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- PDB-6k6b: Application of anti-helix antibodies in protein structure determi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k6b
タイトルApplication of anti-helix antibodies in protein structure determination (8496-3LRH)
要素
  • 3LRH intrabody
  • Protein A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / antibody / protein design
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host signal transduction pathway via antagonism of host cell surface receptor / IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin FC, subunit C / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain ...Immunoglobulin FC, subunit C / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Lee, J.O. / Jin, M.S. / Kim, J.W. / Kim, S. / Lee, H. / Cho, G.Y.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2014R1A2A1A10050436 韓国
National Research Foundation (Korea)NRF-2017M3A9F6029753 韓国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Application of antihelix antibodies in protein structure determination.
著者: Kim, J.W. / Kim, S. / Lee, H. / Cho, G. / Kim, S.C. / Lee, H. / Jin, M.S. / Lee, J.O.
履歴
登録2019年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3LRH intrabody
B: Protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7942
ポリマ－22,7942
非ポリマー00
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.559, 51.351, 55.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3LRH intrabody


分子量: 14203.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Protein A


分子量: 8590.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02976*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.08 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 35% PEG 4000, 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 9479 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Num. unique obs: 1369 / Rpim(I) all: 0.19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2142: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LRH, 1DEE

3lrh

1dee


解像度: 2.06→26.279 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 24.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 734 7.75 %
Rwork0.2021 --
obs0.2057 9476 97.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→26.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1248 0 0 143 1391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4121756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.861785
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003234
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0601-2.21910.26971340.2421571X-RAY DIFFRACTION90
2.2191-2.44230.27781400.21981771X-RAY DIFFRACTION100
2.4423-2.79540.21031390.2261777X-RAY DIFFRACTION100
2.7954-3.52050.25271640.19261780X-RAY DIFFRACTION100
3.5205-26.28160.2471570.1791843X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.454-3.15-1.73727.44633.89762.13360.01620.24560.1163-0.2667-0.06930.1039-0.35-0.18090.09770.18240.0176-0.02470.12930.03490.176965.366314.021-3.5242
21.75210.57260.34342.5349-0.0771.7273-0.06950.0794-0.0265-0.03490.0473-0.0538-0.06890.0671-0.00930.1366-0.0251-0.01970.14880.0190.096464.15921.0132-2.5229
38.26264.47640.75512.66430.14670.35140.0261-0.42760.50780.2916-0.10080.1844-0.2527-0.42090.08410.1495-0.0095-0.06370.22170.00060.137569.2217.64310.5673
40.44450.70080.75273.156-0.30332.38430.0759-0.1211-0.03450.1333-0.22860.2923-0.2398-0.35020.0520.112-0.0007-0.01420.18150.01210.140357.49554.83372.8525
52.6842-0.36880.11773.3922-0.87451.68750.0103-0.0730.19210.1473-0.1547-0.2572-0.17140.04060.16860.1285-0.0072-0.04230.1519-0.00280.075568.19126.11431.5919
65.84330.0907-0.86931.52560.24022.3594-0.1327-0.0985-0.49150.00590.0025-0.1540.1776-0.14070.08680.13470.04030.04530.16180.040.100569.8956-3.44139.0318
73.64241.38290.05156.0956-0.27873.6432-0.29520.4348-0.227-0.20850.2733-0.37760.1340.2143-0.04920.13460.03120.02010.1943-0.00880.188483.0109-6.93858.1131
88.07315.0875-1.9545.9797-1.34781.71670.3923-0.13660.01240.9616-0.0983-0.4171-0.3572-0.1596-0.20650.1620.0511-0.01390.1670.00910.173282.6967-2.382816.1422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 42 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 43 through 52 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 53 through 79 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 80 through 113 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 2 through 18 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 19 through 37 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 38 through 57 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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