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- PDB-6k5f: Crystal structure of the CLC-ec1 deltaNC in presence of 200 mM NaBr -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k5f
タイトルCrystal structure of the CLC-ec1 deltaNC in presence of 200 mM NaBr
要素
  • Fab fragment, heavy chain
  • Fab fragment, light chain
  • H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Cl- / H+ antiporter / CLC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / antiporter activity / proton transmembrane transport / chloride transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle ...Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.203 Å
データ登録者Park, K. / Lim, H.H.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science, ICT and Future Planning19-BR-01-02 韓国
Ministry of Science, ICT and Future Planning2017M3C7A 1048086 韓国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Mutation of external glutamate residue reveals a new intermediate transport state and anion binding site in a CLC Cl-/H+antiporter.
著者: Park, K. / Lee, B.C. / Lim, H.H.
履歴
登録2019年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
C: Fab fragment, heavy chain
D: Fab fragment, light chain
E: Fab fragment, heavy chain
F: Fab fragment, light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,92310
ポリマ－194,6046
非ポリマー3204
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)230.789, 101.656, 172.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA


分子量: 50390.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: yadQ, clcA, eriC, A6592_03060, A9819_00720, A9R57_04335, AC067_04570, AC789_1c01550, ACN002_0160, ACN81_28610, ACU57_18640, AM270_18100, AM446_22830, AMK83_01920, AWP75_13405, B1K96_13065, ...遺伝子: yadQ, clcA, eriC, A6592_03060, A9819_00720, A9R57_04335, AC067_04570, AC789_1c01550, ACN002_0160, ACN81_28610, ACU57_18640, AM270_18100, AM446_22830, AMK83_01920, AWP75_13405, B1K96_13065, B7C53_01430, B9M99_16180, BANRA_02286, BANRA_02303, BANRA_03326, BB545_20825, BE963_14760, BER14_07860, BFD29_18565, BHF46_07945, BHS81_00575, BHS87_00725, BIQ87_00715, BIU72_13480, BJJ90_21425, BK292_13605, BK373_09530, BK383_20300, BMT53_09575, BMT91_01430, BN17_45791, BVL39_02260, BXT93_20950, BZL31_15015, BZL69_20275, C2M16_10720, C2U48_09685, C3444_11105, C3449_15895, C4J69_03510, C5715_17420, C5P01_08850, C5P43_19885, C7235_20305, C7B02_09235, CG691_14570, CIJ94_20900, COD46_06560, CR538_20715, CRD98_15250, CRM83_15165, CRT46_00820, CV83915_01419, CWM24_04960, CWS33_09545, CXB56_23210, D2184_08665, D2185_20055, D2188_12715, D3821_06135, D3822_17405, D3I61_01530, D3O91_03110, D3Y67_10980, D5618_10265, D5653_16505, D8K42_10345, D9D20_18555, D9D29_16860, D9D31_08820, D9D55_03155, D9D69_06945, D9E22_13175, D9E34_01170, D9F17_00235, D9F57_04830, D9H66_18270, D9H68_13700, D9H94_13970, D9I47_04165, D9I87_01705, D9I88_06500, D9I97_03880, D9J03_00240, D9J11_16750, D9J44_14145, D9J60_02140, DL545_20465, DLW18_08025, DMZ31_06935, DNQ26_06330, DP277_13800, DQF57_05740, DQO13_06325, DS732_05700, DTL43_06000, DTM10_02705, DTM45_12560, DU321_03585, EAI42_18265, EAI44_17040, EAI46_14565, EAI52_10940, EC1094V2_3697, EC3234A_2c01370, Eco118UI_00790, EEP23_00240, EFV01_09785, EFV02_20350, EFV04_15100, EFV08_17265, EFV11_08020, EFV12_18730, EFV14_08750, EFV15_17340, EFV17_09990, EIA10_05995, EL75_3609, EL79_3718, EL80_3665, EOL26_04835, ERS085366_02706, ERS085379_00551, ERS150873_01097, GJ11_00825, HMPREF3040_02596, MJ49_06260, NCTC10082_01396, NCTC10090_02173, NCTC10429_04214, NCTC11126_03619, NCTC12950_04437, NCTC13148_05172, NCTC7922_05796, NCTC7927_04520, NCTC8009_07339, NCTC8179_01364, NCTC8500_04562, NCTC8959_04830, NCTC9036_04037, NCTC9037_04203, NCTC9044_03171, NCTC9050_02039, NCTC9055_00980, NCTC9058_02783, NCTC9062_04200, NCTC9073_03413, NCTC9077_05114, NCTC9111_04278, NCTC9702_04777, NCTC9703_03448, NCTC9706_01351, NCTC9777_00485, PU06_23100, RG28_03970, RK56_028075, RX35_04890, SAMEA3472044_04171, SAMEA3472055_02614, SAMEA3472070_02408, SAMEA3472090_04472, SAMEA3472110_04526, SAMEA3472112_04666, SAMEA3472147_00367, SAMEA3484427_01361, SAMEA3484429_01120, SAMEA3484433_03082, SAMEA3485113_00827, SAMEA3752372_04445, SAMEA3752553_02908, SAMEA3752557_00860, SAMEA3752559_03726, SAMEA3752620_02075, SAMEA3753097_03891, SAMEA3753164_02448, SK85_00155, UC41_07360, UN86_07645, WQ89_09495, WR15_02265, YDC107_3382
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7Q633, UniProt: P37019*PLUS
#2: 抗体 Fab fragment, heavy chain


分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab fragment, light chain


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 400 25% (v/v), 200mM NaBr 100 mM Tris-SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 77.36 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→44.7 Å / Num. obs: 93832 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 4720 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ENE

4ene


解像度: 3.203→44.7 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 33.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2998 4680 5 %
Rwork0.2356 --
obs0.2387 93665 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.203→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13243 0 4 0 13247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01213571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37618478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.3217928
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082318
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.203-3.23940.3797840.35741596X-RAY DIFFRACTION53
3.2394-3.27750.40151520.3443020X-RAY DIFFRACTION100
3.2775-3.31750.40131660.31363016X-RAY DIFFRACTION100
3.3175-3.35950.3641800.30662984X-RAY DIFFRACTION100
3.3595-3.40370.37851410.29273029X-RAY DIFFRACTION100
3.4037-3.45030.35291560.28143022X-RAY DIFFRACTION100
3.4503-3.49950.31741420.28263091X-RAY DIFFRACTION100
3.4995-3.55170.34321480.28012982X-RAY DIFFRACTION100
3.5517-3.60720.28751600.2643005X-RAY DIFFRACTION100
3.6072-3.66630.32121880.27142939X-RAY DIFFRACTION100
3.6663-3.72950.31291960.27593019X-RAY DIFFRACTION100
3.7295-3.79730.39441960.26652998X-RAY DIFFRACTION100
3.7973-3.87030.34251520.28722965X-RAY DIFFRACTION100
3.8703-3.94930.35331500.27323074X-RAY DIFFRACTION100
3.9493-4.03510.32141500.27033032X-RAY DIFFRACTION100
4.0351-4.12890.34041200.26253036X-RAY DIFFRACTION100
4.1289-4.23210.29971840.24933011X-RAY DIFFRACTION100
4.2321-4.34640.30241600.23713050X-RAY DIFFRACTION100
4.3464-4.47420.31231700.23232976X-RAY DIFFRACTION100
4.4742-4.61840.31941800.22473040X-RAY DIFFRACTION100
4.6184-4.78330.26681480.21972979X-RAY DIFFRACTION100
4.7833-4.97460.26661420.20223047X-RAY DIFFRACTION100
4.9746-5.20070.28331480.21283015X-RAY DIFFRACTION100
5.2007-5.47440.25111660.20333082X-RAY DIFFRACTION100
5.4744-5.81680.29131610.21082979X-RAY DIFFRACTION100
5.8168-6.26480.32981440.21893010X-RAY DIFFRACTION100
6.2648-6.89320.24031760.21073024X-RAY DIFFRACTION100
6.8932-7.88590.24851660.19752995X-RAY DIFFRACTION100
7.8859-9.91760.2341450.17383026X-RAY DIFFRACTION100
9.9176-44.76830.31891090.24832943X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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