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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j6j | ||||||
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タイトル | Biotin-bound streptavidin | ||||||
要素 | Streptavidin | ||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / streptavidin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Fan, X. / Wang, J. / Lei, J.L. / Wang, H.W. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Single particle cryo-EM reconstruction of 52 kDa streptavidin at 3.2 Angstrom resolution. 著者: Xiao Fan / Jia Wang / Xing Zhang / Zi Yang / Jin-Can Zhang / Lingyun Zhao / Hai-Lin Peng / Jianlin Lei / Hong-Wei Wang / 要旨: The fast development of single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has made it more feasible to obtain the 3D structure of well-behaved macromolecules with a molecular weight higher than ...The fast development of single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has made it more feasible to obtain the 3D structure of well-behaved macromolecules with a molecular weight higher than 300 kDa at ~3 Å resolution. However, it remains a challenge to obtain the high-resolution structures of molecules smaller than 200 kDa using single-particle cryo-EM. In this work, we apply the Cs-corrector-VPP-coupled cryo-EM to study the 52 kDa streptavidin (SA) protein supported on a thin layer of graphene and embedded in vitreous ice. We are able to solve both the apo-SA and biotin-bound SA structures at near-atomic resolution using single-particle cryo-EM. We demonstrate that the method has the potential to determine the structures of molecules as small as 39 kDa. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6j6j.cif.gz | 89.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6j6j.ent.gz | 67.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6j6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6j6j_validation.pdf.gz | 782.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6j6j_full_validation.pdf.gz | 787.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6j6j_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6j6j_validation.cif.gz | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/6j6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/6j6j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0689MC 0690C 6j6kC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10270 (タイトル: Single particle reconstruction of 52 kDa biotin-bound state streptavidin at 3.2 Angstrom resolution Data size: 5.5 TB Data #1: Uncorrected biotinbound state streptavidin movie stacks, binning 2 from super-resolution stacks. [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12596.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629 #2: 化合物 | ChemComp-BTN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Streptavidin with biotin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.052 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Streptomyces avidinii (バクテリア) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 285 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 215000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -800 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.56 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1450 |
電子光学装置 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE / 球面収差補正装置: spherical aberration corrector |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1346980 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45686 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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