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- PDB-1vtm: STRUCTURE OF THE U2 STRAIN OF TOBACCO MOSAIC VIRUS REFINED AT 3.5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vtm
タイトルSTRUCTURE OF THE U2 STRAIN OF TOBACCO MOSAIC VIRUS REFINED AT 3.5 ANGSTROMS RESOLUTION USING X-RAY FIBER DIFFRACTION
要素
  • Coat protein
  • RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
キーワードVirus/RNA / VIRUS / Helical virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tobacco mild green mosaic virus (ウイルス)
手法繊維回折 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Stubbs, G. / Pattanayek, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Structure of the U2 strain of tobacco mosaic virus refined at 3.5 A resolution using X-ray fiber diffraction.
著者: Pattanayek, R. / Stubbs, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1993
タイトル: Molecular Dynamics in Refinement Against Fiber Diffraction Data
著者: Wang, H. / Stubbs, G.
#2: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1986
タイトル: Application of Restrained Least-Squares Refinement to Fiber Diffraction from Macromolecular Assemblies
著者: Stubbs, G. / Namba, K. / Makowski, L.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1985
タイトル: Solving the Phase Problem in Fiber Diffraction. Application to Tobacco Mosaic Virus at 3.6 Angstroms Resolution
著者: Namba, K. / Stubbs, G.
履歴
登録1992年3月30日処理サイト: BNL
改定 1.01994年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
P: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4262
ポリマ－18,4262
非ポリマー00
水1448
1
R: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
P: Coat protein
x 49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)902,87398
ポリマ－902,87398
非ポリマー00
水1,76598
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation48
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)1.000, 1.000, 1.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: GLN P 99 - PRO P 100 OMEGA = 251.92 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 49 / Num. of operations: 49 / Rise per n subunits: 69 Å / Rotation per n subunits: 1080 °)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW REPRESENTS HELICAL SYMMETRY WITH THE HELIX AXIS ON THE Z AXIS. THERE ARE 49 SUBUNITS IN 3 TURNS OF THE HELIX. THE FULL (49 SUBUNIT) HELICAL REPEAT IS 69 ANGSTROMS.

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')


分子量: 958.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (組換発現) Tobacco mild green mosaic virus (TMGMV) (ウイルス)
株: U2 / 遺伝子: CP
#2: タンパク質 Coat protein


分子量: 17467.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P03579
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CONCERNING THE APPARENT SEQUENCE DISCREPANCY: THE AUTHORS USED THE SEQUENCE REPORTED BY ALTSCHUH ET ...CONCERNING THE APPARENT SEQUENCE DISCREPANCY: THE AUTHORS USED THE SEQUENCE REPORTED BY ALTSCHUH ET AL., J. MOL. BIOL. (1987) 193, 693-707 RATHER THAN THAT FOUND IN SWISS-PROT ENTRY COAT_TMGMV. THE AUTHORS' VIRUS STOCKS WERE CLOSELY RELATED TO THE ALTSCHUH STOCKS. THE AUTHORS STATE THAT THE DIFFERENCES ARE NOT PARTICULARLY IMPORTANT STRUCTURALLY AND WERE TOO SMALL FOR THEIR MAP TO RESOLVE.

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実験情報

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実験

実験手法: 繊維回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: unknown

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.5→10 Å / Rfactor obs: 0.096
詳細: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED FROM FIBER DIFFRACTION DATA BY MOLECULAR REPLACEMENT FROM TMV, PROTEIN DATA BANK ENTRY 2TMV. U2 HAS 72 PER CENT SEQUENCE HOMOLOGY WITH TMV. THIS STRUCTURE ...詳細: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED FROM FIBER DIFFRACTION DATA BY MOLECULAR REPLACEMENT FROM TMV, PROTEIN DATA BANK ENTRY 2TMV. U2 HAS 72 PER CENT SEQUENCE HOMOLOGY WITH TMV. THIS STRUCTURE INCLUDES ALL 158 AMINO ACIDS AND 3 RNA NUCLEOTIDES, MODELED AS GAA BUT REPRESENTING THE ENTIRE GENOME. THERE IS ONE SMALL SHEET IN THIS STRUCTURE BUT IT IS TOO IRREGULAR TO INCLUDE.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1232 67 0 8 1307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
FIBER DIFFRACTIONp_bond_d0.019
FIBER DIFFRACTIONp_angle_d4.1
FIBER DIFFRACTIONp_angle_deg
FIBER DIFFRACTIONp_planar_d
FIBER DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
FIBER DIFFRACTIONp_mcbond_it
FIBER DIFFRACTIONp_mcangle_it
FIBER DIFFRACTIONp_scbond_it
FIBER DIFFRACTIONp_scangle_it
FIBER DIFFRACTIONp_plane_restr
FIBER DIFFRACTIONp_chiral_restr
FIBER DIFFRACTIONp_singtor_nbd
FIBER DIFFRACTIONp_multtor_nbd
FIBER DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
FIBER DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
FIBER DIFFRACTIONp_planar_tor
FIBER DIFFRACTIONp_staggered_tor
FIBER DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
FIBER DIFFRACTIONp_transverse_tor
FIBER DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.096
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg4.1
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg1.9
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.53 Å / 最低解像度: 3.77 Å / Total num. of bins used: 7 / Rfactor obs: 0.171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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