystem I |
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-Photosystem I reaction center subunit ... , 6種, 18分子 aDbDcDaEbEcEaIbIcIaKbKcKaLbLcLaMbMcM
#4: タンパク質 | 分子量: 15723.800 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A1Z3HHI7, photosystem I #5: タンパク質 | 分子量: 7907.028 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A1Z3HI16 #6: タンパク質 | 分子量: 7136.356 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A1Z3HIL5, photosystem I #7: タンパク質 | 分子量: 9726.539 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A1Z3HR36 #8: タンパク質 | 分子量: 20191.928 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A1Z3HIQ7, photosystem I #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3440.141 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 aCbCcC![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
#17: 糖 | #3: タンパク質 | 分子量: 8782.184 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A1Z3HPE3, photosystem I |
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-非ポリマー , 11種, 996分子 ![](data/chem/img/CL0.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PQN.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
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![](data/chem/img/PQN.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-CLA / #12: 化合物 | ChemComp-F6C / #13: 化合物 | ChemComp-PQN / #14: 化合物 | ChemComp-SF4 / #15: 化合物 | ChemComp-BCR / #16: 化合物 | #18: 化合物 | #19: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 #20: 化合物 | #21: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: far-red PSI / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL | ||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.5 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.071 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 311993 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1JB0 Accession code: 1JB0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |