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- PDB-6nzy: Structural Determination of the Carboxy-terminal portion of ATP-c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nzy
タイトルStructural Determination of the Carboxy-terminal portion of ATP-citrate lyase
要素ATP-citrate lyase alpha-subunit
キーワードLYASE / Carboxy-terminal portion / acetyl-CoA / acyl-CoA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP citrate synthase activity / acetyl-CoA biosynthetic process / tricarboxylic acid cycle / fatty acid biosynthetic process / lyase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / CoA binding domain / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Succinyl-CoA synthetase-like / CoA binding domain / CoA-binding / Citrate synthase ...Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / CoA binding domain / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Succinyl-CoA synthetase-like / CoA binding domain / CoA-binding / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / PHOSPHATE ION / ATP-citrate lyase alpha-subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium limicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nguyen, V.H. / Fraser, M.E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)222915-2013 カナダ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Identification of the active site residues in ATP-citrate lyase's carboxy-terminal portion.
著者: Nguyen, V.H. / Singh, N. / Medina, A. / Uson, I. / Fraser, M.E.
履歴
登録2019年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-citrate lyase alpha-subunit
B: ATP-citrate lyase alpha-subunit
C: ATP-citrate lyase alpha-subunit
D: ATP-citrate lyase alpha-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,87732
ポリマ－115,4054
非ポリマー3,47228
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34610 Å2
ΔGint-321 kcal/mol
Surface area37090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.180, 82.180, 151.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 354 through 355 or resid 358...
21(chain B and (resid 354 through 355 or resid 358...
31(chain C and (resid 354 through 355 or resid 358...
41(chain D and (resid 354 through 355 or resid 358...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 354 through 355 or resid 358...A354 - 355
121(chain A and (resid 354 through 355 or resid 358...A358 - 424
131(chain A and (resid 354 through 355 or resid 358...A426
141(chain A and (resid 354 through 355 or resid 358...A428 - 433
151(chain A and (resid 354 through 355 or resid 358...A435 - 439
161(chain A and (resid 354 through 355 or resid 358...A441 - 496
171(chain A and (resid 354 through 355 or resid 358...A498 - 509
181(chain A and (resid 354 through 355 or resid 358...A512 - 515
191(chain A and (resid 354 through 355 or resid 358...A517 - 533
1101(chain A and (resid 354 through 355 or resid 358...A535 - 587
1111(chain A and (resid 354 through 355 or resid 358...A589 - 606
211(chain B and (resid 354 through 355 or resid 358...B354 - 355
221(chain B and (resid 354 through 355 or resid 358...B358 - 424
231(chain B and (resid 354 through 355 or resid 358...B426
241(chain B and (resid 354 through 355 or resid 358...B428 - 433
251(chain B and (resid 354 through 355 or resid 358...B435 - 439
261(chain B and (resid 354 through 355 or resid 358...B441 - 496
271(chain B and (resid 354 through 355 or resid 358...B498 - 509
281(chain B and (resid 354 through 355 or resid 358...B512 - 515
291(chain B and (resid 354 through 355 or resid 358...B517 - 533
2101(chain B and (resid 354 through 355 or resid 358...B535 - 587
2111(chain B and (resid 354 through 355 or resid 358...B589 - 606
311(chain C and (resid 354 through 355 or resid 358...C354 - 355
321(chain C and (resid 354 through 355 or resid 358...C358 - 424
331(chain C and (resid 354 through 355 or resid 358...C351 - 607
341(chain C and (resid 354 through 355 or resid 358...C435
351(chain C and (resid 354 through 355 or resid 358...C9
361(chain C and (resid 354 through 355 or resid 358...C498 - 509
371(chain C and (resid 354 through 355 or resid 358...C512 - 515
381(chain C and (resid 354 through 355 or resid 358...C517
391(chain C and (resid 354 through 355 or resid 358...C57
3101(chain C and (resid 354 through 355 or resid 358...C589 - 606
411(chain D and (resid 354 through 355 or resid 358...D354 - 355
421(chain D and (resid 354 through 355 or resid 358...D358 - 424
431(chain D and (resid 354 through 355 or resid 358...D426
441(chain D and (resid 354 through 355 or resid 358...D441 - 496
451(chain D and (resid 354 through 355 or resid 358...D498 - 509
461(chain D and (resid 354 through 355 or resid 358...D512 - 51
471(chain D and (resid 354 through 355 or resid 358...D517 - 533
481(chain D and (resid 354 through 355 or resid 358...D535 - 587
491(chain D and (resid 354 through 355 or resid 358...D589 - 606

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
ATP-citrate lyase alpha-subunit


分子量: 28851.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobium limicola (バクテリア)
遺伝子: aclA / プラスミド: pET42b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AJC4

-
非ポリマー , 5種, 336分子

#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A


分子量: 809.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: PEG 3350, sodium acetate, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→75.61 Å / Num. obs: 91455 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.89-1.943.80.61.91100
8.45-75.615.10.0261100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3381精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H12

2h12


解像度: 1.9→71.17 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1896 4287 5.06 %
Rwork0.1666 --
obs0.1678 84682 94.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 177.45 Å2 / Biso mean: 57.2444 Å2 / Biso min: 20.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→71.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8002 0 332 308 8642
Biso mean--82.43 45.25 -
残基数----1035
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4526X-RAY DIFFRACTION5.456TORSIONAL
12B4526X-RAY DIFFRACTION5.456TORSIONAL
13C4526X-RAY DIFFRACTION5.456TORSIONAL
14D4526X-RAY DIFFRACTION5.456TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.92160.35681170.32222215233277
1.9216-1.94420.33161170.29532245236279
1.9442-1.9680.24671200.27512286240681
1.968-1.99290.26341250.2482418254384
1.9929-2.01910.24261330.22762467260087
2.0191-2.04680.22831350.22172560269588
2.0468-2.0760.2411340.22122493262789
2.076-2.1070.24361400.21062594273490
2.107-2.13990.23651450.20232585273092
2.1399-2.1750.24881250.1922677280293
2.175-2.21250.20921460.18592672281894
2.2125-2.25270.21871460.18372677282394
2.2527-2.29610.22121500.17852725287595
2.2961-2.34290.21351470.17452691283895
2.3429-2.39390.19091430.1692714285796
2.3939-2.44960.18481370.1582785292297
2.4496-2.51080.1831520.15542752290497
2.5108-2.57870.1771510.15992826297798
2.5787-2.65460.17741450.162832297798
2.6546-2.74030.19741540.15682794294899
2.7403-2.83820.19351570.15152835299299
2.8382-2.95190.1611780.1472750292899
2.9519-3.08620.16621660.152128423008100
3.0862-3.24890.1891580.153728463004100
3.2489-3.45250.17561380.150428562994100
3.4525-3.71910.16781450.149828553000100
3.7191-4.09330.15451310.144728793010100
4.0933-4.68550.16851490.141228122961100
4.6855-5.90280.2141490.175428843033100
5.9028-71.21990.181540.180128282982100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24340.2464-0.14611.2127-1.06922.4092-0.00060.08060.138-0.0092-0.05330.0399-0.16660.2610.06420.2021-0.0215-0.02010.2419-0.00160.257859.011367.75253.3282
23.7662-0.5239-0.25543.87010.613.0617-0.1232-0.54850.49550.4333-0.031.004-0.7013-0.46810.19580.67720.04080.10140.4528-0.14650.711349.731182.433475.9655
31.96470.15950.31063.37870.52822.1715-0.098-0.27380.45840.3497-0.03870.3244-0.62010.28210.08940.4433-0.0889-0.01440.3329-0.04630.371960.070575.374369.7357
45.84411.6383-0.89432.55730.09673.49260.0295-0.7981-0.68250.0841-0.1486-0.15670.46190.00020.06620.4024-0.03320.02570.22350.09650.341636.860242.371275.7152
55.68481.4151-0.76662.8684-0.60442.3689-0.18640.7291-0.117-0.44330.33060.19110.3671-0.5337-0.16720.4405-0.1806-0.11340.5445-0.00840.343328.043647.312641.1848
61.5530.8415-0.27792.1389-0.30861.6682-0.11480.0213-0.1599-0.26240.13990.16050.3504-0.2058-0.02890.2534-0.0445-0.00990.2064-0.00310.25838.160646.056662.4941
73.265-0.6268-0.5893.1802-0.36621.9748-0.25390.0708-0.7527-0.80350.0189-1.5210.88710.72020.12880.8310.02330.26410.5213-0.05351.300348.277523.98859.5625
81.60030.8587-0.8391.4318-0.55631.6549-0.39230.1532-0.6593-0.56590.2731-0.36990.8271-0.2021-0.05820.6406-0.13380.09320.2214-0.07080.503236.850931.634160.3226
99.20091.1729-0.09112.171-0.22841.94080.1428-1.31040.40120.2536-0.1083-0.0903-0.25790.3623-0.03910.3849-0.0355-0.06210.4689-0.06080.304160.735858.153577.0136
106.65032.5756-0.17249.1527-0.01033.4250.2579-0.6639-0.3540.7364-0.1741-0.14760.03070.2607-0.06830.2889-0.0089-0.09840.49820.09530.29964.654156.435676.0674
113.97911.1661-0.66582.2687-0.10853.67390.1484-0.1457-0.26210.1753-0.1109-0.49120.02160.8374-0.07130.222-0.0253-0.0170.53150.04130.356773.278263.445565.2334
127.6579-1.48842.27264.3759-0.7690.7247-0.1611-0.15250.1405-0.0552-0.1653-0.52450.08671.06290.32760.2427-0.0145-0.00280.63960.0830.32774.974664.079452.8407
133.0805-0.2586-0.1341.2042-0.89243.02470.00960.2082-0.0266-0.07820.02570.03990.14290.0303-0.02370.2364-0.0175-0.02060.2557-0.00040.2750.916661.783149
143.025-1.9038-1.63023.76232.37681.61620.60040.3755-1.0417-0.7108-0.55121.02041.37730.06010.50180.99350.3701-0.1220.7357-0.22720.799872.444140.925241.5892
154.8881-0.7422-1.16365.3317-3.89276.81270.49530.77920.0777-1.4903-0.30750.91711.0711-0.0236-0.15150.86340.2206-0.15580.6422-0.150.571267.17854.791832.5372
165.9717-1.63381.51825.3307-0.80761.06230.02630.0891-0.1548-0.4694-0.7223-0.88340.40890.79990.60030.43230.20850.09281.01330.14410.541479.863261.405843.6289
170.78682.03130.25296.0326-0.53351.8027-0.0806-0.018-0.4908-1.7243-0.3965-0.08870.72160.67670.34250.98210.54430.0610.8953-0.01540.519277.295249.104335.4391
182.94531.7857-2.18013.85080.34362.62860.34560.0705-0.0763-1.0359-0.65530.72740.18970.48130.43870.53780.2847-0.1360.6838-0.14950.523971.893753.236143.6427
194.9873-0.40920.01272.6919-0.44833.467-0.15160.234-0.2455-0.00920.11510.1192-0.04280.20760.0430.1906-0.04590.00110.2534-0.01040.21657.143364.258651.639
204.21613.2360.45913.82720.27051.9459-0.40090.71410.4772-0.47740.52360.59040.0668-0.4179-0.07450.4398-0.1246-0.09190.69010.06290.460631.013155.471837.5649
218.20233.4822.32265.1833.18355.87630.2059-0.5901-0.090.2908-0.10930.16350.5087-0.1768-0.11760.315-0.02520.06630.33570.05170.255835.71344.943877.6279
221.59680.6845-0.56311.0568-0.91232.2176-0.04660.16330.0701-0.09770.2540.24350.1386-0.4738-0.20560.2633-0.0624-0.03870.30880.03530.310630.532649.947956.274
232.21070.1236-0.40642.4869-0.66462.99770.12510.35620.9311-0.09810.43920.3592-0.7637-0.7119-0.32920.4970.13130.07280.71650.33440.920316.096466.578654.8688
242.1571.6008-1.09722.1801-1.28332.2329-0.1460.30310.052-0.23880.1901-0.00750.1965-0.1177-0.03430.2763-0.0097-0.04860.3168-0.00030.293246.126860.009744.0976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 347 through 451 )A347 - 451
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 452 through 500 )A452 - 500
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 501 through 582 )A501 - 582
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 583 through 608 )A583 - 608
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 350 through 398 )B350 - 398
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 399 through 451 )B399 - 451
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 452 through 500 )B452 - 500
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 501 through 581 )B501 - 581
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 582 through 607 )B582 - 607
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 351 through 373 )C351 - 373
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 374 through 398 )C374 - 398
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 399 through 411 )C399 - 411
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 412 through 451 )C412 - 451
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 452 through 482 )C452 - 482
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 483 through 500 )C483 - 500
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 501 through 518 )C501 - 518
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 519 through 534 )C519 - 534
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 535 through 556 )C535 - 556
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 557 through 582 )C557 - 582
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 583 through 607 )C583 - 607
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 350 through 373 )D350 - 373
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 374 through 451 )D374 - 451
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 452 through 556 )D452 - 556
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 557 through 607 )D557 - 607

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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