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- PDB-6hxk: Structure of the citryl-CoA lyase core module of human ATP citrat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hxk
タイトルStructure of the citryl-CoA lyase core module of human ATP citrate lyase in complex with citrate
要素ATP-citrate synthase
キーワードLYASE / ATP citrate lyase / central metabolism / acetyl-Coa / citrate shuttle / rTCA cycle / citryl-CoA / lipogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP citrate synthase / ATP citrate synthase activity / citrate metabolic process / Fatty acyl-CoA biosynthesis / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / oxaloacetate metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process ...ATP citrate synthase / ATP citrate synthase activity / citrate metabolic process / Fatty acyl-CoA biosynthesis / ChREBP activates metabolic gene expression / acetyl-CoA biosynthetic process / coenzyme A metabolic process / oxaloacetate metabolic process / lipid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / azurophil granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-citrate synthase / ATP-citrate synthase, citrate-binding domain / ATP citrate lyase citrate-binding / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 3. / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase ...ATP-citrate synthase / ATP-citrate synthase, citrate-binding domain / ATP citrate lyase citrate-binding / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 3. / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / CoA binding domain / Succinyl-CoA synthetase-like / CoA binding domain / CoA-binding / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Citrate synthase / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / ATP-citrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Verstraete, K. / Verschueren, K.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders1524918N ベルギー
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of ATP citrate lyase and the origin of citrate synthase in the Krebs cycle.
著者: Verschueren, K.H.G. / Blanchet, C. / Felix, J. / Dansercoer, A. / De Vos, D. / Bloch, Y. / Van Beeumen, J. / Svergun, D. / Gutsche, I. / Savvides, S.N. / Verstraete, K.
履歴
登録2018年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-citrate synthase
B: ATP-citrate synthase
C: ATP-citrate synthase
D: ATP-citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,61915
ポリマ－120,0324
非ポリマー1,58711
水10,683593
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27820 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area35930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.341, 123.890, 139.796
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
ATP-citrate synthase / ATP-citrate (pro-S-)-lyase / ACL / Citrate cleavage enzyme


分子量: 30008.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Before crystallization, the the N-terminal sequence MGSSHHHHHHSSGLVPR was removed by thrombin digestion.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACLY / プラスミド: pET15b / 詳細 (発現宿主): N-terminal cleavable His-tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P53396, ATP citrate synthase

-
非ポリマー , 6種, 604分子

#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Na2SO4 pH 6.7 20% PEG3350 Protein sample buffer: 20 mM HEPES pH 7.4 150 mM NaCl supplemented with 50 mM Citrate pH 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→67.34 Å / Num. obs: 100132 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 25.12 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 8.69
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / Num. unique obs: 15942 / CC1/2: 0.499 / Rrim(I) all: 1.606 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CCL core module from C. limicola

解像度: 1.85→61.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU R Cruickshank DPI: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.118 / SU Rfree Blow DPI: 0.109 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.107
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 4982 4.98 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.166 100130 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9164 Å20 Å20 Å2
2---0.1965 Å20 Å2
3----2.72 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→61.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8104 0 107 593 8804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0117236HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0131279HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3872SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes180HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2537HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it17236HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.73
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1108SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies33HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact19975SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 332 4.62 %
Rwork0.213 6859 -
all0.215 7191 -
obs--98.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74520.06720.50063.0523-0.85311.62030.00020.2263-0.119-0.34120.0093-0.0340.062-0.0212-0.00950.00320.01290.0140.009-0.0437-0.0351-37.7994-6.8904-10.7293
20.2338-0.0285-0.06710.71250.10291.2877-0.00040.0502-0.1489-0.0197-0.039-0.00720.09010.04440.0395-0.05250.007-0.006-0.0499-0.01420.0096-34.5479-15.18827.7597
33.3039-1.677-0.66490.96660.26270.2210.073-0.18180.1238-0.07890.0262-0.1326-0.08940.0917-0.0991-0.0335-0.01880.0005-0.0145-0.0030.0279-21.2118-11.841715.9245
43.70440.9666-1.82723.4651-0.04931.5317-0.0715-0.130.07340.08450.11370.238-0.09390.188-0.0422-0.0429-0.0175-0.04630.00240.0073-0.0591-19.5274-23.591822.507
52.53961.96160.01361.1702-0.92571.85680.1132-0.1344-0.21780.0053-0.0091-0.03390.1063-0.011-0.1041-0.07590.02210.0039-0.1153-0.0268-0.0265-25.3748-28.97157.3799
61.0122-0.1226-0.62631.3193-1.38982.77010.0611-0.096-0.13810.0629-0.0959-0.0853-0.00720.12430.0348-0.039-0.0147-0.0051-0.02210.00790.0442-17.2872-23.932513.1209
70.4866-0.2232-0.30550.49050.26020.846-0.02010.045-0.05640.054-0.01510.00970.0264-0.0160.0351-0.01450.0043-0.0023-0.04990.01780.0085-34.4706-8.022618.6649
80.72660.13690.62341.456-0.61381.27440.00390.0379-0.21790.0879-0.02880.09750.12830.0250.0249-0.0275-0.0136-0.0025-0.06820.01670.0225-40.6058-24.586620.6192
90.35550.15750.05030.8952-0.25991.3343-0.0335-0.0134-0.2120.05-0.03050.02470.0883-0.02750.064-0.0249-0.009-0.0036-0.0286-0.03010.0613-47.4634-20.77996.3952
100.3660.31430.63350.90330.28971.4363-0.00420.07-0.0946-0.0393-0.017-0.0469-0.01650.04350.0212-0.02330.01010.0076-0.05040.004-0.0336-35.44492.01554.3868
115.75352.5763-0.6241.3718-0.57390.5592-0.02090.24760.0780.03320.08290.1277-0.0821-0.0539-0.0621-0.07790.00430.0042-0.0547-0.0103-0.0285-58.6856-3.65715.3375
121.3822-0.43080.5062.41860.42390.14310.08520.59580.31330.1242-0.1150.2919-0.378-0.88140.0298-0.00480.2360.01950.34670.05310.1066-73.7199-2.0776-1.5329
136.5033-0.071-3.93243.5447-1.04634.72660.0260.50050.4185-0.1140.23920.4265-0.2894-0.2419-0.2652-0.05610.0614-0.0348-0.05960.0456-0.0422-58.9729-0.7155-8.3698
142.431.1048-2.49633.1118-0.45222.7980.00640.4969-0.091-0.20130.07080.1522-0.0357-0.2599-0.0771-0.0963-0.0239-0.0325-0.004-0.065-0.0093-54.9199-17.8861-6.2744
152.18721.4601-4.07350-0.18345.82780.03771.0470.1098-0.3034-0.01930.122-0.1347-0.555-0.0184-0.08240.0443-0.04850.19470.0041-0.0388-66.7369-8.7945-6.9654
162.117-0.0683-0.43270.17180.24731.71020.04440.1674-0.0478-0.03540.02220.068-0.1696-0.2219-0.0667-0.0870.0135-0.0085-0.0548-0.0315-0.0061-58.6725-12.32924.4766
171.55290.6787-1.22750.8398-0.29971.3937-0.04940.0103-0.1536-0.1024-0.0131-0.0642-0.00720.03260.0625-0.0165-0.00230.0011-0.02550.0023-0.0026-36.8493-5.19182.7361
182.4475-1.12070.55562.0633-0.56200.01380.04910.1359-0.15270.042-0.105-0.01030.0676-0.0558-0.00430.0033-0.0044-0.02530.0299-0.0544-34.578819.61450.222
190.56-0.0539-0.11921.7830.66774.107-0.03050.01690.2443-0.05380.0273-0.0225-0.24060.14160.0032-0.01460.00850.0097-0.05390.04390.0191-36.742430.432410.562
201.04570.05140.38440.6756-0.29531.6261-0.01040.05230.1492-0.0151-0.00540.0428-0.16690.02850.0158-0.0120.0161-0.0023-0.04180.00510.0162-42.863127.383124.8065
210.6116-0.1351-0.06211.12360.23830.7923-0.00070.0103-0.00680.0038-0.0063-0.01740.04950.01060.007-0.034-0.0074-0.0022-0.05660.0137-0.026-34.40533.046526.1688
222.002-1.9902-0.87471.19170.28830.0777-0.020.0638-0.3691-0.1-0.02220.30420.0858-0.08330.0422-0.04120.0106-0.0140.01720.00060.0474-56.469812.282227.5723
234.6934-2.0868-2.909200.80381.14450.055-0.6249-0.8903-0.0712-0.14290.19320.158-0.16890.0879-0.1173-0.0616-0.05510.07150.1410.179-70.416112.711536.4528
243.7996-0.1552.18935.98491.21532.8938-0.086-0.2251-0.45580.38860.20560.49880.1603-0.0003-0.1196-0.1195-0.02480.0188-0.06420.1266-0.0003-55.56789.734541.2409
252.2883-0.78911.69073.2997-2.17773.74560.0701-0.20120.0671-0.0131-0.1051-0.0869-0.0774-0.02950.035-0.0932-0.00050.0093-0.0315-0.0246-0.0486-49.539226.034338.1363
265.0964-1.78370.21771.6374-0.85232.3443-0.0504-0.7353-0.48970.17850.12920.21350.075-0.2369-0.0787-0.0609-0.0258-0.00720.05430.0332-0.0167-57.56918.70736.7181
271.6797-0.77870.31861.1156-0.33560.5171-0.02690.075-0.01520.0606-0.00080.0276-0.0278-0.0380.0277-0.04070.0036-0.0073-0.03830.0082-0.0481-42.484815.581524.3476
280.0050.6527-1.32322.9779-0.05690.01350.1038-0.1296-0.030.2933-0.04040.01960.09090.1344-0.06340.05980.0077-0.0119-0.02550.0315-0.0198-35.4858-14.082430.5129
290.2533-0.1242-0.3494.90160.52081.4679-0.0394-0.18570.06880.27250.02790.07770.0915-0.01440.0115-0.0205-0.0002-0.01130.0031-0.0058-0.0336-34.216812.522541.4226
300.48620.09040.31460.47760.22251.0332-0.0038-0.02390.074-0.011-0.0158-0.019-0.00760.0260.0196-0.04590.00170.0009-0.0480.0087-0.0237-33.229917.567420.7136
313.7214-0.70610.75381.3232-0.31280.30960.13520.40320.1287-0.1107-0.1728-0.29820.210.21950.0376-0.0590.02480.0380.04970.07730.0138-9.866416.856713.9029
327.0946-3.07491.01425.7593-2.9544.6711-0.01520.6119-0.0912-0.25660.15010.10690.3063-0.0386-0.1349-0.1013-0.00940.05010.04350.0584-0.0906-15.79324.76346.205
338.3265-1.93492.31711.23-1.20196.81020.23860.39640.61-0.0218-0.0793-0.2195-0.11720.1868-0.1593-0.104-0.03830.0116-0.15010.05560.0466-19.954232.146821.8847
340.5790.1792-0.01620.8949-0.59480.83780.08620.120.2588-0.13-0.1228-0.1701-0.01310.04670.0365-0.01460.01410.02420.06670.08560.0683-13.004825.483616.2404
350.48390.16120.240.29960.08380.64060.00410.0306-0.0357-0.06710.0138-0.0356-0.00150.0379-0.018-0.0403-0.00070.0026-0.04810.0211-0.0308-33.172713.426212.4983
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|837 - A|867 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|868 - A|915 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|916 - A|965 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|966 - A|984 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|985 - A|1001 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|1002 - A|1039 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|1040 - A|1098 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|837 - B|867 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|868 - B|896 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|897 - B|930 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|931 - B|952 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ B|953 - B|965 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|966 - B|984 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|985 - B|1001 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ B|1002 - B|1017 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ B|1018 - B|1055 }
17X-RAY DIFFRACTION17{ B|1056 - B|1079 }
18X-RAY DIFFRACTION18{ B|1080 - B|1097 }
19X-RAY DIFFRACTION19{ C|837 - C|867 }
20X-RAY DIFFRACTION20{ C|868 - C|896 }
21X-RAY DIFFRACTION21{ C|897 - C|930 }
22X-RAY DIFFRACTION22{ C|931 - C|952 }
23X-RAY DIFFRACTION23{ C|953 - C|965 }
24X-RAY DIFFRACTION24{ C|966 - C|984 }
25X-RAY DIFFRACTION25{ C|985 - C|1001 }
26X-RAY DIFFRACTION26{ C|1002 - C|1039 }
27X-RAY DIFFRACTION27{ C|1040 - C|1079 }
28X-RAY DIFFRACTION28{ C|1080 - C|1096 }
29X-RAY DIFFRACTION29{ D|837 - D|867 }
30X-RAY DIFFRACTION30{ D|868 - D|930 }
31X-RAY DIFFRACTION31{ D|931 - D|965 }
32X-RAY DIFFRACTION32{ D|966 - D|984 }
33X-RAY DIFFRACTION33{ D|985 - D|1001 }
34X-RAY DIFFRACTION34{ D|1002 - D|1039 }
35X-RAY DIFFRACTION35{ D|1040 - D|1096 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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