PDB-6k5d: Crystal structure of the E148N mutant CLC-ec1 in presence of 200 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k5d

タイトル

Crystal structure of the E148N mutant CLC-ec1 in presence of 200 mM NaBr

要素

Fab fragment, heavy chain
Fab fragment, light chain
H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Cl- / H+ antiporter / CLC transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / antiporter activity / proton transmembrane transport / chloride transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.203 Å

データ登録者

Park, K. / Lim, H.H.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Mutation of external glutamate residue reveals a new intermediate transport state and anion binding site in a CLC Cl-/H+antiporter.
著者: Park, K. / Lee, B.C. / Lim, H.H.

履歴

登録	2019年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k5d.cif.gz	336.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k5d.ent.gz	272 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/6k5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/6k5d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ad7C 6ad8C 6adaC 6adbC 6adcC 6k5aC 6k5fC 6k5iC 4eneS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6adb-d 1ott-d 4kk5-d 2fec-d 3ejy-d 6ada-d 6ad7-d 1ots-d 4ene-d 2exy-d 2h2p-d 2htl-d 3ejz-d 2ht4-d 2h2s-d 2fed-d 6k5i-d 4kkb-d 4lou-d 2exw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA

C: Fab fragment, heavy chain

D: Fab fragment, light chain

E: Fab fragment, heavy chain

F: Fab fragment, light chain

ヘテロ分子

195 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	231.719, 99.324, 171.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 131.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA 分子量: 50375.391 Da / 分子数: 2 / 変異: E148N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: yadQ, clcA, eriC, A6592_03060, A9819_00720, A9R57_04335, AC067_04570, AC789_1c01550, ACN002_0160, ACN81_28610, ACU57_18640, AM270_18100, AM446_22830, AMK83_01920, AWP75_13405, B1K96_13065, ...遺伝子: yadQ, clcA, eriC, A6592_03060, A9819_00720, A9R57_04335, AC067_04570, AC789_1c01550, ACN002_0160, ACN81_28610, ACU57_18640, AM270_18100, AM446_22830, AMK83_01920, AWP75_13405, B1K96_13065, B7C53_01430, B9M99_16180, BANRA_02286, BANRA_02303, BANRA_03326, BB545_20825, BE963_14760, BER14_07860, BFD29_18565, BHF46_07945, BHS81_00575, BHS87_00725, BIQ87_00715, BIU72_13480, BJJ90_21425, BK292_13605, BK373_09530, BK383_20300, BMT53_09575, BMT91_01430, BN17_45791, BVL39_02260, BXT93_20950, BZL31_15015, BZL69_20275, C2M16_10720, C2U48_09685, C3444_11105, C3449_15895, C4J69_03510, C5715_17420, C5P01_08850, C5P43_19885, C7235_20305, C7B02_09235, CG691_14570, CIJ94_20900, COD46_06560, CR538_20715, CRD98_15250, CRM83_15165, CRT46_00820, CV83915_01419, CWM24_04960, CWS33_09545, CXB56_23210, D2184_08665, D2185_20055, D2188_12715, D3821_06135, D3822_17405, D3I61_01530, D3O91_03110, D3Y67_10980, D5618_10265, D5653_16505, D8K42_10345, D9D20_18555, D9D29_16860, D9D31_08820, D9D55_03155, D9D69_06945, D9E22_13175, D9E34_01170, D9F17_00235, D9F57_04830, D9H66_18270, D9H68_13700, D9H94_13970, D9I47_04165, D9I87_01705, D9I88_06500, D9I97_03880, D9J03_00240, D9J11_16750, D9J44_14145, D9J60_02140, DL545_20465, DLW18_08025, DMZ31_06935, DNQ26_06330, DP277_13800, DQF57_05740, DQO13_06325, DS732_05700, DTL43_06000, DTM10_02705, DTM45_12560, DU321_03585, EAI42_18265, EAI44_17040, EAI46_14565, EAI52_10940, EC1094V2_3697, EC3234A_2c01370, Eco118UI_00790, EEP23_00240, EFV01_09785, EFV02_20350, EFV04_15100, EFV08_17265, EFV11_08020, EFV12_18730, EFV14_08750, EFV15_17340, EFV17_09990, EIA10_05995, EL75_3609, EL79_3718, EL80_3665, EOL26_04835, ERS085366_02706, ERS085379_00551, ERS150873_01097, GJ11_00825, HMPREF3040_02596, MJ49_06260, NCTC10082_01396, NCTC10090_02173, NCTC10429_04214, NCTC11126_03619, NCTC12950_04437, NCTC13148_05172, NCTC7922_05796, NCTC7927_04520, NCTC8009_07339, NCTC8179_01364, NCTC8500_04562, NCTC8959_04830, NCTC9036_04037, NCTC9037_04203, NCTC9044_03171, NCTC9050_02039, NCTC9055_00980, NCTC9058_02783, NCTC9062_04200, NCTC9073_03413, NCTC9077_05114, NCTC9111_04278, NCTC9702_04777, NCTC9703_03448, NCTC9706_01351, NCTC9777_00485, PU06_23100, RG28_03970, RK56_028075, RX35_04890, SAMEA3472044_04171, SAMEA3472055_02614, SAMEA3472070_02408, SAMEA3472090_04472, SAMEA3472110_04526, SAMEA3472112_04666, SAMEA3472147_00367, SAMEA3484427_01361, SAMEA3484429_01120, SAMEA3484433_03082, SAMEA3485113_00827, SAMEA3752372_04445, SAMEA3752553_02908, SAMEA3752557_00860, SAMEA3752559_03726, SAMEA3752620_02075, SAMEA3753097_03891, SAMEA3753164_02448, SK85_00155, UC41_07360, UN86_07645, WQ89_09495, WR15_02265, YDC107_3382 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7Q633, UniProt: P37019*PLUS
#2: 抗体	Fab fragment, heavy chain 分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	Fab fragment, light chain 分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: PEG 400 25% (V/V), 200 mM NaBr 100 mM Glycine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77.36 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→42.9 Å / Num. obs: 92236 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.97 / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4547 / CC_1/2: 0.752 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ENE

4ene

解像度: 3.203→42.923 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2615	4453	4.83 %
R_work	0.2147	-	-
obs	0.217	92104	98.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.203→42.923 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13241	0	8	0	13249

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	13569
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.223	18476
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.044	7926
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	2123
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2318

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2034-3.2398	0.368	105	0.3204	1840	X-RAY DIFFRACTION	63
3.2398-3.2779	0.31	140	0.2925	2990	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2779-3.3179	0.3361	141	0.2788	3001	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3179-3.3599	0.3595	151	0.2856	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3599-3.4041	0.3397	144	0.2904	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4041-3.4507	0.421	123	0.2748	2928	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4507-3.5	0.3452	148	0.2572	3031	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.5522	0.3252	215	0.2538	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5522-3.6076	0.3021	142	0.2463	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6076-3.6668	0.3039	167	0.2374	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6668-3.73	0.2745	151	0.2253	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-3.7977	0.267	175	0.2111	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7977-3.8707	0.237	127	0.2158	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8707-3.9497	0.2465	130	0.2081	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9497-4.0355	0.2396	144	0.2123	2962	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0355-4.1293	0.2773	134	0.2116	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1293-4.2325	0.2331	120	0.2023	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2325-4.3468	0.2503	151	0.1896	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3468-4.4746	0.269	139	0.1914	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4746-4.6189	0.2268	148	0.1856	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6189-4.7837	0.2486	134	0.1834	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7837-4.975	0.226	173	0.18	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
4.975-5.2011	0.2814	124	0.1893	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2011-5.4748	0.2272	146	0.189	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4748-5.817	0.2415	152	0.1933	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
5.817-6.2649	0.3107	123	0.209	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2649-6.893	0.248	199	0.208	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
6.893-7.8851	0.2193	146	0.1896	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8851-9.9141	0.1847	166	0.1795	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
9.9141-42.9263	0.2788	195	0.2631	2806	X-RAY DIFFRACTION	96

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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