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- PDB-6kdl: Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L complex (I) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kdl
タイトルCrystal structure of human DNMT3B-DNMT3L complex (I)
要素
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
  • DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
キーワードTRANSFERASE / DNMT3B / DNA methyltransferase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / epigenetic programing of female pronucleus / chorionic trophoblast cell differentiation / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / transposable element silencing by heterochromatin formation / DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting ...DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / epigenetic programing of female pronucleus / chorionic trophoblast cell differentiation / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / transposable element silencing by heterochromatin formation / DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / autosome genomic imprinting / genomic imprinting / SUMOylation of DNA methylation proteins / ESC/E(Z) complex / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / male meiosis I / catalytic complex / heterochromatin / DNA methylation / placenta development / condensed nuclear chromosome / PRC2 methylates histones and DNA / post-embryonic development / Defective pyroptosis / stem cell differentiation / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / enzyme activator activity / NoRC negatively regulates rRNA expression / transcription corepressor activity / spermatogenesis / methylation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.274 Å
データ登録者Lin, C.-C. / Chen, Y.-P. / Yang, W.-Z. / Shen, C.-K. / Yuan, H.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into CpG-specific DNA methylation by human DNA methyltransferase 3B.
著者: Lin, C.C. / Chen, Y.P. / Yang, W.Z. / Shen, J.C.K. / Yuan, H.S.
履歴
登録2019年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,4556
ポリマ－112,6864
非ポリマー7692
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area42240 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)192.932, 192.932, 50.041
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 571 through 572 or resid 574 through 607 or resid 609 through 1005))
21(chain D and (resid 571 through 572 or resid 574 through 607 or resid 609 through 1002))
12(chain B and (resid 178 through 179 or resid 181...
22(chain C and (resid 178 through 179 or resid 181...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ARGARGARGARG(chain A and (resid 571 through 572 or resid 574 through 607 or resid 609 through 1005))AA571 - 5724 - 5
121PROPROCYSCYS(chain A and (resid 571 through 572 or resid 574 through 607 or resid 609 through 1005))AA574 - 6077 - 40
131GLUGLUHOHHOH(chain A and (resid 571 through 572 or resid 574 through 607 or resid 609 through 1005))AA - G609 - 100542
211ARGARGARGARG(chain D and (resid 571 through 572 or resid 574 through 607 or resid 609 through 1002))DD571 - 5724 - 5
221PROPROCYSCYS(chain D and (resid 571 through 572 or resid 574 through 607 or resid 609 through 1002))DD574 - 6077 - 40
231GLUGLUHOHHOH(chain D and (resid 571 through 572 or resid 574 through 607 or resid 609 through 1002))DD - J609 - 100242
112METMETPHEPHE(chain B and (resid 178 through 179 or resid 181...BB178 - 1793 - 4
122THRTHRLYSLYS(chain B and (resid 178 through 179 or resid 181...BB181 - 2006 - 25
132GLUGLUPROPRO(chain B and (resid 178 through 179 or resid 181...BB202 - 27227 - 97
142PROPROPROPRO(chain B and (resid 178 through 179 or resid 181...BB27499
152PROPROALAALA(chain B and (resid 178 through 179 or resid 181...BB277 - 347102 - 172
162ASNASNTYRTYR(chain B and (resid 178 through 179 or resid 181...BB349 - 377174 - 202
212METMETPHEPHE(chain C and (resid 178 through 179 or resid 181...CC178 - 1793 - 4
222THRTHRLYSLYS(chain C and (resid 178 through 179 or resid 181...CC181 - 2006 - 25
232GLUGLUPROPRO(chain C and (resid 178 through 179 or resid 181...CC202 - 27227 - 97
242PROPROPROPRO(chain C and (resid 178 through 179 or resid 181...CC27499
252PROPROALAALA(chain C and (resid 178 through 179 or resid 181...CC277 - 347102 - 172
262ASNASNTYRTYR(chain C and (resid 178 through 179 or resid 181...CC349 - 377174 - 202

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / Dnmt3b / DNA methyltransferase HsaIIIB / M.HsaIIIB


分子量: 32715.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UBC3, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: タンパク質 DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like


分子量: 23627.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJW3
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.95 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20 mM Tris-HCl (pH 7.4), 200 mM NaCl, 5% glycerol, and 0.5 mM TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→30 Å / Num. obs: 28675 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 17.61
反射 シェル解像度: 3.27→3.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.446 / Num. unique obs: 1335 / CC1/2: 0.833

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YX2

5yx2


解像度: 3.274→29.468 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2121 1333 4.65 %
Rwork0.179 --
obs0.1803 28671 89.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 229.5 Å2 / Biso min: 3.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.274→29.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7408 0 52 190 7650
Biso mean--67.03 43.38 -
残基数----912
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1692X-RAY DIFFRACTION9.508TORSIONAL
12D1692X-RAY DIFFRACTION9.508TORSIONAL
21B994X-RAY DIFFRACTION9.508TORSIONAL
22C994X-RAY DIFFRACTION9.508TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2744-3.39120.295566126942
3.3912-3.52680.2877207368
3.5268-3.6870.2408122296697
3.687-3.8810.2274153307499
3.881-4.12360.21071410.1676299599
4.1236-4.44090.18461480.1424305299
4.4409-4.8860.17461410.1351303399
4.886-5.58890.19671600.15293036100
5.5889-7.02560.21671743014100
7.02560.2036151282693
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.30732.24851.93069.1217-0.95820.712-0.3338-0.32941.1671-0.6230.6669-1.1123-1.78541.1707-0.4071.8991-0.2194-0.3731.45090.17812.297241.356341.4621-18.9346
21.1130.2265-0.74060.1674-0.14550.49280.19570.98741.37450.5171-0.0223-0.2071-0.4943-0.0889-0.18651.17540.307-0.54121.10230.27132.481814.235336.2426-23.7504
33.3485-0.88241.60926.481-0.61375.7766-0.04150.64330.1262-0.5779-0.05990.55570.1155-0.30070.13720.15620.0649-0.08120.54170.05740.180139.1491-1.4977-14.1492
44.2308-2.2403-3.03475.1974-1.08813.9899-0.3189-0.58161.010.02050.21080.5518-0.5189-0.30220.12760.27580.1814-0.15110.59760.05570.593933.310110.6102-6.3192
53.2743-1.41672.68472.6179-2.01512.6967-0.3481-1.0264-0.13180.33640.43220.7547-0.2078-0.8634-0.05290.38620.18140.11050.99680.00540.386935.23182.27026.5447
61.6585-0.94470.41571.5718-0.67653.3613-0.238-0.2322-0.08310.30820.1590.2015-0.1551-0.0738-0.00880.39320.11640.03440.63270.0116-0.020750.9809-3.43734.2519
75.5964-1.27530.68433.0612-0.02223.9370.0858-0.0464-0.15650.1239-0.2327-0.65870.19880.50560.15890.36510.181-0.09550.32750.07010.32683.3492-22.27670.5632
82.02640.07470.66520.7338-0.59412.88620.14340.4952-0.382-0.2492-0.1012-0.1140.19470.1345-0.12850.5450.2362-0.01970.6138-0.08670.011569.7344-16.2626-13.0623
94.7509-4.70183.75225.4198-3.89545.60330.1505-0.08920.40360.271-0.1115-0.60240.10120.64740.05960.69740.3031-0.24831.24650.46111.5684117.9331-31.638912.4355
108.23140.49710.6083.12252.37211.80690.32230.9721-0.13580.0407-0.3994-1.78210.77742.2301-0.36320.65170.31-0.06181.59420.37481.762118.2903-29.08740.7253
117.3343-2.7320.98522.5697-0.38464.34950.0662-0.07730.69980.2438-0.3249-1.5017-0.21920.86320.2590.35070.1031-0.25720.91050.4041.4085106.3323-21.5386.187
127.81331.40712.81092.97210.91915.6158-0.1486-0.70741.00060.50580.2123-0.26860.18740.931-0.0790.5860.0746-0.38421.06540.22041.3838109.1003-18.75317.3966
132.0605-0.8612-1.97280.36070.82591.93360.2204-0.62170.6260.30370.1924-1.0993-0.37340.4259-0.43021.0147-0.0881-0.59571.29290.14792.0682117.2457-15.46914.7135
144.1257-1.20662.6510.3567-0.84262.762-0.13250.0350.8029-0.30640.16570.161-0.6015-0.5160.39421.0540.5133-0.57351.1684-0.06531.721810.111930.9619-20.3034
153.667-1.7750.27523.7451-0.39070.0434-0.477-0.00870.72410.85620.45431.9106-1.2736-1.3818-0.26281.70530.7262-0.49331.2608-0.1652.49595.111636.2883-13.521
165.8303-3.04710.71623.8482-0.8523.0992-0.3085-0.04761.5532-0.2369-0.02490.1047-0.6893-0.24720.28720.66740.3063-0.54760.61030.02431.434924.302126.2972-14.0686
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 340 through 352 )C340 - 352
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 353 through 379 )C353 - 379
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 571 through 639 )D571 - 639
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 640 through 703 )D640 - 703
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 704 through 759 )D704 - 759
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 760 through 853 )D760 - 853
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 571 through 725 )A571 - 725
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 726 through 853 )A726 - 853
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 178 through 205 )B178 - 205
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 206 through 228 )B206 - 228
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 229 through 321 )B229 - 321
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 322 through 338 )B322 - 338
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 339 through 379 )B339 - 379
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 178 through 206 )C178 - 206
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 207 through 217 )C207 - 217
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 218 through 339 )C218 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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