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万見
- PDB-6kdi: Antibody 64M-5 Fab including isoAsp in complex with dT(6-4)T -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kdi
タイトルAntibody 64M-5 Fab including isoAsp in complex with dT(6-4)T
要素
  • Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (heavy chain)
  • Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (light chain)
  • DNA (5'-D(*(64T)P*(5PY))-3')
キーワードIMMUNE SYSTEM / DNA (6-4) PHOTOPRODUCT / IMMUNOGLOBULIN / FAB / isoaspartate
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DNA
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Noguchi, S. / Hayashida, N.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science17K07316 日本
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural and biochemical basis of the formation of isoaspartate in the complementarity-determining region of antibody 64M-5 Fab.
著者: Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Noguchi, S. / Hayashida, N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019
タイトル: Structures of the antibody 64M-5 Fab and its complex with dT(6-4)T indicate induced-fit and high-affinity mechanisms.
著者: Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Noguchi, S. / Hayashida, N.
履歴
登録2019年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (light chain)
H: Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (heavy chain)
A: DNA (5'-D(*(64T)P*(5PY))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4923
ポリマ－48,4923
非ポリマー00
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.005, 102.903, 53.398
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (light chain)


分子量: 24097.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: Hybridoma / 株: BALB/c
#2: 抗体 Anti-(6-4) photoproduct antibody 64M-5 Fab (heavy chain)


分子量: 23828.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Plasmid details: Hybridoma / 株: BALB/c
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*(64T)P*(5PY))-3')


分子量: 565.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 15% PEG2000, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月22日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 12638 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 967 / % possible all: 75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EHL

1ehl


解像度: 2.7→27.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 57157 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1243 10.3 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs-12045 91 %-
溶媒の処理Bsol: 32.7839 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 76.4 Å2 / Biso mean: 37.9 Å2 / Biso min: 7.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.26 Å20 Å20 Å2
2--4.72 Å20 Å2
3---5.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.38 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→27.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3318 37 37 93 3485
Biso mean--35.05 26.47 -
残基数----432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.81.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.612.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 170 10.7 %
Rwork0.305 1418 -
all-1588 -
obs--74.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3t64b.part64b.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION5isoasp.parisoasp.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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