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- PDB-7cze: Crystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cze
タイトルCrystal structure of Epstein-Barr virus (EBV) gHgL and in complex with the ligand binding domian (LBD) of EphA2
要素
  • Envelope glycoprotein H
  • Envelope glycoprotein L
  • Ephrin type-A receptor 2
キーワードVIRAL PROTEIN / glycoprotein / receptor / complex / virus entry
機能・相同性
機能・相同性情報


notochord cell development / notochord formation / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / lens fiber cell morphogenesis / axial mesoderm formation / cAMP metabolic process / regulation of blood vessel endothelial cell migration / pericyte cell differentiation / ephrin receptor activity ...notochord cell development / notochord formation / blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of lymphangiogenesis / lens fiber cell morphogenesis / axial mesoderm formation / cAMP metabolic process / regulation of blood vessel endothelial cell migration / pericyte cell differentiation / ephrin receptor activity / leading edge membrane / negative regulation of chemokine production / response to growth factor / post-anal tail morphogenesis / activation of GTPase activity / bone remodeling / positive regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of lamellipodium assembly / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / EPH-Ephrin signaling / central nervous system neuron differentiation / tight junction / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / neural tube development / mammary gland epithelial cell proliferation / RHOV GTPase cycle / growth factor binding / EPHA-mediated growth cone collapse / regulation of cell adhesion mediated by integrin / RHOU GTPase cycle / lamellipodium membrane / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / regulation of angiogenesis / ephrin receptor signaling pathway / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / vasculogenesis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / osteoclast differentiation / negative regulation of angiogenesis / host cell endosome membrane / molecular function activator activity / skeletal system development / protein localization to plasma membrane / cell chemotaxis / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cell motility / receptor protein-tyrosine kinase / ruffle membrane / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / osteoblast differentiation / cell migration / lamellipodium / virus receptor activity / angiogenesis / host cell Golgi apparatus / receptor complex / cell adhesion / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of cell migration / cadherin binding / inflammatory response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / focal adhesion / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / Ephrin type-A receptor 2, ligand binding domain ...Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / Ephrin type-A receptor 2, ligand binding domain / Ephrin receptor type-A /type-B / Ephrin receptor ligand binding domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class V, conserved site / Ephrin receptor, transmembrane domain / : / Ephrin receptor ligand binding domain / Ephrin type-A receptor 2 transmembrane domain / Receptor tyrosine kinase class V signature 1. / Receptor tyrosine kinase class V signature 2. / Eph receptor ligand-binding domain profile. / Ephrin receptor ligand binding domain / Putative ephrin-receptor like / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein L / Envelope glycoprotein H / Ephrin type-A receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Su, C. / Wu, L.L. / Song, H. / Chai, Y. / Qi, J.X. / Yan, J.H. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Molecular basis of EphA2 recognition by gHgL from gammaherpesviruses.
著者: Su, C. / Wu, L. / Chai, Y. / Qi, J. / Tan, S. / Gao, G.F. / Song, H. / Yan, J.
履歴
登録2020年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.number_unique_obs
改定 1.22020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.42021年1月13日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52021年9月29日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.62023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein H
B: Envelope glycoprotein L
C: Envelope glycoprotein H
D: Envelope glycoprotein L
E: Envelope glycoprotein H
F: Envelope glycoprotein L
G: Envelope glycoprotein H
H: Envelope glycoprotein L
I: Ephrin type-A receptor 2
J: Ephrin type-A receptor 2
K: Ephrin type-A receptor 2
L: Ephrin type-A receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)431,83628
ポリマ－428,29712
非ポリマー3,53916
水00
1
A: Envelope glycoprotein H
B: Envelope glycoprotein L
I: Ephrin type-A receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9597
ポリマ－107,0743
非ポリマー8854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area41270 Å2
手法PISA
2
C: Envelope glycoprotein H
D: Envelope glycoprotein L
J: Ephrin type-A receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9597
ポリマ－107,0743
非ポリマー8854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7260 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area41240 Å2
手法PISA
3
E: Envelope glycoprotein H
F: Envelope glycoprotein L
L: Ephrin type-A receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9597
ポリマ－107,0743
非ポリマー8854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7260 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area41260 Å2
手法PISA
4
G: Envelope glycoprotein H
H: Envelope glycoprotein L
K: Ephrin type-A receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9597
ポリマ－107,0743
非ポリマー8854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area41280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.464, 113.806, 119.654
Angle α, β, γ (deg.)90.030, 90.167, 89.888
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
Envelope glycoprotein H / gH


分子量: 73383.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: gH, BXLF2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P03231
#2: タンパク質
Envelope glycoprotein L / gL


分子量: 12589.231 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: gL, BKRF2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P03212
#3: タンパク質
Ephrin type-A receptor 2 / Epithelial cell kinase / Tyrosine-protein kinase receptor ECK


分子量: 21101.857 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHA2, ECK
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P29317, receptor protein-tyrosine kinase
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 98531 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 12.95
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Num. unique obs: 9508 / CC1/2: 0.757

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5w0k, 3fl7

5w0k

3fl7


解像度: 3→41.22 Å / SU ML: 0.4912 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.7047
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 5117 5.21 %
Rwork0.2573 93116 -
obs0.2587 98233 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→41.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29284 0 0 0 29284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004929948
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.010440632
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05964704
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.895910952
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.030.4891580.4542714X-RAY DIFFRACTION86.56
3.03-3.070.45291840.43413169X-RAY DIFFRACTION98.3
3.07-3.110.44542010.41512998X-RAY DIFFRACTION98.07
3.11-3.150.44691860.4043143X-RAY DIFFRACTION98.58
3.15-3.190.39151690.38813057X-RAY DIFFRACTION97.94
3.19-3.230.35551620.38993139X-RAY DIFFRACTION98.13
3.23-3.280.38541720.37353073X-RAY DIFFRACTION98.39
3.28-3.330.38511830.35633049X-RAY DIFFRACTION98.18
3.33-3.380.45471520.36253186X-RAY DIFFRACTION98.55
3.38-3.430.33631390.32913127X-RAY DIFFRACTION97.96
3.43-3.490.30431540.31213090X-RAY DIFFRACTION98.42
3.49-3.560.40191690.30213108X-RAY DIFFRACTION98.59
3.56-3.620.31251590.29683179X-RAY DIFFRACTION98.85
3.62-3.70.34411350.29263096X-RAY DIFFRACTION98.69
3.7-3.780.3131870.28373132X-RAY DIFFRACTION98.75
3.78-3.870.30961480.28223136X-RAY DIFFRACTION98.8
3.87-3.960.2862010.2723092X-RAY DIFFRACTION98.86
3.96-4.070.31311770.26943093X-RAY DIFFRACTION98.49
4.07-4.190.27971860.24343063X-RAY DIFFRACTION98.54
4.19-4.320.27731490.24323206X-RAY DIFFRACTION99.29
4.32-4.480.24172340.21733090X-RAY DIFFRACTION98.99
4.48-4.660.27882110.20753036X-RAY DIFFRACTION99.24
4.66-4.870.20981580.19863125X-RAY DIFFRACTION99.27
4.87-5.130.23921170.20733252X-RAY DIFFRACTION99.53
5.13-5.450.25521390.23043170X-RAY DIFFRACTION99.43
5.45-5.860.26841570.24523147X-RAY DIFFRACTION99.49
5.86-6.450.29622100.23793070X-RAY DIFFRACTION99.48
6.45-7.380.27431840.23433165X-RAY DIFFRACTION99.52
7.38-9.280.20921580.20233148X-RAY DIFFRACTION99.64
9.28-41.220.23581780.22573063X-RAY DIFFRACTION97.33
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.610871591454-0.314031188997-0.1164233360081.245144175730.6871252324483.26815593981-0.0619615115655-0.00879724793631-0.04082239863390.341321573020.01884113759240.0150139140953-0.1619733266050.01069546474172.17820488379E-110.708907921026-0.0387896993538-0.03254320974860.7276539347130.0279671978770.91244893050610.23646426837.5035805437-8.90195331475
20.864397541417-0.4799990680920.5779637767280.7148133613880.4554954682420.8740972398750.004503701004190.380311023703-0.122266954674-0.745816301209-0.07400869893740.066996201116-0.255900223134-0.177114116-1.30189067708E-50.870717223049-0.127449761310.00707349179481.12121186166-0.03816857495720.97640235242117.351885318921.3232881896-59.2663862426
30.6762766643780.4208188360240.08081793933011.145904854780.5494853292812.96997425127-0.08997948229540.0368165847033-0.000338110747365-0.2988951288140.06424287286640.0186982563050.2117512287010.02038319424931.56250590681E-120.8005520934140.03750899625290.03375481906360.710493253670.004134134265260.912532168829-36.912261589477.7081155358-24.904734146
40.4057117565340.311908505518-0.1482468137850.997996902893-0.2515444140924.50748597805-0.0138142252062-0.0872149265516-0.0895383172446-0.09052517487450.02570044438970.02831369326490.0435739592153-0.1074487455241.52172401852E-110.6661279813710.0869862741325-0.01924261276210.7948134477080.01430836957650.9177022566218.678452686194.144560959423.6921872959
50.271799489892-0.3569513009520.2848620249940.202190630441-0.499418018220.768182993428-0.150107074390.09857133638930.195495638173-0.3723935742030.01840011278650.06119129154110.174548977124-0.0654627468595-2.63449111285E-91.10416010911-0.00731579410716-0.01760070858631.125280203850.06747305371560.95404640039411.655222343378.056396589774.1432417714
60.304853462655-0.3565617944290.05200063798261.10563083978-0.6988417448734.5689685034-0.008485705201070.06335807568610.1165900428780.04002389852950.03962043531580.0171104849937-0.0681574431907-0.07293658105832.01410913239E-110.804955311208-0.1271161055520.0006067231621280.819364461274-0.01405659743460.930432981294-28.842557170820.963566521662.2038939861
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain E
5X-RAY DIFFRACTION5chain F
6X-RAY DIFFRACTION6chain G
7X-RAY DIFFRACTION7chain H
8X-RAY DIFFRACTION8chain I
9X-RAY DIFFRACTION9chain J
10X-RAY DIFFRACTION10chain K
11X-RAY DIFFRACTION11chain L

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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