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- PDB-6idd: Crystal structure of H7 hemagglutinin mutant SH1-AVPL ( S138A, G1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6idd
タイトルCrystal structure of H7 hemagglutinin mutant SH1-AVPL ( S138A, G186V, T221P, Q226L) from the influenza virus A/Shanghai/1/2013 (H7N9)
要素Hemagglutinin
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza virus / H7N9 / Hemagglutinin
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.383 Å
データ登録者Gao, G.F. / Xu, Y. / Qi, J.X.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: Avian-to-Human Receptor-Binding Adaptation of Avian H7N9 Influenza Virus Hemagglutinin.
著者: Xu, Y. / Peng, R. / Zhang, W. / Qi, J. / Song, H. / Liu, S. / Wang, H. / Wang, M. / Xiao, H. / Fu, L. / Fan, Z. / Bi, Y. / Yan, J. / Shi, Y. / Gao, G.F.
履歴
登録2018年9月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)334,73915
ポリマ－332,7486
非ポリマー1,9919
水8,629479
1
A: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,4808
ポリマ－166,3743
非ポリマー1,1065
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13970 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area57290 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin
I: Hemagglutinin
K: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,2597
ポリマ－166,3743
非ポリマー8854
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13650 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area57270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.181, 226.274, 116.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 55457.949 Da / 分子数: 6 / 変異: S165N,N267D,H274Y,N392T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Shanghai/MH01/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A088BEK2
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium HEPES pH 7.5, 14% w/v PEG 4000, 7% v/v 2-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 150579 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 11.37
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / Rmerge(I) obs: 0.864 / Num. unique obs: 13391 / Rsym value: 0.864

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KOL

4kol


解像度: 2.383→40.549 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2816 7454 4.96 %
Rwork0.2526 --
obs0.254 150368 97.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.383→40.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22786 0 0 479 23265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00223250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45831439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2238671
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.383-2.40990.40021740.34633423X-RAY DIFFRACTION71
2.4099-2.43830.41132350.35754598X-RAY DIFFRACTION94
2.4383-2.4680.36862440.35064625X-RAY DIFFRACTION96
2.468-2.49930.38462420.35024788X-RAY DIFFRACTION98
2.4993-2.53210.37812560.34914768X-RAY DIFFRACTION99
2.5321-2.56680.36352550.34234849X-RAY DIFFRACTION99
2.5668-2.60350.38082660.34264887X-RAY DIFFRACTION100
2.6035-2.64230.43542660.34474774X-RAY DIFFRACTION100
2.6423-2.68360.37682460.33074888X-RAY DIFFRACTION100
2.6836-2.72760.3892430.33334816X-RAY DIFFRACTION100
2.7276-2.77460.39582490.32764891X-RAY DIFFRACTION100
2.7746-2.82510.33722450.32274783X-RAY DIFFRACTION100
2.8251-2.87940.31992550.30954897X-RAY DIFFRACTION100
2.8794-2.93820.36422360.31184843X-RAY DIFFRACTION100
2.9382-3.0020.35942400.30634878X-RAY DIFFRACTION99
3.002-3.07180.32692770.28514801X-RAY DIFFRACTION99
3.0718-3.14860.32982620.29184856X-RAY DIFFRACTION99
3.1486-3.23370.30922640.29294816X-RAY DIFFRACTION99
3.2337-3.32880.3342490.29394841X-RAY DIFFRACTION99
3.3288-3.43620.28392850.27864826X-RAY DIFFRACTION99
3.4362-3.5590.29352640.2664821X-RAY DIFFRACTION99
3.559-3.70140.29612370.24694791X-RAY DIFFRACTION99
3.7014-3.86970.28092200.2374868X-RAY DIFFRACTION99
3.8697-4.07360.24272430.21834835X-RAY DIFFRACTION99
4.0736-4.32850.22952530.20464840X-RAY DIFFRACTION99
4.3285-4.66230.21982600.19054827X-RAY DIFFRACTION98
4.6623-5.13060.20352530.19354773X-RAY DIFFRACTION98
5.1306-5.87110.20842400.20124809X-RAY DIFFRACTION98
5.8711-7.38970.23852310.21364815X-RAY DIFFRACTION98
7.3897-40.5490.20682640.19244687X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 148.6315 Å / Origin y: 6.2791 Å / Origin z: 133.4352 Å
111213212223313233
T0.2769 Å20.0269 Å2-0.0011 Å2-0.3274 Å20.0186 Å2--0.3736 Å2
L0.1679 °20.0281 °2-0.042 °2-0.448 °20.1227 °2--0.2367 °2
S-0.0128 Å °0.0041 Å °0.0204 Å °0.0427 Å °-0.0008 Å °0.0225 Å °-0.0151 Å °-0.0031 Å °0.0196 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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