PDB-5mvm: X-ray structure of the F14'A -N15'A double mutant of GLIC in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mvm

タイトル

X-ray structure of the F14'A -N15'A double mutant of GLIC in complex with propofol

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Fourati, Z. / Delarue, M.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of the F14'A -N15'A double mutant of GLIC in complex with propofol
著者: Fourati, Z. / Delarue, M.

履歴

登録	2017年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2025年1月29日	Group: Advisory / Structure summary カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_entry_details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mvm.cif.gz	668.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mvm.ent.gz	556.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mvm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/5mvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/5mvm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hfbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hyv-d 6f16-d 6hjb-d 6hjz-1 3uu8-d 4hfe-d 6hj3-d 5j0z-d 6hzw-d 4hfh-d 4ila-d 6hjz-2 3uub-2 6f15-d 4zzc-d 6hz1-d 3ei0-d 6f0r-d 6f11-d 2xq6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

195 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.760, 132.510, 160.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.72, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36158.605 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus PCC 7421 (バクテリア) 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 6種, 240分子

#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#7: 化合物	ChemComp-PFL / 2,6-BIS(1-METHYLETHYL)PHENOL / 2,6-DIISOPROPYLPHENOL / PROPOFOL / プロポフォ-ル分子量: 178.271 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₈O
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 400mM NaSCN 100mM NaAcetate pH4 12-15% PEG4K 16% glycerol 2% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 66139 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 103.81 Å² / Net I/σ(I): 7.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HFB

4hfb

解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8948 / SU R Cruickshank DPI: 0.629 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.549 / SU R_free Blow DPI: 0.279 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.291

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2077	3345	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1952	-	-	-
obs	0.1958	66108	98.37 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.7868 Å²	0 Å²	22.6867 Å²
2-	-	-7.2449 Å²	0 Å²
3-	-	-	13.0317 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.417 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12653	0	549	198	13400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13498	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	18327	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4643	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		261	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1952	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13498	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.93
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.25
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1773	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		16161	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3004	236	4.87 %
R_work	0.2673	4611	-
all	0.2689	4847	-
obs	-	-	97.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7625	-0.2061	0.774	0.1958	-0.2995	1.5157	0.0525	-0.0154	0.1005	0.0547	0.0008	0.0121	-0.1192	-0.0497	-0.0533	0.0804	0.0708	-0.0278	-0.0002	-0.0311	-0.0911	40.1448	-6.5258	30.6172
2	1.1018	-0.0257	1.4042	0.1344	0.0659	2.6222	0.0109	-0.0037	-0.044	0.134	-0.005	0.1466	0.019	-0.0206	-0.0059	-0.0757	0.0231	-0.0005	0.1037	-0.0126	-0.0829	28.0709	-27.9708	36.3047
3	0.6472	0.1873	0.9295	0.3011	0.2669	1.9851	0.024	-0.0415	-0.1913	0.0266	-0.0745	0.0921	0.044	0.0342	0.0505	0.0092	0.0558	-0.0729	0.0006	-0.0301	-0.0204	42.4215	-47.5406	29.0629
4	0.3308	-0.0384	0.4824	0.2074	0.0727	2.2151	-0.0058	-0.0262	-0.1104	-0.0856	-0.0377	-0.2094	-0.0213	0.0278	0.0434	-0.0142	0.0714	-0.0313	0.0248	-0.0426	-0.0296	63.3842	-37.9906	18.3951
5	0.5861	-0.1537	0.7093	0.1483	-0.3358	2.0081	0.0015	-0.049	0.1147	-0.0912	0.0172	-0.1977	-0.0604	-0.0006	-0.0187	0.0572	-0.0399	-0.0261	-0.0084	0.0084	-0.0575	61.9643	-12.7337	19.3918

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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