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- PDB-6y21: Crystal structure of delta466-491 cystathionine beta-synthase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y21
タイトルCrystal structure of delta466-491 cystathionine beta-synthase from Toxoplasma gondii with L-Cystathionine
要素Cystathionine beta-synthase
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Transulfuration / cystathionine / hydrogen sulfide / CBS / homocysteine / serine
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine beta-synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine biosynthetic process via cystathionine / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain ...Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P1T / Cystathionine beta-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Fernandez-Rodriguez, C. / Oyenarte, I. / Conter, C. / Gonzalez-Recio, I. / Quintana, I. / Martinez-Chantar, M. / Astegno, A. / Martinez-Cruz, L.A.
資金援助 スペイン, 4件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BFU2013-47531-R スペイン
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BES-2014-068464 スペイン
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BFU2016-77408-R スペイン
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BES-2017-080435 スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cystathionine Beta-synthase from Toxoplasma gondii with PLP-Cystathionine
著者: Fernandez-Rodriguez, C. / Oyenarte, I. / Conter, C. / Gonzalez-Recio, I. / Quintana, I. / Martinez-Chantar, M. / Astegno, A. / Martinez-Cruz, L.A.
履歴
登録2020年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Cystathionine beta-synthase
A: Cystathionine beta-synthase
B: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,8296
ポリマ－167,8753
非ポリマー9553
水00
1
D: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子

D: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5534
ポリマ－111,9172
非ポリマー6362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area8750 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area36830 Å2
手法PISA
2
A: Cystathionine beta-synthase
B: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5534
ポリマ－111,9172
非ポリマー6362
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area36900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.006, 83.006, 421.373
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 158 or (resid 159...
21(chain B and (resid 6 through 193 or (resid 194...
31(chain D and (resid 6 through 158 or (resid 159...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAASPASP(chain A and (resid 6 through 158 or (resid 159...AB6 - 1586 - 158
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 6 through 158 or (resid 159...AB159159
13ALAALAP1TP1T(chain A and (resid 6 through 158 or (resid 159...AB - E6 - 6016
14ALAALAP1TP1T(chain A and (resid 6 through 158 or (resid 159...AB - E6 - 6016
15ALAALAP1TP1T(chain A and (resid 6 through 158 or (resid 159...AB - E6 - 6016
16ALAALAP1TP1T(chain A and (resid 6 through 158 or (resid 159...AB - E6 - 6016
21ALAALAGLYGLY(chain B and (resid 6 through 193 or (resid 194...BC6 - 1936 - 193
22THRTHRTHRTHR(chain B and (resid 6 through 193 or (resid 194...BC194194
23ALAALAP1TP1T(chain B and (resid 6 through 193 or (resid 194...BC - F6 - 6016
24ALAALAP1TP1T(chain B and (resid 6 through 193 or (resid 194...BC - F6 - 6016
25ALAALAP1TP1T(chain B and (resid 6 through 193 or (resid 194...BC - F6 - 6016
26ALAALAP1TP1T(chain B and (resid 6 through 193 or (resid 194...BC - F6 - 6016
31ALAALAASPASP(chain D and (resid 6 through 158 or (resid 159...DA6 - 1586 - 158
32GLNGLNGLNGLN(chain D and (resid 6 through 158 or (resid 159...DA159159
33ALAALAP1TP1T(chain D and (resid 6 through 158 or (resid 159...DA - D6 - 6016
34ALAALAP1TP1T(chain D and (resid 6 through 158 or (resid 159...DA - D6 - 6016
35ALAALAP1TP1T(chain D and (resid 6 through 158 or (resid 159...DA - D6 - 6016
36ALAALAP1TP1T(chain D and (resid 6 through 158 or (resid 159...DA - D6 - 6016

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要素

#1: タンパク質 Cystathionine beta-synthase


分子量: 55958.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (strain ATCC 50611 / Me49) (トキソプラズマ)
遺伝子: TGME49_259180
発現宿主: Toxoplasma gondii ME49 (トキソプラズマ)
参照: UniProt: A0A125YSJ9, cystathionine beta-synthase
#2: 化合物 ChemComp-P1T / 2-[({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)AMINO]ACRYLIC ACID


分子量: 318.220 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 / 詳細: 9% PEG 3350, 0.1M MES pH 6.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.547→210.687 Å / Num. obs: 17599 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 18.6 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.229 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.235 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 327391
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.547-3.80119.12.695168088820.490.632.7691.451.1
10.959-210.68614.20.064124398780.990.0170.06732.799.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JBQ

1jbq


解像度: 3.6→68.034 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2905 836 4.79 %
Rwork0.2626 --
obs0.2639 17444 84.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 196.85 Å2 / Biso mean: 107.1945 Å2 / Biso min: 68.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→68.034 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10724 0 63 0 10787
Biso mean--86.59 --
残基数----1425
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6836X-RAY DIFFRACTION4.58TORSIONAL
12B6836X-RAY DIFFRACTION4.58TORSIONAL
13D6836X-RAY DIFFRACTION4.58TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.6005-3.8260.3784440.341790429
3.826-4.12140.29851460.3219246677
4.1214-4.53610.30151620.28593204100
4.5361-5.19230.28561420.26653275100
5.1923-6.54090.33481710.28683284100
6.5409-67.980.2571710.22153475100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.9562 Å / Origin y: 5.6448 Å / Origin z: 36.8919 Å
111213212223313233
T0.8103 Å2-0.1424 Å2-0.0466 Å2-0.6666 Å2-0.0658 Å2--0.9597 Å2
L0.5438 °2-0.4071 °2-0.285 °2-0.0036 °20.0098 °2--0.6362 °2
S0.067 Å °0.0053 Å °-0.0181 Å °0.016 Å °-0.1207 Å °-0.0237 Å °0.1483 Å °0.02 Å °0.047 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allD6 - 601
2X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 601
3X-RAY DIFFRACTION1allB6 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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