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- PDB-6kdb: Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L in complex with DNA cont... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kdb
タイトルCrystal structure of human DNMT3B-DNMT3L in complex with DNA containing CpGpT site
要素
  • DNA (25-MER)
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNMT3B / DNA methyltransferase / complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epigenetic programing of female pronucleus / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / chorionic trophoblast cell differentiation / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / DNA-methyltransferase activity / transposable element silencing by heterochromatin formation / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting ...epigenetic programing of female pronucleus / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / chorionic trophoblast cell differentiation / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / DNA-methyltransferase activity / transposable element silencing by heterochromatin formation / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / genomic imprinting / SUMOylation of DNA methylation proteins / ESC/E(Z) complex / male meiosis I / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / catalytic complex / heterochromatin / DNA methylation / placenta development / condensed nuclear chromosome / PRC2 methylates histones and DNA / post-embryonic development / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / stem cell differentiation / enzyme activator activity / NoRC negatively regulates rRNA expression / transcription corepressor activity / spermatogenesis / methylation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA / DNA (> 10) / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.862 Å
データ登録者Lin, C.-C. / Chen, Y.-P. / Yang, W.-Z. / Shen, C.-K. / Yuan, H.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into CpG-specific DNA methylation by human DNA methyltransferase 3B.
著者: Lin, C.C. / Chen, Y.P. / Yang, W.Z. / Shen, J.C.K. / Yuan, H.S.
履歴
登録2019年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
E: DNA (25-MER)
F: DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,8518
ポリマ－128,0826
非ポリマー7692
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12950 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area48030 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)194.827, 194.827, 49.844
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 570 or resid 573 through 633...
21(chain D and (resid 570 or resid 573 through 633...
12(chain B and (resid 178 through 209 or resid 211...
22(chain C and (resid 178 through 209 or resid 211...
13(chain E and resid 423 through 446)
23(chain F and resid 423 through 446)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETMETMET(chain A and (resid 570 or resid 573 through 633...AA5703
121ARGARGLYSLYS(chain A and (resid 570 or resid 573 through 633...AA573 - 6336 - 66
131ASNASNALAALA(chain A and (resid 570 or resid 573 through 633...AA635 - 66068 - 93
141GLYGLYHOHHOH(chain A and (resid 570 or resid 573 through 633...AA - I663 - 100596
211METMETMETMET(chain D and (resid 570 or resid 573 through 633...DD5703
221ARGARGLYSLYS(chain D and (resid 570 or resid 573 through 633...DD573 - 6336 - 66
231ASNASNALAALA(chain D and (resid 570 or resid 573 through 633...DD635 - 66068 - 93
241GLYGLYHOHHOH(chain D and (resid 570 or resid 573 through 633...DD - L663 - 100296
112METMETLEULEU(chain B and (resid 178 through 209 or resid 211...BB178 - 2093 - 34
122SERSERLYSLYS(chain B and (resid 178 through 209 or resid 211...BB211 - 29236 - 117
132HISHISSERSER(chain B and (resid 178 through 209 or resid 211...BB177 - 3792 - 204
142VALVALLYSLYS(chain B and (resid 178 through 209 or resid 211...BB338 - 350163 - 175
152TRPTRPTYRTYR(chain B and (resid 178 through 209 or resid 211...BB359 - 377184 - 202
212METMETLEULEU(chain C and (resid 178 through 209 or resid 211...CC178 - 2093 - 34
222SERSERLYSLYS(chain C and (resid 178 through 209 or resid 211...CC211 - 29236 - 117
232ASPASPPROPRO(chain C and (resid 178 through 209 or resid 211...CC294 - 310119 - 135
242GLNGLNTYRTYR(chain C and (resid 178 through 209 or resid 211...CC318 - 377143 - 202
113DCDCDGDG(chain E and resid 423 through 446)EE423 - 4462 - 25
213DCDCDGDG(chain F and resid 423 through 446)FF423 - 4462 - 25

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / Dnmt3b / DNA methyltransferase HsaIIIB / M.HsaIIIB


分子量: 32715.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UBC3, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like


分子量: 23627.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJW3
#3: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7697.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.15 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM MES (pH 5.6), 200 mM KCl, 10 mM MgSO4, 10% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 48145 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 29.05
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.524 / Num. unique obs: 2592 / CC1/2: 0.807

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YX2

5yx2


解像度: 2.862→29.615 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 2211 5.03 %
Rwork0.1632 --
obs0.1641 43949 90.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 350.77 Å2 / Biso min: 19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.862→29.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7626 1022 52 316 9016
Biso mean--38.16 54.63 -
残基数----988
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1712X-RAY DIFFRACTION10.406TORSIONAL
12D1712X-RAY DIFFRACTION10.406TORSIONAL
21B1042X-RAY DIFFRACTION10.406TORSIONAL
22C1042X-RAY DIFFRACTION10.406TORSIONAL
31E474X-RAY DIFFRACTION10.406TORSIONAL
32F474X-RAY DIFFRACTION10.406TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.862-2.92380.304975109938
2.9238-2.99180.305697136849
2.9918-3.06650.2444110187165
3.0665-3.14930.2263158261391
3.1493-3.24190.21121502920100
3.2419-3.34640.22311562892100
3.3464-3.46580.25351682883100
3.4658-3.60430.18741862853100
3.6043-3.76810.21581160.14112922100
3.7681-3.96630.2081770.14592878100
3.9663-4.21410.17021620.13182906100
4.2141-4.53850.17221140.11482945100
4.5385-4.99320.14921760.12122860100
4.9932-5.71130.16821120.14052917100
5.7113-7.17860.18791142957100
7.17860.2346140285499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.10351.32220.40473.1671-0.51813.3793-0.1-0.0413-0.35320.14960.05020.5830.1954-0.36630.09740.14-0.07670.10560.53360.02280.3525-61.872251.6478-3.6869
20.76470.3265-0.43211.8168-0.62172.0061-0.12150.58960.0697-0.30880.10790.3894-0.0013-0.0526-0.1220.3049-0.1484-0.07750.72860.02020.0303-49.345659.9211-17.7816
35.2363-3.73945.37994.6339-4.14776.84061.60753.5643-3.3907-4.55210.14430.94234.5282-0.3241-1.74842.9725-0.0746-0.34322.4984-0.5951.9651-51.509142.7951-31.3268
48.1076-2.60983.33058.766-6.10657.83360.01130.4223-2.2216-1.36860.8233-0.99333.10681.6342-0.90761.43870.3354-0.20741.6655-0.42572.0822-43.047440.2042-13.8649
57.423-5.5868-3.94215.94230.27816.2580.6539-0.1869-1.9642-0.07870.4078-1.94230.47180.2257-1.04592.12-0.2176-0.23911.6491-0.152.3735-16.389453.24790.3005
64.32685.80844.56649.01885.6954.97611.3374-1.9676-2.91273.1784-0.4503-4.08524.26074.7237-0.87412.4340.5927-0.52792.66980.24691.9732-11.13565.024215.7204
75.0166-2.99492.062.7299-3.57926.7075-0.6991-0.4512-0.9261-1.32520.1092-1.20710.49660.53490.56191.3521-0.1378-0.17651.11740.17291.5702-13.262957.4222-2.1871
85.5173-2.45283.2153.352-3.4533.695-2.1286-0.95760.15121.41610.6739-2.5694-0.3765-1.14391.45362.42890.1697-0.27412.34130.03482.8976-25.316143.9226-3.444
97.4468-2.32860.73144.2344-3.90964.0121-0.58211.4905-3.8124-1.6010.00611.56442.5571-4.78690.59681.964-0.6845-0.06022.7802-0.59822.6273-35.050842.0081-19.6438
104.8032-4.81670.09224.8414-0.23632.0155-0.23111.8916-1.2995-2.07410.04185.1998-0.261-3.29260.19462.2066-0.1439-0.63672.89090.30743.2388-53.458436.7928-25.6198
114.29580.593-0.29682.00840.3893.36270.05060.06190.2905-0.1295-0.0967-0.6032-0.26260.33510.08340.3817-0.19450.06740.30430.07270.3448-13.826379.4253-12.3279
121.9972-0.2832-0.83510.7507-0.12132.31920.2039-0.48290.40540.4268-0.1573-0.1509-0.01650.0167-0.12320.4555-0.2277-0.00860.5083-0.0569-0.0573-27.215272.70481.7409
132.71421.9046-3.11584.8761-3.11393.86260.03430.015-0.3429-0.05580.0873-0.4545-0.28450.7295-0.01790.5428-0.34220.27021.1410.28921.574622.788.5611-22.1851
148.71992.3753-2.631.75721.11255.0044-0.0861-0.412-0.60440.1009-0.0995-0.62170.04430.76420.10820.2441-0.18530.07140.68160.33691.189311.103280.8463-14.3219
156.3318-2.0866-0.34160.92331.10884.1981-0.20880.9207-1.8337-0.5673-0.1553-0.63690.68830.34860.44510.5228-0.07330.5030.9042-0.04711.48819.221870.9895-26.5032
165.1448-0.16520.64690.83360.69751.9519-0.26480.2978-1.7608-0.03920.1738-0.49530.41790.7440.16610.7401-0.04430.61041.13940.09612.061421.041573.3909-25.8864
175.2568-0.3359-4.14211.7336-1.26234.64830.1191-0.0854-0.5325-0.00450.0521-0.1050.479-0.6305-0.08770.7321-0.46430.4010.92880.06521.5364-88.197924.73886.2686
182.08493.3008-0.62885.4525-2.04175.1758-0.1237-0.0431-0.9529-0.0317-0.3388-0.49780.8575-0.09550.32420.5326-0.22470.38460.47290.03051.309-72.374428.87771.7435
190.96380.88331.65036.13330.47213.03230.4292-0.4133-0.90470.1142-0.3809-1.4390.72380.2350.01930.9034-0.21720.34480.98550.49671.9494-73.463419.929511.1459
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 570 through 725 )D570 - 725
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 726 through 853 )D726 - 853
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and (resid 422 through 426 )E422 - 426
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 427 through 431 )E427 - 431
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 432 through 446 )E432 - 446
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 422 through 426 )F422 - 426
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 427 through 431 )F427 - 431
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 432 through 436 )F432 - 436
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 437 through 441 )F437 - 441
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 442 through 446 )F442 - 446
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 570 through 725 )A570 - 725
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 726 through 853 )A726 - 853
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 177 through 217 )B177 - 217
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 218 through 291 )B218 - 291
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 292 through 339 )B292 - 339
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 340 through 379 )B340 - 379
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 177 through 217 )C177 - 217
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 218 through 325 )C218 - 325
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 326 through 378 )C326 - 378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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