+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hyv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | THE GLIC PENTAMERIC LIGAND-GATED ION CHANNEL MUTANT Y119A | ||||||
![]() | Proton-gated ion channel | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / PENTAMERIC TRANSMEMBRANE CHANNEL / ION CHANNEL. | ||||||
Function / homology | ![]() sodium channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hu, H.D. / Delarue, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Electrostatics, proton sensor, and networks governing the gating transition in GLIC, a proton-gated pentameric ion channel. Authors: Hu, H. / Ataka, K. / Menny, A. / Fourati, Z. / Sauguet, L. / Corringer, P.J. / Koehl, P. / Heberle, J. / Delarue, M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 663.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 551.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6hy5C ![]() 6hy9C ![]() 6hyaC ![]() 6hyrC ![]() 6hywC ![]() 6hyxC ![]() 6hyzC ![]() 6hz0C ![]() 6hz1C ![]() 6hz3C ![]() 6hzwC ![]() 6i08C C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein / Sugars , 2 types, 16 molecules ABCDE![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
#1: Protein | Mass: 36185.625 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: glvI, glr4197 / Production host: ![]() ![]() #2: Sugar | ChemComp-LMT / |
---|
-Non-polymers , 5 types, 150 molecules ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PLC.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PLC.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-PLC / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Chemical | ChemComp-NA / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.16 Å3/Da |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: evaporation Details: 12-14.5% PEG4K; 15% GLycerol; 400 mM NaSCN; 3% DMSO; 100mM NaAcetate pH 4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 193 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 18, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→49.23 Å / Num. obs: 90262 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 67.55 Å2 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.85 Å |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9135 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9034 / SU R Cruickshank DPI: 0.445 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.402 / SU Rfree Blow DPI: 0.255 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.267
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.386 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.8→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|