PDB-6j4q: Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enz...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j4q

タイトル

Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications

要素

Small vasohibin-binding protein
Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

キーワード

HYDROLASE / carboxypeptidase / tubulin / microtubule / inhibitor / TPCK

機能・相同性

機能・相同性情報

cell-cell fusion / regulation of metallopeptidase activity / syncytium formation by plasma membrane fusion / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / peptidase activator activity / labyrinthine layer blood vessel development / negative regulation of endothelial cell migration / axon development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Wang, N. / Bao, H. / Huang, H.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Technology (China)	2018YFC1004500	中国
National Natural Science Foundation of China	the Thousand Young Talents Program	中国
National Natural Science Foundation of China	K18221002	中国

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of tubulin detyrosination by the vasohibin-SVBP enzyme complex.
著者: Wang, N. / Bosc, C. / Ryul Choi, S. / Boulan, B. / Peris, L. / Olieric, N. / Bao, H. / Krichen, F. / Chen, L. / Andrieux, A. / Olieric, V. / Moutin, M.J. / Steinmetz, M.O. / Huang, H.

履歴

登録	2019年1月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6j4q_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6j4q_validation.xml.gz	46.8 KB	表示
CIF形式データ	6j4q_validation.cif.gz	63.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/6j4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/6j4q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6j4oSC 6j4pC 6j4sC 6j4uC 6j4vC 6qbyC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zy6-1 1avf-1 3fxz-d 3mfr-d 4daw-d 4xx4-1 3fy0-d 4o0t-1 4i1z-d 6jzd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

B: Small vasohibin-binding protein

C: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

D: Small vasohibin-binding protein

F: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

G: Small vasohibin-binding protein

J: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

K: Small vasohibin-binding protein

ヘテロ分子

151 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

B: Small vasohibin-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

D: Small vasohibin-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 2 ポリマー
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3

F: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

G: Small vasohibin-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 2 ポリマー
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4

J: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2

K: Small vasohibin-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.177, 117.177, 209.044
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2 / Vasohibin-2 / Vasohibin-like protein 分子量: 29322.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VASH2, VASHL / プラスミド: RSFduet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86V25, tubulinyl-Tyr carboxypeptidase
#2: タンパク質	Small vasohibin-binding protein / Coiled coil domain-containing protein 23 分子量: 7821.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SVBP, CCDC23 / プラスミド: RSFduet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N300
#3: 化合物	ChemComp-TQ8 / N-[(2S)-4-chloro-3-oxo-1-phenyl-butan-2-yl]-4-methyl-benzenesulfonamide / CAS329306 / TPCK 分子量: 351.848 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₈ClNO₃S / コメント: プロテアーゼ阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 詳細: V2c-SVBP was mixed with the inhibitor TPCK at a mole ratio of 1:5 and incubated on ice for 30 min. Then, the resulting co-complex of V2c-SVBP-TPCK was crystallized in 1.0 M sodium malonate, pH 7.0. PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 51721 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / B_iso Wilson estimate: 41.06 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 25.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 1.767 / Num. unique obs: 5049 / CC_1/2: 0.621 / R_pim(I) all: 0.585 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6J4O

6j4o

解像度: 2.7→49.307 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	2213	5.09 %
R_work	0.1835	-	-
obs	0.1868	43495	93.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.307 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8966	0	162	251	9379

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	9360
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.192	12645
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.367	5607
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	1348
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1598

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7587	0.39	83	0.2723	1300	X-RAY DIFFRACTION	49
2.7587-2.8229	0.3935	74	0.2592	1759	X-RAY DIFFRACTION	64
2.8229-2.8935	0.2974	157	0.2492	2397	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8935-2.9717	0.2922	163	0.2386	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9717-3.0592	0.3822	110	0.2335	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0592-3.1579	0.3264	133	0.227	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1579-3.2707	0.2965	158	0.2144	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2707-3.4017	0.2756	146	0.2098	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4017-3.5564	0.2595	173	0.1856	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5564-3.7439	0.2535	157	0.1765	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7439-3.9783	0.2079	147	0.1553	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9783-4.2853	0.2172	153	0.1514	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2853-4.7163	0.1922	146	0.138	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7163-5.398	0.201	136	0.1513	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
5.398-6.7981	0.2401	141	0.1933	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7981-49.3157	0.2061	136	0.1722	2920	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1941	-0.0741	-0.0184	0.8149	0.0818	0.4423	-0.1498	-0.1677	0.239	0.1152	-0.0055	0.1149	-0.7183	-0.2377	-0.0056	1.0164	0.2524	0.0145	-0.1568	-0.068	0.363	-12.5667	79.6819	37.5371
2	1.999	-0.1699	-0.5493	2.2652	-0.4307	1.2251	0.0567	-0.3969	-0.3873	0.2946	-0.1019	-0.3001	-0.0259	0.2309	0.0802	0.5467	-0.0503	-0.0668	0.1026	0.0744	0.2777	3.9721	65.6047	42.3984
3	2.6344	-0.3043	-0.2105	3.6775	-1.4088	1.0771	-0.016	0.1453	0.2445	-0.2149	0.1126	0.1168	0.0311	-0.0442	-0.0571	0.9066	0.132	-0.0662	0.1661	0.05	0.282	-9.2588	85.9791	29.1598
4	1.3665	0.4333	0.2078	1.7086	1.1662	0.8266	0.192	0.3734	0.3405	-0.0032	-0.1865	-0.4447	-0.4965	0.0051	0.0242	0.6095	0.0036	0.0505	0.1967	0.0571	0.4687	49.2712	79.9447	33.8853
5	4.6601	0.6213	0.349	1.1716	0.247	2.7127	0.2835	0.2194	-0.0019	0.21	-0.1678	0.0115	-0.0642	-0.0143	-0.0772	0.3512	0.0507	-0.009	0.1596	-0.0241	0.1631	37.0322	68.6158	30.1955
6	4.2624	-2.8889	-1.1105	6.3838	2.1676	5.4798	0.4179	0.2372	-0.1383	0.0302	-0.2601	0.0582	-0.0842	-0.0475	-0.1678	0.2811	-0.0251	-0.0702	0.1918	-0.0584	0.2035	31.8978	66.0984	30.4687
7	2.6921	0.504	-1.6935	1.8726	0.4992	3.0564	0.2936	1.0609	-0.5823	-0.1267	-0.2821	0.101	0.1029	0.0543	-0.028	0.4681	0.1898	-0.137	0.5796	-0.1676	0.3218	28.0684	63.3756	21.0908
8	4.7135	0.5321	0.9563	7.113	0.793	2.4627	0.2744	-0.445	-0.1413	0.6095	-0.1029	-0.4315	-0.0479	-0.0096	-0.1393	0.6201	-0.088	0.046	0.1335	0.0125	0.4078	47.2503	86.4917	41.7744
9	2.002	-0.2032	-0.953	0.0284	0.2438	3.3144	0.0684	0.4672	-0.3091	-0.055	-0.1044	-0.0521	0.5768	0.1646	0.0608	0.6262	0.4566	-0.0701	1.3069	-0.1867	0.3394	24.0306	62.4799	8.6956
10	4.0136	1.1466	1.3664	2.5289	0.9187	0.8059	0.3123	0.9616	-0.8203	-0.5517	-0.2421	-0.2369	-0.1878	-0.4513	-0.0314	0.8609	0.6748	0.0432	2.2283	-0.0779	0.7984	29.1764	58.2656	-4.1489
11	2.9402	-3.9236	-0.388	5.4945	0.5399	0.1494	0.3828	0.9654	0.4042	-0.4953	-0.2969	-0.3232	0.0483	1.0021	-0.0745	0.4592	0.1449	-0.0101	0.7177	0.015	0.2863	6.3825	78.1414	-4.0572
12	3.7623	-0.5366	-2.9876	2.404	1.4657	2.9375	0.2936	0.161	-0.1818	0.0114	-0.0443	-0.1307	0.2567	0.9337	-0.2031	0.4526	0.1528	-0.1242	0.5444	-0.1538	0.2728	8.0498	71.3799	8.1892
13	2.7994	-0.2398	-0.3729	5.2567	0.3198	3.7631	0.0913	0.1407	-0.0739	-0.0902	0.154	-0.0774	0.1493	0.1542	-0.2411	0.2758	0.098	-0.122	0.42	-0.1289	0.218	-4.3915	61.6941	4.418
14	7.4123	4.1891	0.7419	4.9189	-1.0646	1.236	0.5257	-0.1044	-0.4066	0.6581	-0.2063	-0.2052	0.3019	-0.0279	-0.3115	0.2795	0.13	-0.0678	0.3111	-0.1096	0.2393	-6.3109	60.1514	16.1498
15	6.4623	2.7522	0.9685	8.5117	1.5876	6.8737	-0.0161	-0.3351	0.3956	0.1775	-0.0648	0.9065	-0.3937	-1.0504	0.0737	0.2783	0.0928	-0.0485	0.5921	-0.1253	0.3814	-17.7574	61.9149	11.3973
16	1.0124	0.4283	-0.338	0.3687	-0.6535	1.5269	0.0701	0.2553	-0.0651	-0.1022	0.0739	-0.1102	0.55	0.3529	-0.0538	0.6358	0.3025	0.0476	1.3991	-0.0807	0.3295	18.6078	63.0922	-4.1445
17	3.8839	0.9495	-0.5384	1.9279	-0.6998	2.759	0.118	-0.1201	0.5596	0.3238	-0.0144	0.0539	-0.8755	0.3403	-0.1068	0.7096	-0.0896	0.1671	0.3905	-0.0504	0.4025	43.4193	85.0599	66.6149
18	3.2431	0.7863	-1.5998	7.0701	1.0875	5.1034	-0.1386	-0.5996	0.6288	0.0334	-0.0244	0.7617	-0.5425	-0.3093	0.1752	0.5854	0.0624	0.155	0.3773	-0.1711	0.3628	30.7061	77.0431	73.6352
19	6.033	-0.9771	0.4271	2.299	-0.3275	1.6375	-0.0736	-0.0018	-0.098	-0.3016	0.0902	-0.2829	-0.0322	0.3363	-0.0141	0.3257	-0.0275	0.1501	0.4249	-0.0453	0.2703	41.4231	64.3776	70.0922
20	2.2308	-0.7097	0.7679	3.1022	-0.7353	0.4162	-0.1843	-0.58	0.3248	0.5358	0.3088	-0.2093	-0.2239	0.013	-0.1096	0.4086	-0.0018	0.1288	0.4951	-0.0816	0.2655	41.1167	66.9213	81.6079
21	5.066	-5.8474	-5.8673	7.7261	5.948	7.4925	-0.7439	-0.7033	-0.507	1.0736	0.2784	0.7412	0.6468	-0.4537	0.483	0.4464	0.0035	0.1457	0.6767	-0.0148	0.4002	35.0321	56.4321	82.1539
22	8.6753	-5.9532	-2.7136	6.7366	3.292	4.8622	0.1701	0.295	0.0339	-0.011	-0.501	-0.3544	-0.4244	0.0525	0.3276	0.728	-0.1648	0.2242	0.3649	0.0392	0.4359	50.3519	85.3948	58.1003

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 49 through 159 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 160 through 295 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 27 through 59 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 49 through 159 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 160 through 215 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 216 through 258 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 259 through 293 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 26 through 59 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'F' and (resid 49 through 73 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'F' and (resid 74 through 86 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'F' and (resid 87 through 120 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 121 through 175 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'F' and (resid 176 through 258 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 259 through 275 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 276 through 294 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'G' and (resid 27 through 58 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'J' and (resid 49 through 159 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'J' and (resid 160 through 175 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'J' and (resid 176 through 239 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'J' and (resid 240 through 275 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'J' and (resid 276 through 295 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'K' and (resid 29 through 57 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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