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- PDB-6j4q: Structural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j4q
タイトルStructural basis of tubulin detyrosination by vasohibins-SVBP enzyme complex and functional implications
要素
  • Small vasohibin-binding protein
  • Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
キーワードHYDROLASE / carboxypeptidase / tubulin / microtubule / inhibitor / TPCK
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell fusion / regulation of metallopeptidase activity / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / syncytium formation by plasma membrane fusion / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / negative regulation of endothelial cell migration / labyrinthine layer blood vessel development / peptidase activator activity / axon development ...cell-cell fusion / regulation of metallopeptidase activity / tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / tubulin-tyrosine carboxypeptidase / syncytium formation by plasma membrane fusion / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / negative regulation of endothelial cell migration / labyrinthine layer blood vessel development / peptidase activator activity / axon development / protein secretion / regulation of angiogenesis / metallocarboxypeptidase activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of angiogenesis / apical part of cell / actin binding / microtubule binding / cytoskeleton / proteolysis / extracellular region / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase / Small vasohibin-binding protein / Vasohibin / Coiled-coil domain-containing protein 23
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TQ8 / Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2 / Small vasohibin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, N. / Bao, H. / Huang, H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2018YFC1004500 中国
National Natural Science Foundation of Chinathe Thousand Young Talents Program 中国
National Natural Science Foundation of ChinaK18221002 中国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis of tubulin detyrosination by the vasohibin-SVBP enzyme complex.
著者: Wang, N. / Bosc, C. / Ryul Choi, S. / Boulan, B. / Peris, L. / Olieric, N. / Bao, H. / Krichen, F. / Chen, L. / Andrieux, A. / Olieric, V. / Moutin, M.J. / Steinmetz, M.O. / Huang, H.
履歴
登録2019年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
B: Small vasohibin-binding protein
C: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
D: Small vasohibin-binding protein
F: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
G: Small vasohibin-binding protein
J: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
K: Small vasohibin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,14919
ポリマ－148,5778
非ポリマー2,57211
水4,522251
1
A: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
B: Small vasohibin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0326
ポリマ－37,1442
非ポリマー8884
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area14350 Å2
手法PISA
2
C: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
D: Small vasohibin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5884
ポリマ－37,1442
非ポリマー4442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14150 Å2
手法PISA
3
F: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
G: Small vasohibin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9405
ポリマ－37,1442
非ポリマー7963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
4
J: Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2
K: Small vasohibin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5884
ポリマ－37,1442
非ポリマー4442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.177, 117.177, 209.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質
Tubulinyl-Tyr carboxypeptidase 2 / Vasohibin-2 / Vasohibin-like protein


分子量: 29322.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VASH2, VASHL / プラスミド: RSFduet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86V25, tubulinyl-Tyr carboxypeptidase
#2: タンパク質
Small vasohibin-binding protein / Coiled coil domain-containing protein 23


分子量: 7821.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SVBP, CCDC23 / プラスミド: RSFduet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N300
#3: 化合物
ChemComp-TQ8 / N-[(2S)-4-chloro-3-oxo-1-phenyl-butan-2-yl]-4-methyl-benzenesulfonamide / CAS329306


分子量: 351.848 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18ClNO3S
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: V2c-SVBP was mixed with the inhibitor TPCK at a mole ratio of 1:5 and incubated on ice for 30 min. Then, the resulting co-complex of V2c-SVBP-TPCK was crystallized in 1.0 M sodium malonate, pH 7.0.
PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 51721 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 41.06 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 1.767 / Num. unique obs: 5049 / CC1/2: 0.621 / Rpim(I) all: 0.585 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6J4O

6j4o


解像度: 2.7→49.307 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 2213 5.09 %
Rwork0.1835 --
obs0.1868 43495 93.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.307 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8966 0 162 251 9379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19212645
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3675607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.75870.39830.27231300X-RAY DIFFRACTION49
2.7587-2.82290.3935740.25921759X-RAY DIFFRACTION64
2.8229-2.89350.29741570.24922397X-RAY DIFFRACTION90
2.8935-2.97170.29221630.23862670X-RAY DIFFRACTION99
2.9717-3.05920.38221100.23352749X-RAY DIFFRACTION100
3.0592-3.15790.32641330.2272757X-RAY DIFFRACTION100
3.1579-3.27070.29651580.21442711X-RAY DIFFRACTION100
3.2707-3.40170.27561460.20982695X-RAY DIFFRACTION100
3.4017-3.55640.25951730.18562735X-RAY DIFFRACTION100
3.5564-3.74390.25351570.17652727X-RAY DIFFRACTION100
3.7439-3.97830.20791470.15532726X-RAY DIFFRACTION100
3.9783-4.28530.21721530.15142735X-RAY DIFFRACTION100
4.2853-4.71630.19221460.1382787X-RAY DIFFRACTION100
4.7163-5.3980.2011360.15132777X-RAY DIFFRACTION100
5.398-6.79810.24011410.19332837X-RAY DIFFRACTION100
6.7981-49.31570.20611360.17222920X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1941-0.0741-0.01840.81490.08180.4423-0.1498-0.16770.2390.1152-0.00550.1149-0.7183-0.2377-0.00561.01640.25240.0145-0.1568-0.0680.363-12.566779.681937.5371
21.999-0.1699-0.54932.2652-0.43071.22510.0567-0.3969-0.38730.2946-0.1019-0.3001-0.02590.23090.08020.5467-0.0503-0.06680.10260.07440.27773.972165.604742.3984
32.6344-0.3043-0.21053.6775-1.40881.0771-0.0160.14530.2445-0.21490.11260.11680.0311-0.0442-0.05710.90660.132-0.06620.16610.050.282-9.258885.979129.1598
41.36650.43330.20781.70861.16620.82660.1920.37340.3405-0.0032-0.1865-0.4447-0.49650.00510.02420.60950.00360.05050.19670.05710.468749.271279.944733.8853
54.66010.62130.3491.17160.2472.71270.28350.2194-0.00190.21-0.16780.0115-0.0642-0.0143-0.07720.35120.0507-0.0090.1596-0.02410.163137.032268.615830.1955
64.2624-2.8889-1.11056.38382.16765.47980.41790.2372-0.13830.0302-0.26010.0582-0.0842-0.0475-0.16780.2811-0.0251-0.07020.1918-0.05840.203531.897866.098430.4687
72.69210.504-1.69351.87260.49923.05640.29361.0609-0.5823-0.1267-0.28210.1010.10290.0543-0.0280.46810.1898-0.1370.5796-0.16760.321828.068463.375621.0908
84.71350.53210.95637.1130.7932.46270.2744-0.445-0.14130.6095-0.1029-0.4315-0.0479-0.0096-0.13930.6201-0.0880.0460.13350.01250.407847.250386.491741.7744
92.002-0.2032-0.9530.02840.24383.31440.06840.4672-0.3091-0.055-0.1044-0.05210.57680.16460.06080.62620.4566-0.07011.3069-0.18670.339424.030662.47998.6956
104.01361.14661.36642.52890.91870.80590.31230.9616-0.8203-0.5517-0.2421-0.2369-0.1878-0.4513-0.03140.86090.67480.04322.2283-0.07790.798429.176458.2656-4.1489
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123.7623-0.5366-2.98762.4041.46572.93750.29360.161-0.18180.0114-0.0443-0.13070.25670.9337-0.20310.45260.1528-0.12420.5444-0.15380.27288.049871.37998.1892
132.7994-0.2398-0.37295.25670.31983.76310.09130.1407-0.0739-0.09020.154-0.07740.14930.1542-0.24110.27580.098-0.1220.42-0.12890.218-4.391561.69414.418
147.41234.18910.74194.9189-1.06461.2360.5257-0.1044-0.40660.6581-0.2063-0.20520.3019-0.0279-0.31150.27950.13-0.06780.3111-0.10960.2393-6.310960.151416.1498
156.46232.75220.96858.51171.58766.8737-0.0161-0.33510.39560.1775-0.06480.9065-0.3937-1.05040.07370.27830.0928-0.04850.5921-0.12530.3814-17.757461.914911.3973
161.01240.4283-0.3380.3687-0.65351.52690.07010.2553-0.0651-0.10220.0739-0.11020.550.3529-0.05380.63580.30250.04761.3991-0.08070.329518.607863.0922-4.1445
173.88390.9495-0.53841.9279-0.69982.7590.118-0.12010.55960.3238-0.01440.0539-0.87550.3403-0.10680.7096-0.08960.16710.3905-0.05040.402543.419385.059966.6149
183.24310.7863-1.59987.07011.08755.1034-0.1386-0.59960.62880.0334-0.02440.7617-0.5425-0.30930.17520.58540.06240.1550.3773-0.17110.362830.706177.043173.6352
196.033-0.97710.42712.299-0.32751.6375-0.0736-0.0018-0.098-0.30160.0902-0.2829-0.03220.3363-0.01410.3257-0.02750.15010.4249-0.04530.270341.423164.377670.0922
202.2308-0.70970.76793.1022-0.73530.4162-0.1843-0.580.32480.53580.3088-0.2093-0.22390.013-0.10960.4086-0.00180.12880.4951-0.08160.265541.116766.921381.6079
215.066-5.8474-5.86737.72615.9487.4925-0.7439-0.7033-0.5071.07360.27840.74120.6468-0.45370.4830.44640.00350.14570.6767-0.01480.400235.032156.432182.1539
228.6753-5.9532-2.71366.73663.2924.86220.17010.2950.0339-0.011-0.501-0.3544-0.42440.05250.32760.728-0.16480.22420.36490.03920.435950.351985.394858.1003
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10X-RAY DIFFRACTION10chain 'F' and (resid 74 through 86 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 87 through 120 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 121 through 175 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 176 through 258 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 259 through 275 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 276 through 294 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 27 through 58 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'J' and (resid 49 through 159 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'J' and (resid 160 through 175 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'J' and (resid 176 through 239 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'J' and (resid 240 through 275 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'J' and (resid 276 through 295 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'K' and (resid 29 through 57 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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