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- PDB-6jpr: Crystal structure of Phycocyanin from Nostoc sp. R76DM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jpr
タイトルCrystal structure of Phycocyanin from Nostoc sp. R76DM
要素(Phycocyanin) x 2
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Cyanobacteria / Phycobiliprotein / Light harvesting / Phycocyanobilin
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Phycocyanins / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / Phycocyanin / Phycocyanin
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Sonani, R.R. / Gupta, G.D. / Rastogi, R.P. / Patel, S.N. / Madamwar, D. / Kumar, V.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (India)PDF.2017.001596 インド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Phylogenetic and crystallographic analysis of Nostoc phycocyanin having blue-shifted spectral properties.
著者: Sonani, R.R. / Rastogi, R.P. / Patel, S.N. / Chaubey, M.G. / Singh, N.K. / Gupta, G.D. / Kumar, V. / Madamwar, D.
履歴
登録2019年3月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phycocyanin
B: Phycocyanin
C: Phycocyanin
D: Phycocyanin
E: Phycocyanin
F: Phycocyanin
G: Phycocyanin
H: Phycocyanin
I: Phycocyanin
J: Phycocyanin
K: Phycocyanin
L: Phycocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,31546
ポリマ－214,59112
非ポリマー11,72434
水13,133729
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area62040 Å2
ΔGint-523 kcal/mol
Surface area66690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.136, 186.158, 85.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Phycocyanin


分子量: 17645.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GB MK561022 / 由来: (天然) Nostoc (バクテリア) / 株: R76DM / 参照: UniProt: A0A5H1ZR40*PLUS
#2: タンパク質
Phycocyanin


分子量: 18119.428 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GB MK561023 / 由来: (天然) Nostoc (バクテリア) / 株: R76DM / 参照: UniProt: A0A5H1ZR41*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 763分子

#3: 化合物
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 729 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein: GB MK561022, Beta Subunit of Cyanobacterial ...Alpha Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein: GB MK561022, Beta Subunit of Cyanobacterial Phycocyanin protein: GB MK561023

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3350, sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→46.54 Å / Num. obs: 84711 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 28.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4592 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bv8

2bv8


解像度: 2.35→37.26 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 4113 4.87 %
Rwork0.199 --
obs0.2014 84541 97.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→37.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15120 0 845 729 16694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00316276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09622154
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2029532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0362443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032846
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.37760.32411520.2372813X-RAY DIFFRACTION99
2.3776-2.40660.31281490.23792774X-RAY DIFFRACTION99
2.4066-2.43710.29491340.23272849X-RAY DIFFRACTION99
2.4371-2.46920.29591530.23192758X-RAY DIFFRACTION99
2.4692-2.5030.28521520.22832839X-RAY DIFFRACTION99
2.503-2.53870.29891370.23712728X-RAY DIFFRACTION98
2.5387-2.57660.29911510.23192849X-RAY DIFFRACTION99
2.5766-2.61690.31271550.23032782X-RAY DIFFRACTION98
2.6169-2.65970.31451520.25322760X-RAY DIFFRACTION98
2.6597-2.70560.30551320.25522783X-RAY DIFFRACTION98
2.7056-2.75480.29611520.23612796X-RAY DIFFRACTION98
2.7548-2.80780.3191590.23412799X-RAY DIFFRACTION98
2.8078-2.8650.31511490.23592756X-RAY DIFFRACTION98
2.865-2.92730.30411540.22772793X-RAY DIFFRACTION98
2.9273-2.99540.27341350.21652788X-RAY DIFFRACTION98
2.9954-3.07030.29561210.21392840X-RAY DIFFRACTION98
3.0703-3.15320.30281490.22262771X-RAY DIFFRACTION98
3.1532-3.2460.27681420.21372761X-RAY DIFFRACTION97
3.246-3.35070.24911460.20632784X-RAY DIFFRACTION97
3.3507-3.47030.23741230.21772745X-RAY DIFFRACTION96
3.4703-3.60920.23361360.19592755X-RAY DIFFRACTION97
3.6092-3.77330.24741410.19562689X-RAY DIFFRACTION94
3.7733-3.9720.19431040.19662696X-RAY DIFFRACTION94
3.972-4.22060.18691350.15992769X-RAY DIFFRACTION96
4.2206-4.54590.19991460.15862764X-RAY DIFFRACTION97
4.5459-5.00240.15831600.15992735X-RAY DIFFRACTION97
5.0024-5.7240.21211420.1672769X-RAY DIFFRACTION97
5.724-7.20310.20481400.17642762X-RAY DIFFRACTION97
7.2031-37.26850.19821120.14392721X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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