+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6hz1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | THE GLIC PENTAMERIC LIGAND-GATED ION CHANNEL MUTANT E243C | ||||||
![]() | Proton-gated ion channel | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / PENTAMERIC TRANSMEMBRANE CHANNEL / ION CHANNEL. | ||||||
Function / homology | ![]() sodium channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hu, H.D. / Delarue, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Electrostatics, proton sensor, and networks governing the gating transition in GLIC, a proton-gated pentameric ion channel. Authors: Hu, H. / Ataka, K. / Menny, A. / Fourati, Z. / Sauguet, L. / Corringer, P.J. / Koehl, P. / Heberle, J. / Delarue, M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 670.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 557.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6hy5C ![]() 6hy9C ![]() 6hyaC ![]() 6hyrC ![]() 6hyvC ![]() 6hywC ![]() 6hyxC ![]() 6hyzC ![]() 6hz0C ![]() 6hz3C ![]() 6hzwC ![]() 6i08C C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein / Sugars , 2 types, 11 molecules ABCDE![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/LMT.gif)
#1: Protein | Mass: 36249.711 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #6: Sugar | ChemComp-LMT / |
---|
-Non-polymers , 5 types, 268 molecules ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PLC.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PLC.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ACT / #3: Chemical | ChemComp-PLC / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-NA / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.18 Å3/Da / Density % sol: 76.25 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: evaporation / pH: 4 Details: 12-15% PEG4K, 0.1M NA ACETATE PH4, 0.4M NASCN, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K PH range: 4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 193 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 4, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.984 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→49.07 Å / Num. obs: 122120 / % possible obs: 95.6 % / Redundancy: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 41.88 Å2 / Net I/σ(I): 8.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Redundancy: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 95.7 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU R Cruickshank DPI: 0.304 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.283 / SU Rfree Blow DPI: 0.207 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.216
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.59 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|