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- PDB-1knj: Co-Crystal Structure of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1knj
タイトルCo-Crystal Structure of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate Synthase (ispF) from E. coli Involved in Mevalonate-Independent Isoprenoid Biosynthesis, Complexed with CMP/MECDP/Mn2+
要素2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / isoprenoids / deoxyxylulose/methyl-erythritol-phosphate pathway / cyclodiphosphate / MEP / YgbB / ispF / MECDP / 2-C-methyl-D-erythritol-2 / 4-cyclodiphosphate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase activity / ubiquinone biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / manganese ion binding / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase, conserved site / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase superfamily / YgbB family / 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase signature. / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE / : / 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Richard, S.B. / Ferrer, J.L. / Bowman, M.E. / Lillo, A.M. / Tetzlaff, C.N. / Cane, D.E. / Noel, J.P.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structure and mechanism of 2-C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase. An enzyme in the mevalonate-independent isoprenoid biosynthetic pathway.
著者: Richard, S.B. / Ferrer, J.L. / Bowman, M.E. / Lillo, A.M. / Tetzlaff, C.N. / Cane, D.E. / Noel, J.P.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of 4-diphosphocytidyl-2-C-methylerythritol Synthetase Involved in Mevalonate-Independent Isoprenoid Biosynthesis
著者: Richard, S.B. / Bowman, M.E. / Kwiatkowski, W. / Kang, I. / Chow, C. / Lillo, A.M. / Cane, D.E. / Noel, J.P.
履歴
登録2001年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02024年11月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7644
ポリマ－17,1081
非ポリマー6563
水39622
1
A: 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子

A: 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子

A: 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,29312
ポリマ－51,3243
非ポリマー1,9699
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area9660 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)144.254, 144.254, 144.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

HOH

21A-413-

HOH

詳細The biological assembly is a homotrimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: z,x,y and y,z,x

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要素

#1: タンパク質 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase / MECPS


分子量: 17108.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ispF / プラスミド: PHIS8 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62617
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#4: 化合物 ChemComp-CDI / 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE / (7R)-2,4,7β-トリヒドロキシ-8α-(ヒドロキシメチル)-8-メチル-1,3,5-トリオキサ-2,4-ジホス(以下略)


分子量: 278.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O9P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: (NH4)2SO4, PEG 400, NaI, PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
113.5 mg/mlprotein1drop
20.8 Mammonium sulfate1reservoir
31 %(w/v)PEG4001reservoir
40.2 Msodium iodide1reservoir
52 mMDL-dithiothreitol1reservoir
60.1 MPIPES1reservoirpH6.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM30A10.9795, 0.9800, 0.9724
シンクロトロンESRF ID14-120.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月26日 / 詳細: mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1HORIZONTALLY FOCUSED BY SAGITTAL CURVED 2nd CRYSTALMADMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED Ge(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.981
30.97241
40.9341
反射解像度: 2.7→99 Å / Num. all: 11923 / Num. obs: 11923 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 482 / Num. unique all: 1579 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 99 Å / Num. obs: 24118 / Num. measured all: 96785 / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→14.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1949090.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 577 5.1 %RANDOM
Rwork0.241 ---
all0.286 12817 --
obs-11262 87.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.9833 Å2 / ksol: 0.333926 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 62.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→14.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1166 0 38 22 1226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.52
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 76 4.8 %
Rwork0.334 1495 -
obs-1495 75.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4LIGAND.PARAMLIGAND.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.286 / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.52
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.37 / Rfactor Rwork: 0.334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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