[日本語] English
万見
- PDB-4fg6: Structure of EcCLC E148A mutant in Glutamate -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fg6
タイトルStructure of EcCLC E148A mutant in Glutamate
要素
  • Fab fragment (Heavy chain)
  • Fab fragment (Light chain)
  • H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transporter / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / proton transmembrane transport / chloride transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle ...Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.019 Å
データ登録者Feng, L. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Molecular mechanism of proton transport in CLC Cl-/H+ exchange transporters.
著者: Feng, L. / Campbell, E.B. / MacKinnon, R.
履歴
登録2012年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22013年1月2日Group: Database references
改定 1.32016年11月9日Group: Structure summary
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _software.classification ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
C: Fab fragment (Heavy chain)
D: Fab fragment (Light chain)
E: Fab fragment (Heavy chain)
F: Fab fragment (Light chain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,0246
ポリマ－193,0246
非ポリマー00
水00
1
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
C: Fab fragment (Heavy chain)
D: Fab fragment (Light chain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5123
ポリマ－96,5123
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
E: Fab fragment (Heavy chain)
F: Fab fragment (Light chain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5123
ポリマ－96,5123
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area37640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)221.455, 121.284, 151.698
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / ClC-ec1


分子量: 49600.660 Da / 分子数: 2 / 変異: E148A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: Ss046 / 遺伝子: b0155, clcA, eriC, JW5012, SSON_0167, yadQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体 Fab fragment (Heavy chain)


分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab fragment (Light chain)


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG300, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 61443 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.18 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.112.60.4561610.977199.9
3.11-3.232.60.30960881.029199.9
3.23-3.382.60.21761571.142199.9
3.38-3.562.60.14961531.241100
3.56-3.782.60.11261431.2061100
3.78-4.072.60.08661331.2661100
4.07-4.482.60.06561691.2651100
4.48-5.132.60.05861661.3161100
5.13-6.462.60.0561981.086199.9
6.46-502.50.03460751.274196.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OTT

1ott


解像度: 3.019→49.551 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2737 3060 4.98 %
Rwork0.2371 --
obs0.2389 61412 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.47 Å2 / ksol: 0.299 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 160.15 Å2 / Biso mean: 97.0865 Å2 / Biso min: 55.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8975 Å20 Å21.8307 Å2
2--40.1885 Å20 Å2
3----35.291 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.019→49.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13158 0 0 0 13158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2518353
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0792121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.74722
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0189-3.06610.36151130.36452227234083
3.0661-3.11640.40161340.354426432777100
3.1164-3.17010.39661530.345226762829100
3.1701-3.22770.34161320.318426942826100
3.2277-3.28980.33461430.306726602803100
3.2898-3.35690.37321210.31126662787100
3.3569-3.42990.30931580.287826562814100
3.4299-3.50970.33281320.283426772809100
3.5097-3.59740.28851510.271426632814100
3.5974-3.69470.35281350.264226632798100
3.6947-3.80330.28571250.266927172842100
3.8033-3.92610.28421550.251426482803100
3.9261-4.06630.32021370.238526852822100
4.0663-4.2290.26911460.230626762822100
4.229-4.42140.24721240.204526902814100
4.4214-4.65430.22221760.210726702846100
4.6543-4.94570.24111460.202726512797100
4.9457-5.32720.26921350.214727072842100
5.3272-5.86250.26981400.218327042844100
5.8625-6.7090.23931340.22727092843100
6.709-8.44590.19231280.185127332861100
8.4459-49.5580.26851420.22462537267992

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る