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- PDB-1jbq: STRUCTURE OF HUMAN CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE: A UNIQUE PYRIDOXA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1jbq
タイトルSTRUCTURE OF HUMAN CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE: A UNIQUE PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE DEPENDENT HEMEPROTEIN
要素CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
キーワードLYASE / Fold type II of PLP enzymes
機能・相同性
機能・相同性情報


Cysteine formation from homocysteine / homocysteine catabolic process / modified amino acid binding / cystathionine beta-synthase / cystathionine beta-synthase activity / L-serine catabolic process / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / cysteine biosynthetic process via cystathionine / carbon monoxide binding ...Cysteine formation from homocysteine / homocysteine catabolic process / modified amino acid binding / cystathionine beta-synthase / cystathionine beta-synthase activity / L-serine catabolic process / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / cysteine biosynthetic process via cystathionine / carbon monoxide binding / homocysteine metabolic process / hydrogen sulfide biosynthetic process / L-serine metabolic process / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / L-cysteine catabolic process / cerebellum morphogenesis / cysteine biosynthetic process / response to folic acid / endochondral ossification / transsulfuration / cysteine biosynthetic process from serine / nitric oxide binding / DNA protection / S-adenosyl-L-methionine binding / regulation of JNK cascade / nitrite reductase (NO-forming) activity / superoxide metabolic process / blood vessel remodeling / maternal process involved in female pregnancy / blood vessel diameter maintenance / oxygen binding / pyridoxal phosphate binding / cellular response to hypoxia / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cystathionine beta-synthase, C-terminal domain / Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. ...Cystathionine beta-synthase, C-terminal domain / Cystathionine beta-synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cystathionine beta-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Meier, M. / Janosik, M. / Kery, V. / Kraus, J.P. / Burkhard, P.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Structure of human cystathionine beta-synthase: a unique pyridoxal 5'-phosphate-dependent heme protein.
著者: Meier, M. / Janosik, M. / Kery, V. / Kraus, J.P. / Burkhard, P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the active core of human recombinant cystathionine beta-synthase: an enzyme involved in vascular disease.
著者: Janosik, M. / Meier, M. / Kery, V. / Oliveriusova, J. / Burkhard, P. / Kraus, J.P.
履歴
登録2001年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
B: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
C: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
D: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
E: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
F: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,30218
ポリマ－285,1206
非ポリマー5,18212
水2,774154
1
A: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
B: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7676
ポリマ－95,0402
非ポリマー1,7274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area26160 Å2
手法PISA
2
C: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
D: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7676
ポリマ－95,0402
非ポリマー1,7274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area25980 Å2
手法PISA
3
E: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
F: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7676
ポリマ－95,0402
非ポリマー1,7274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.520, 144.520, 108.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE / E.C.4.2.1.22 / CYSTATHIONINE-BETA-SYNTHASE / SERINE SULFHYDRASE / BETA-THIONASE


分子量: 47520.074 Da / 分子数: 6 / 断片: THE ACTIVE CORE / 変異: DELETION 414-551, EXTRA 23 RESIDUES AT N-TERMINUS / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MINOR ISOFORM / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX-5X-1HCBSD414-551 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE MRF / 参照: UniProt: P35520, cystathionine beta-synthase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 1000, HEPES, pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
詳細: Janosik, M., (2001) Acta Crystallogr., Sect.D, 57, 289.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
126 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1drop
330 %PEG10001reservoir
480 mMHEPES1reservoir
50.4 mM1reservoirFeCl3

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM1A10.97
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A21.74
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1999年9月26日
MARRESEARCH2CCD2000年1月26日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1channel-cut monochromator Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystal focussing monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
21.741
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 87368 / Num. obs: 63971 / % possible obs: 82.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 65.1
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 63.9 % / Rmerge(I) obs: 0.309

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D6S

1d6s


解像度: 2.6→43.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 3036819.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues THR 193 and GLU 201 are disordered in all chains.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 3219 5 %RANDOM
Rwork0.257 ---
obs0.257 63971 82.3 %-
all-87368 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.57 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.78 Å28.67 Å20 Å2
2--4.78 Å20 Å2
3----9.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16020 0 348 154 16522
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.671.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.292.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 121 3.9 %
Rwork0.3 2991 -
obs-2991 21.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PLP_HEM.PARAMPLP_HEM.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 37.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.358 / % reflection Rfree: 3.9 % / Rfactor Rwork: 0.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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