PDB-2xcj: Crystal structure of P2 C, the immunity repressor of temperate E....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xcj

タイトル

Crystal structure of P2 C, the immunity repressor of temperate E. coli phage P2

要素

C PROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN / DIRECT REPEATS / REPRESSOR / HELIX-TURN-HELIX

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ENTEROBACTERIA PHAGE P2 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Massad, T. / Skaar, K. / Hogbom, M. / Stenmark, P.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of the P2 C-Repressor: A Binder of Non-Palindromic Direct DNA Repeats.
著者: Massad, T. / Skaar, K. / Nilsson, H. / Damberg, P. / Henriksson-Peltola, P. / Haggard-Ljungquist, E. / Hogbom, M. / Stenmark, P.

履歴

登録	2010年4月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xcj.cif.gz	87.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xcj.ent.gz	68 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xcj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xcj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ie7-1 6onu-3 6u3d-1 3hnq-4 4gv5-3 6k6b-d 1knj-d 6u3a-2 3hnq-3 2vay-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: C PROTEIN

B: C PROTEIN

ヘテロ分子

22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.103, 91.103, 80.754
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	C PROTEIN 分子量: 11026.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE P2 (ファージ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83VS7
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 72 % 解説: STRUCTURE WAS SOLVED USING SAD ON A SELENOMETHIONINE LABELED ISOMORPHUS CRYSTAL.
結晶化	詳細: 3.9M NA-FORMATE, 0.1M TRIS PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.978
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→35 Å / Num. obs: 32402 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 0 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0044	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	AUTOSOL	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 3.447 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS.ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17294	3125	8.8 %	RANDOM
R_work	0.14869	-	-	-
obs	0.15084	32402	97.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.736 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.77 Å²	0.38 Å²	-0 Å²
2-	-	0.77 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1324	0	17	210	1551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.989	1.974	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.119	3	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.245	5	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.616	24.407	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.776	15	237
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.713	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	273
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.086	1.5	860
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.393	1.5	339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.727	2	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.883	3	546
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.131	4.5	506
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	223	-
R_work	0.32	2372	-
obs	-	-	98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4296	3.9789	-3.3153	7.6025	-1.9153	7.2721	-0.1871	0.5865	0.1485	-0.8711	0.0742	0.2112	0.119	-0.8959	0.1128	0.2392	-0.0308	-0.0204	0.1404	-0.0153	0.0126	-9.711	43.444	5.827
2	9.826	-1.6464	2.2152	9.0018	-2.6636	5.526	-0.1896	0.2716	-0.3352	-0.9982	0.046	-0.5595	0.8405	-0.259	0.1436	0.4803	-0.0306	0.2008	0.1276	-0.0664	0.1549	-2.01	33.345	4.448
3	7.2761	-1.7105	-3.7322	9.4302	0.117	5.6749	-0.3526	0.5968	-0.6796	-1.1935	0.1732	0.2316	0.9225	-0.474	0.1794	0.37	-0.1596	0.0452	0.2047	-0.0899	0.1152	-12.629	31.131	8.748
4	4.4367	2.4664	-1.486	7.0213	-1.8744	4.0702	-0.0453	0.0031	0.0077	0.0185	-0.0106	-0.1722	-0.0076	0.0017	0.0559	0.0415	-0.0126	0.0097	0.0565	-0.0132	0.0108	-3.692	45.453	15.324
5	10.8096	-2.4299	-0.9127	16.3485	-0.0608	17.3986	-0.2127	-0.0365	0.778	-0.1466	0.0485	0.5586	-1.2673	-1.2089	0.1642	0.1472	0.0398	-0.0103	0.198	-0.0406	0.1196	-8.756	52.683	5.567
6	5.3048	0.7384	0.4067	11.8617	4.4984	7.0352	-0.0032	-0.6159	-0.1675	0.5198	-0.1247	-0.2914	0.4767	0.1398	0.1279	0.0419	-0.0058	-0.0008	0.1601	0.0232	0.0295	-5.683	40.829	34.691
7	10.3637	0.1454	4.9184	6.9517	-2.0355	8.4808	0.1862	-1.4896	0.4002	0.5977	-0.1592	0.4929	0.1454	-0.4794	-0.027	0.1087	-0.0846	0.0329	0.4473	-0.1242	0.0858	-17.247	44.038	38.25
8	5.0802	3.3463	-0.3267	3.4121	-0.8246	1.7252	0.0191	-0.3317	-0.0101	0.0316	-0.0608	0.0281	-0.0015	-0.1765	0.0418	0.0414	-0.0099	0.004	0.1071	-0.0137	0.007	-12.324	41.427	28.206
9	6.1342	-0.8438	-0.5449	14.103	-5.4486	5.8328	-0.0347	0.0357	0.0589	-0.348	-0.0871	-0.7284	-0.4049	0.5675	0.1218	0.1099	-0.0569	0.0301	0.1156	-0.029	0.0573	2.527	51.822	25.261
10	14.7733	-2.6636	-1.4351	13.891	1.299	15.907	0.0192	0.1217	-0.2412	-0.0173	-0.1787	-0.812	0.5544	1.2919	0.1594	0.0765	0.0358	0.0081	0.1435	-0.0076	0.0989	2.83	44.573	34.656

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	29 - 44
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	45 - 78
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	79 - 85
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 17
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	18 - 25
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	26 - 68
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	69 - 78
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	79 - 85

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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