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- PDB-4eb2: Crystal structure Mistletoe Lectin I from Viscum album in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eb2
タイトルCrystal structure Mistletoe Lectin I from Viscum album in complex with n-acetyl-d-glucosamine at 1.94 A resolution.
要素(Beta-galactoside-specific lectin 1 chain ...) x 2
キーワードHYDROLASE/SUGAR BINDING PROTEIN / Rossmann fold / ribosome-inactivating protein type II / glycoprotein / plant defense / protein synthesis inhibitor / toxin / sarcin/ricin domain / galactose binding receptor / HYDROLASE-SUGAR BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-galactoside-specific lectin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Viscum album (ヤドリギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Laskov, A.A. / Prokofev, I.I. / Gabdoulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure Mistletoe Lectin I from Viscum album in complex with N-acetyl-D-glucosamine at 1.94 A resolution.
著者: Laskov, A.A. / Prokofev, I.I. / Gabdoulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2012年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A
B: Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,76429
ポリマ－55,7082
非ポリマー3,05527
水4,161231
1
A: Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A
B: Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B
ヘテロ分子

A: Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A
B: Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,52858
ポリマ－111,4174
非ポリマー6,11154
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8830 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.058, 107.058, 311.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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Beta-galactoside-specific lectin 1 chain ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-galactoside-specific lectin 1 chain A / Viscumin / Beta-galactoside-specific lectin I chain A / ML-I A / MLA / rRNA N-glycosidase


分子量: 27300.711 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Viscum album (ヤドリギ) / 参照: UniProt: P81446*PLUS, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質 Beta-galactoside-specific lectin 1 chain B / Viscumin / Beta-galactoside-specific lectin I chain B / ML-I B / MLB


分子量: 28407.717 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Viscum album (ヤドリギ) / 参照: UniProt: P81446*PLUS

-
糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 7種, 254分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT BETA-GALACTOSIDE-SPECIFIC LECTIN 1 (VISCUMIN) FROM NATURAL SOURCES IS ...THE AUTHORS STATE THAT BETA-GALACTOSIDE-SPECIFIC LECTIN 1 (VISCUMIN) FROM NATURAL SOURCES IS VARIABLE IN SEQUENCE AND THAT THE SEQUENCE IN THIS ENTRY WAS IDENTIFIED FROM ELECTRON DENSITY. THE CLOSEST UNIPROT REFERENCE IS P81446 (ML1_VISAL) RESIDUES 34-482 FOR CHAIN A AND RESIDUES 302-564 FOR CHAIN B.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.4
詳細: 0.01 M sodium acetate, 25% saturated ammonium sulfate, 0.1 M glycin/HCl buffer, pH 3.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.81 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月23日
放射モノクロメーター: horizontally focusing Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→29.5 Å / Num. all: 78881 / Num. obs: 77457 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 13.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SZ6

1sz6


解像度: 1.94→7.998 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2256 3809 5 %
Rwork0.1803 --
obs0.1827 76180 98.25 %
all-77457 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 72.939 Å2 / ksol: 0.46 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.019 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.019 Å2-0 Å2
3----2.0381 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→7.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3916 0 177 231 4324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084234
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0115727
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3441545
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071654
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004739
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.96420.4781260.4382395X-RAY DIFFRACTION90
1.9642-1.98970.36571400.34222673X-RAY DIFFRACTION98
1.9897-2.01650.36081390.31122641X-RAY DIFFRACTION98
2.0165-2.04480.36911370.29962585X-RAY DIFFRACTION98
2.0448-2.07480.32351380.27962624X-RAY DIFFRACTION97
2.0748-2.10670.27361370.25222613X-RAY DIFFRACTION97
2.1067-2.14060.29851380.23722624X-RAY DIFFRACTION97
2.1406-2.17680.32191380.25272607X-RAY DIFFRACTION97
2.1768-2.21550.34921360.27052598X-RAY DIFFRACTION97
2.2155-2.25720.39351380.27012606X-RAY DIFFRACTION97
2.2572-2.30220.31171390.26022647X-RAY DIFFRACTION98
2.3022-2.3510.31941410.22412680X-RAY DIFFRACTION98
2.351-2.40430.26211400.19612658X-RAY DIFFRACTION99
2.4043-2.46270.25431400.17132667X-RAY DIFFRACTION99
2.4627-2.52720.23141410.17832667X-RAY DIFFRACTION98
2.5272-2.59910.22531400.17962662X-RAY DIFFRACTION98
2.5991-2.67990.28271420.19632695X-RAY DIFFRACTION98
2.6799-2.77190.21261410.18982689X-RAY DIFFRACTION100
2.7719-2.87790.2491440.16712729X-RAY DIFFRACTION100
2.8779-3.00220.20551440.16082741X-RAY DIFFRACTION100
3.0022-3.15130.23721450.15862754X-RAY DIFFRACTION100
3.1513-3.33520.21071440.17622739X-RAY DIFFRACTION100
3.3352-3.57130.21831470.16322780X-RAY DIFFRACTION100
3.5713-3.89260.18761450.1472756X-RAY DIFFRACTION100
3.8926-4.37340.15321470.1222788X-RAY DIFFRACTION100
4.3734-5.23890.14761490.13032832X-RAY DIFFRACTION99
5.2389-7.99760.23061530.19462921X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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