PDB-2xq6: Pentameric ligand gated ion channel GLIC in complex with cesium i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xq6

タイトル

Pentameric ligand gated ion channel GLIC in complex with cesium ion (Cs+)

要素

GLR4197 PROTEIN

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / OPEN CHANNEL BLOCK

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

GLOEOBACTER VIOLACEUS PCC 7421 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Hilf, R.J.C. / Bertozzi, C. / Zimmermann, I. / Reiter, A. / Trauner, D. / Dutzler, R.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Open Channel Block in a Prokaryotic Pentameric Ligand-Gated Ion Channel
著者: Hilf, R.J.C. / Bertozzi, C. / Zimmermann, I. / Reiter, A. / Trauner, D. / Dutzler, R.

履歴

登録	2010年9月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月19日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xq6.cif.gz	636.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xq6.ent.gz	536.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xq6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/2xq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xq/2xq6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xq3C 2xq4C 2xq5C 2xq7C 2xq8C 2xq9C 2xqaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xq3-d 2xq9-d 5v6n-d 2xq7-d 4hfh-d 6hjb-d 2xq5-d 4il4-d 3uu5-d 3ei0-d 3uu6-d 4hfc-d 6hjz-1 6hjz-2 6hyv-d 6hj3-d 6f10-d 6f0r-d 6f16-d 4hfe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (7) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: GLR4197 PROTEIN

B: GLR4197 PROTEIN

C: GLR4197 PROTEIN

D: GLR4197 PROTEIN

E: GLR4197 PROTEIN

ヘテロ分子

182 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.314, 128.310, 164.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 7:316 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 7:316 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 7:316 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 7:316 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 7:316 )

#1: タンパク質	GLR4197 PROTEIN / PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL 分子量: 36277.723 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 43-359 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) GLOEOBACTER VIOLACEUS PCC 7421 (バクテリア) プラスミド: PET26 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 化合物	ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン分子量: 132.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.2 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 9% PEG4000, 50MM CH3COONA, 225MM (NH4)2SO4, PH4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.15K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.8
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年5月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.8 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 40144 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3.7→39.866 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 29.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2578	1951	5.1 %
R_work	0.246	-	-
obs	0.2466	38628	97.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 65.903 Å² / k_sol: 0.28 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	30.3013 Å²	0 Å²	-61.467 Å²
2-	-	-13.4096 Å²	0 Å²
3-	-	-	-16.8917 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.7→39.866 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12605	0	1	0	12606

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	12945
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.412	17685
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.894	4625
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	2060
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2215

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
1	3	C	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	4	D	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	5	E	2521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.7-3.7925	0.3605	122	0.342	2210	X-RAY DIFFRACTION	83
3.7925-3.895	0.3702	140	0.337	2629	X-RAY DIFFRACTION	98
3.895-4.0095	0.3468	148	0.2887	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0095-4.1388	0.3051	144	0.2574	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1388-4.2865	0.2769	130	0.2472	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2865-4.4579	0.2752	126	0.235	2632	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4579-4.6605	0.2239	165	0.2042	2600	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6605-4.9058	0.2367	125	0.1869	2627	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9058-5.2126	0.2286	126	0.1833	2648	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2126-5.614	0.2171	168	0.2124	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
5.614-6.1771	0.2955	161	0.2318	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1771-7.0666	0.2859	83	0.2441	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0666-8.887	0.3123	130	0.2242	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
8.887-39.8678	0.1859	183	0.2757	2662	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 24.8657 Å / Origin y: 3.6724 Å / Origin z: 52.6135 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3317 Å²	-0.0807 Å²	0.0754 Å²	-	0.2784 Å²	0.0389 Å²	-	-	0.3683 Å²
L	0.6164 °²	0.0209 °²	0.4965 °²	-	0.5702 °²	0.1359 °²	-	-	1.1513 °²
S	0.0627 Å °	-0.0225 Å °	-0.0199 Å °	0.2693 Å °	-0.0737 Å °	-0.1164 Å °	0.0038 Å °	-0.0221 Å °	-0.0002 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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