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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k4p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and DNA (TGG PAM) | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA/RNA / endonuclease / HYDROLASE-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, W. / Zhang, H. / Zhang, Y. / Wang, Y. / Gan, J. / Ji, Q. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for the PAM expansion and fidelity enhancement of an evolved Cas9 nuclease. 著者: Chen, W. / Zhang, H. / Zhang, Y. / Wang, Y. / Gan, J. / Ji, Q. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 667.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 540 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 CD
#2: DNA鎖 | 分子量: 8552.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 3725.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 27094.166 Da / 分子数: 1 変異: D10A, C80L, A262T, R324L, S409T, E480K, E543D, C574E, M694I, H840A, E1219V 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 158574.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Cas9 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
-非ポリマー , 2種, 27分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-PO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M Ammonium phosphate dibasic, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 85 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: AGILENT EOS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 48459 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.961 / Rpim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.9 % / Num. unique obs: 4780 / CC1/2: 0.376 / Rpim(I) all: 0.7 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4UN3 解像度: 2.9→46.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU ML: 0.411 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.453 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.9→46.77 Å
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拘束条件 |
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