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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6idd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant SH1-AVPL ( S138A, G186V, T221P, Q226L) from the influenza virus A/Shanghai/1/2013 (H7N9) | ||||||
![]() | Hemagglutinin | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / influenza virus / H7N9 / Hemagglutinin | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gao, G.F. / Xu, Y. / Qi, J.X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Avian-to-Human Receptor-Binding Adaptation of Avian H7N9 Influenza Virus Hemagglutinin. 著者: Xu, Y. / Peng, R. / Zhang, W. / Qi, J. / Song, H. / Liu, S. / Wang, H. / Wang, M. / Xiao, H. / Fu, L. / Fan, Z. / Bi, Y. / Yan, J. / Shi, Y. / Gao, G.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 950.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6icwC ![]() 6icxC ![]() 6icyC ![]() 6id2C ![]() 6id3C ![]() 6id5C ![]() 6id8C ![]() 6id9C ![]() 6idaC ![]() 6idbC ![]() 6idzC ![]() 4kolS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55457.949 Da / 分子数: 6 / 変異: S165N,N267D,H274Y,N392T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: HA 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A088BEK2 #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 14% w/v PEG 4000, 7% v/v 2-Propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97922 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 150579 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 11.37 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.864 / Num. unique obs: 13391 / Rsym value: 0.864 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4KOL 解像度: 2.383→40.549 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.383→40.549 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 148.6315 Å / Origin y: 6.2791 Å / Origin z: 133.4352 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |