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- PDB-1gzf: Structure of the Clostridium botulinum C3 exoenzyme (wild-type) i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gzf
タイトルStructure of the Clostridium botulinum C3 exoenzyme (wild-type) in complex with NAD
要素MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
キーワードTRANSFERASE / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE / BACTERIAL TOXIN / C3 EXOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mono-ADP-ribosyltransferase C3/Edin / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-NIR / Mono-ADP-ribosyltransferase C3
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Menetrey, J. / Flatau, G. / Stura, E.A. / Charbonnier, J.B. / Gas, F. / Teulon, J.M. / Le Du, M.H. / Boquet, P. / Menez, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Nad Binding Induces Conformational Changes in Rho Adp-Ribosylating Clostridium Botulinum C3 Exoenzyme
著者: Menetrey, J. / Flatau, G. / Stura, E.A. / Charbonnier, J.B. / Gas, F. / Teulon, J.M. / Le Du, M.H. / Boquet, P. / Menez, A.
履歴
登録2002年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
B: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
C: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
D: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,98411
ポリマ－94,3684
非ポリマー2,6167
水10,269570
1
A: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3513
ポリマ－23,5921
非ポリマー7592
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3513
ポリマ－23,5921
非ポリマー7592
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2613
ポリマ－23,5921
非ポリマー6692
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0192
ポリマ－23,5921
非ポリマー4271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)103.947, 74.191, 119.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
MONO-ADP-RIBOSYLTRANSFERASE C3 / EXOENZYME C3


分子量: 23591.969 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 41-251 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P15879, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 577分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NIR / 3-(AMINOCARBONYL)-1-[(3R,4S,5R)-3,4-DIHYDROXY-5-METHYLTETRAHYDRO-2-FURANYL]PYRIDINIUM


分子量: 242.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N2O4
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化pH: 3
詳細: 22.5 % PEG 3350 W/W, 100MM LI2SO4, 80 MM ACID CITRIC PH 3 ADDED WITH 20MM NAD FOR 60MN
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 3 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
112 mg/mlprotein1drop
222.5 %(w/w)PEG33501reservoir
3100 mM1reservoirLi2SO4
480 mMcitric acid1reservoirpH3.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.009
検出器日付: 2001年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 62950 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 16
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 157546
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.95 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 96.2 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.95→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 詳細: DISORDERED N- AND C-TERMINII WERE NOT MODELED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 3195 5.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 62950 96.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6484 0 169 570 7223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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