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- PDB-6hxl: Structure of the citryl-CoA lyase core module of human ATP citrat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hxl
タイトルStructure of the citryl-CoA lyase core module of human ATP citrate lyase in complex with citrate and CoASH (space group P21)
要素ATP-citrate synthase
キーワードLYASE / ATP citrate lyase / central metabolism / acetyl-Coa / citrate shuttle / rTCA cycle / citryl-CoA / lipogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / Fatty acyl-CoA biosynthesis / citrate metabolic process / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / oxaloacetate metabolic process / coenzyme A metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process ...ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / Fatty acyl-CoA biosynthesis / citrate metabolic process / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / oxaloacetate metabolic process / coenzyme A metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / tricarboxylic acid cycle / fatty acid biosynthetic process / azurophil granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-citrate synthase / ATP-citrate synthase, citrate-binding domain / ATP citrate lyase citrate-binding / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 3. / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase ...ATP-citrate synthase / ATP-citrate synthase, citrate-binding domain / ATP citrate lyase citrate-binding / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 3. / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / CoA binding domain / Succinyl-CoA synthetase-like / CoA binding domain / CoA-binding / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
OXIDIZED COENZYME A / COENZYME A / CITRATE ANION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ATP-citrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Verstraete, K. / Verschueren, K.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders1524918N ベルギー
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of ATP citrate lyase and the origin of citrate synthase in the Krebs cycle.
著者: Verschueren, K.H.G. / Blanchet, C. / Felix, J. / Dansercoer, A. / De Vos, D. / Bloch, Y. / Van Beeumen, J. / Svergun, D. / Gutsche, I. / Savvides, S.N. / Verstraete, K.
履歴
登録2018年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-citrate synthase
B: ATP-citrate synthase
C: ATP-citrate synthase
D: ATP-citrate synthase
E: ATP-citrate synthase
F: ATP-citrate synthase
G: ATP-citrate synthase
H: ATP-citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,63226
ポリマ－240,0648
非ポリマー7,56818
水30,8601713
1
A: ATP-citrate synthase
B: ATP-citrate synthase
C: ATP-citrate synthase
D: ATP-citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,96814
ポリマ－120,0324
非ポリマー3,93610
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27360 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area36560 Å2
手法PISA
2
E: ATP-citrate synthase
F: ATP-citrate synthase
G: ATP-citrate synthase
H: ATP-citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,66512
ポリマ－120,0324
非ポリマー3,6338
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27060 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area37400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.711, 147.895, 113.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
ATP-citrate synthase / ATP-citrate (pro-S-)-lyase / ACL / Citrate cleavage enzyme


分子量: 30008.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Before crystallization, the N-terminal sequence MGSSHHHHHHSSGLVPR was removed by thrombin digestion.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACLY / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53396, ATP citrate synthase

-
非ポリマー , 7種, 1731分子

#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CAO / OXIDIZED COENZYME A


分子量: 783.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 21% PEG8000 0.1 M HEPES pH 7.0 0.15 M ammonium sulphate Protein sample buffer 20 mM HBS, 150 mM NaCl, pH 7.4 supplemented with 50 mM citrate pH 7.4 and 10 mM CoASH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 458935 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/av σ(I): 8.96 / Net I/σ(I): 8.96
反射 シェル解像度: 1.35→1.43 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.641 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 71629 / CC1/2: 0.421 / Rpim(I) all: 1.041 / Rrim(I) all: 1.645 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: M. soehngenii ACL structure

解像度: 1.35→47.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.048 / SU Rfree Blow DPI: 0.049 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.048
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.174 23064 5.03 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.157 458802 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.622 Å20 Å20.0602 Å2
2---1.4075 Å20 Å2
3---0.7855 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.35→47.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16312 0 478 1713 18503
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0134997HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1163490HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7874SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes364HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5122HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it34997HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2248SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies104HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact41414SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 1666 5.18 %
Rwork0.226 30527 -
all0.226 32193 -
obs--92.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03360.66810.43352.68291.07522.0811-0.04610.15710.1568-0.20760.02120.0024-0.06470.09790.0249-0.02970.00660.0022-0.00470.0615-0.021520.478221.2801-70.2809
20.86270.2557-0.3060.68390.04822.95310.02470.14290.1894-0.0220.06360.0817-0.1783-0.0888-0.0883-0.04480.01870.0084-0.04510.04690.015214.710824.3888-56.4071
30.4199-0.25970.02170.5856-0.04910.26520.00470.02210.01230.0291-0.01230.06450.0131-0.05330.0076-0.0445-0.00180.0039-0.04560.0018-0.033314.84826.0953-45.6115
46.1572-0.11610.5730.00290.1517-0.14640.2052-0.4951-0.39840.0443-0.07930.26450.2417-0.4137-0.1259-0.0047-0.0533-0.01540.07380.03130.0932-12.004113.2697-40.2862
50.393-0.2326-0.29421.4513-0.04020.33860.0117-0.035-0.0339-0.05450.04470.18170.0661-0.0156-0.0564-0.0118-0.02970.0036-0.0209-0.0083-0.02023.660411.56-35.2189
60.3272-0.29720.69331.6252-1.32221.58650.0116-0.14280.23070.14010.03430.0397-0.198-0.1361-0.0459-0.0240.03280.0229-0.0452-0.00260.01628.031727.7101-42.2617
72.2403-0.46880.47661.0604-0.04212.640.1035-0.13050.15430.0229-0.07580.0866-0.0038-0.1719-0.0277-0.052-0.01490.012-0.0383-0.015100.400119.1498-41.3798
81.6954-0.9993-0.83971.28640.88695.88420.07770.41280.0489-0.1471-0.02940.0071-0.3559-0.306-0.0482-0.09370.0431-0.01760.09270.0634-0.00611.571419.7276-60.7562
91.6715-0.5890.56981.0462-0.1750.87750.03520.01070.07750.0677-0.0347-0.0871-0.00960.0448-0.0005-0.04960.00810.0027-0.05210.0059-0.042223.332410.2933-46.1783
103.42851.4002-1.31521.2818-0.95960.5790.0638-0.1506-0.00790.2135-0.0406-0.05340.00520.046-0.02320.0247-0.00960.0073-0.01220.0057-0.038221.5396-11.9535-33.6399
110.6195-0.27020.62980.6864-0.25761.62240.06270.1505-0.1024-0.2242-0.07650.02760.14-0.030.01380.01550.026300.0012-0.0515-0.057118.9024-21.5676-74.2467
120.12830.0761-0.06411.2095-0.04732.4092-0.00920.0693-0.0694-0.14260.047-0.1040.1731-0.0175-0.0378-0.02160.00240.0098-0.0318-0.02390.007525.4501-27.5092-60.8121
130.4283-0.2213-0.02310.544900.16040.00830.0189-0.00790.0396-0.0246-0.0352-0.010.0220.0163-0.0295-0.0014-0.0038-0.02480.0048-0.027225.7274-11.1499-47.4469
146.1771-1.0703-0.79710.1571-1.2570.78150.0654-0.44850.60860.0118-0.1804-0.3331-0.27360.56440.115-0.0622-0.0747-0.02130.07960.01520.125852.7142-19.4019-43.6134
152.21710.3497-0.3643.05720.66071.47510.0423-0.0687-0.02030.0970.0336-0.2249-0.09180.0636-0.076-0.053-0.0124-0.0437-0.06580.0205-0.047637.3637-17.9626-38.5202
160.72190.1385-0.41471.14631.10352.6454-0.0184-0.0024-0.22380.0660.0754-0.08290.22490.1259-0.057-0.04080.0179-0.0153-0.0573-0.01010.025231.9881-32.792-47.9696
171.2003-0.3831-0.53650.759-0.28691.769-0.0061-0.079-0.1632-0.0046-0.0105-0.1179-0.04410.16470.0166-0.0467-0.0087-0.0118-0.02390.01120.016439.8661-24.7592-45.8222
180.5173-3.09533.61410.6819-2.23592.2125-0.0010.32840.0035-0.63580.1737-0.05130.1250.2846-0.17280.0135-0.05560.14110.0264-0.0720.021338.6865-22.1317-64.4241
191.6563-0.1579-0.31580.86140.14710.6770.03330.0644-0.06330.06-0.04880.07430.0064-0.08190.0155-0.02180.0029-0.001-0.02640.0039-0.015317.7915-15.2873-48.9949
201.27630.88880.37481.29651.03750.9860.0246-0.14370.01570.1863-0.07560.05310.031-0.04540.0510.0275-0.004-0.005-0.01360.0123-0.020718.46723.4875-32.3402
210.86650.33560.4051.58620.37661.34010.0383-0.0721-0.19070.1495-0.00690.08060.03230.0125-0.0314-0.0187-0.00930.0162-0.04780.0303-0.031316.6099-23.5283-37.7421
220.5426-0.12460.49811.2277-0.34091.31290.0272-0.0359-0.08760.01590.07170.13850.0778-0.0599-0.0989-0.0447-0.0078-0.0037-0.02960.01030.01519.686-26.5311-52.3263
230.46980.13770.03070.4575-0.10010.2444-0.00020.05940.0044-0.04130.01050.05830.0073-0.0355-0.0104-0.02060.01240.0003-0.00690.0012-0.023212.7119-8.5813-62.6379
240.9264-1.99152.701301.91411.4153-0.0090.13670.54530.01290.1487-0.0469-0.0427-0.5655-0.1397-0.09610.0490.02830.03050.08510.1598-14.8371-10.1127-67.2273
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741.67950.53170.86430.81930.19041.07170.0002-0.05250.0188-0.09130.0026-0.00710.01810.0185-0.0028-0.04410.0032-0.0011-0.0656-0.0034-0.035125.723852.31220.5633
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|837 - A|867 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|868 - A|896 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|897 - A|952 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|953 - A|965 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|966 - A|984 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|985 - A|1001 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|1002 - A|1039 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|1040 - A|1055 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|1056 - A|1079 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|1080 - A|1097 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|837 - B|867 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|868 - B|896 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|897 - B|952 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|953 - B|965 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ B|966 - B|984 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ B|985 - B|1001 }
17X-RAY DIFFRACTION17{ B|1002 - B|1039 }
18X-RAY DIFFRACTION18{ B|1040 - B|1055 }
19X-RAY DIFFRACTION19{ B|1056 - B|1078 }
20X-RAY DIFFRACTION20{ B|1079 - B|1097 }
21X-RAY DIFFRACTION21{ C|836 - C|867 }
22X-RAY DIFFRACTION22{ C|868 - C|896 }
23X-RAY DIFFRACTION23{ C|897 - C|952 }
24X-RAY DIFFRACTION24{ C|953 - C|965 }
25X-RAY DIFFRACTION25{ C|966 - C|984 }
26X-RAY DIFFRACTION26{ C|985 - C|1001 }
27X-RAY DIFFRACTION27{ C|1002 - C|1039 }
28X-RAY DIFFRACTION28{ C|1040 - C|1078 }
29X-RAY DIFFRACTION29{ C|1080 - C|1097 }
30X-RAY DIFFRACTION30{ D|837 - D|867 }
31X-RAY DIFFRACTION31{ D|868 - D|896 }
32X-RAY DIFFRACTION32{ D|897 - D|951 }
33X-RAY DIFFRACTION33{ D|952 - D|965 }
34X-RAY DIFFRACTION34{ D|966 - D|984 }
35X-RAY DIFFRACTION35{ D|985 - D|1001 }
36X-RAY DIFFRACTION36{ D|1002 - D|1039 }
37X-RAY DIFFRACTION37{ D|1040 - D|1055 }
38X-RAY DIFFRACTION38{ D|1056 - D|1079 }
39X-RAY DIFFRACTION39{ D|1080 - D|1097 }
40X-RAY DIFFRACTION40{ E|837 - E|867 }
41X-RAY DIFFRACTION41{ E|868 - E|896 }
42X-RAY DIFFRACTION42{ E|897 - E|952 }
43X-RAY DIFFRACTION43{ E|953 - E|966 }
44X-RAY DIFFRACTION44{ E|967 - E|984 }
45X-RAY DIFFRACTION45{ E|985 - E|1001 }
46X-RAY DIFFRACTION46{ E|1002 - E|1039 }
47X-RAY DIFFRACTION47{ E|1040 - E|1055 }
48X-RAY DIFFRACTION48{ E|1056 - E|1079 }
49X-RAY DIFFRACTION49{ E|1080 - E|1097 }
50X-RAY DIFFRACTION50{ F|837 - F|867 }
51X-RAY DIFFRACTION51{ F|868 - F|883 }
52X-RAY DIFFRACTION52{ F|884 - F|896 }
53X-RAY DIFFRACTION53{ F|897 - F|974 }
54X-RAY DIFFRACTION54{ F|975 - F|1001 }
55X-RAY DIFFRACTION55{ F|1002 - F|1039 }
56X-RAY DIFFRACTION56{ F|1040 - F|1055 }
57X-RAY DIFFRACTION57{ F|1056 - F|1096 }
58X-RAY DIFFRACTION58{ G|836 - G|867 }
59X-RAY DIFFRACTION59{ G|868 - G|896 }
60X-RAY DIFFRACTION60{ G|897 - G|951 }
61X-RAY DIFFRACTION61{ G|952 - G|984 }
62X-RAY DIFFRACTION62{ G|985 - G|1001 }
63X-RAY DIFFRACTION63{ G|1002 - G|1039 }
64X-RAY DIFFRACTION64{ G|1040 - G|1055 }
65X-RAY DIFFRACTION65{ G|1056 - G|1078 }
66X-RAY DIFFRACTION66{ G|1079 - G|1097 }
67X-RAY DIFFRACTION67{ H|837 - H|867 }
68X-RAY DIFFRACTION68{ H|868 - H|883 }
69X-RAY DIFFRACTION69{ H|884 - H|896 }
70X-RAY DIFFRACTION70{ H|897 - H|951 }
71X-RAY DIFFRACTION71{ H|952 - H|984 }
72X-RAY DIFFRACTION72{ H|985 - H|1001 }
73X-RAY DIFFRACTION73{ H|1002 - H|1039 }
74X-RAY DIFFRACTION74{ H|1040 - H|1078 }
75X-RAY DIFFRACTION75{ H|1079 - H|1098 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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