[日本語] English
万見
- PDB-6hgo: Crystal Structure of human IL-17F -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hgo
タイトルCrystal Structure of human IL-17F
要素Interleukin-17F
キーワードIMMUNE SYSTEM / cystine-knot / cytokine
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / regulation of interleukin-2 production / positive regulation of lymphotoxin A production / regulation of interleukin-8 production / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding ...regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / regulation of interleukin-2 production / positive regulation of lymphotoxin A production / regulation of interleukin-8 production / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cartilage development / regulation of interleukin-6 production / cytokine binding / negative regulation of angiogenesis / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / positive regulation of interleukin-6 production / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / protein heterodimerization activity / innate immune response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17, chordata / Interleukin-17 family / Interleukin-17 / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rondeau, J.M. / Goepfert, A.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2020
タイトル: Structural Analysis Reveals that the Cytokine IL-17F Forms a Homodimeric Complex with Receptor IL-17RC to Drive IL-17RA-Independent Signaling.
著者: Goepfert, A. / Lehmann, S. / Blank, J. / Kolbinger, F. / Rondeau, J.M.
履歴
登録2018年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interleukin-17F
B: Interleukin-17F
C: Interleukin-17F
D: Interleukin-17F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9689
ポリマ－62,7844
非ポリマー1,1845
水4,035224
1
A: Interleukin-17F
B: Interleukin-17F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0374
ポリマ－31,3922
非ポリマー6462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7440 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area14740 Å2
手法PISA
2
C: Interleukin-17F
D: Interleukin-17F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9305
ポリマ－31,3922
非ポリマー5383
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.195, 126.195, 88.539
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
Interleukin-17F / IL-17F / Cytokine ML-1


分子量: 15695.895 Da / 分子数: 4 / 断片: IL-17F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17F / プラスミド: pCI-derived / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96PD4
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 200mM ammonium sulfate, 20.0% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99985 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月8日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→63.1 Å / Num. obs: 46829 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.193 % / Biso Wilson estimate: 48.76 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 18.6 / Num. measured all: 477335 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.1510.1171.4131.6634210.6031.488100
2.15-2.2110.5981.122.1533820.7511.177100
2.21-2.2810.4380.9372.6532550.7820.986100
2.28-2.3510.4120.6663.6331960.8880.701100
2.35-2.4210.2310.5354.5130700.9210.563100
2.42-2.519.7440.4185.6129920.9520.442100
2.51-2.69.9750.3267.2128740.9680.344100
2.6-2.7110.610.2469.7827530.980.259100
2.71-2.8310.6110.18512.5126610.990.194100
2.83-2.9710.5140.13816.8125440.9940.145100
2.97-3.1310.2740.10421.5324190.9960.11100
3.13-3.329.7260.07927.3622960.9980.083100
3.32-3.5510.0410.06235.6321470.9980.065100
3.55-3.8310.310.05241.2620140.9990.054100
3.83-4.210.0240.04247.5118510.9990.04599.9
4.2-4.79.3270.03850.7816820.9990.04100
4.7-5.429.7120.03553.4914680.9990.037100
5.42-6.6410.40.03552.4712720.9990.037100
6.64-9.399.5980.02855.9797310.03100
9.39-63.110.0750.02364.335590.9990.02499.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSSept. 26, 2012データ削減
XSCALEJuly 4, 2012データスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1JPY

1jpy


解像度: 2.1→63.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU R Cruickshank DPI: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.137
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 2342 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.2 46829 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 180.18 Å2 / Biso mean: 60.96 Å2 / Biso min: 25.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2041 Å20 Å20 Å2
2---0.2041 Å20 Å2
3---0.4082 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→63.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3862 0 75 224 4161
Biso mean--100.86 53.25 -
残基数----496
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1425SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes111HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes574HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4041HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion554SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4559SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4041HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5508HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.18
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.59
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 171 5.01 %
Rwork0.2273 3242 -
all0.228 3413 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.13151.4795-1.95341.8027-0.9174.04930.2132-0.2171-0.04280.2251-0.0997-0.1556-0.75650.1802-0.1135-0.0654-0.0569-0.0397-0.1863-0.0011-0.096131.9053-37.79192.9862
21.7290.7915-1.27181.6104-0.63773.7507-0.05540.068-0.0256-0.12180.0175-0.0054-0.3347-0.17610.0379-0.131-0.0372-0.0294-0.11110.0208-0.091828.0549-42.4912-3.2951
33.26320.6821.23780.83680.24414.92480.1015-0.3439-0.2308-0.0806-0.0341-0.19140.85910.1712-0.0675-0.1354-0.04490.0185-0.1661-0.0024-0.126236.5956-67.3922.3203
42.15470.28380.24160.6595-0.34354.9532-0.0902-0.13510.0835-0.16280.0068-0.1340.37190.77120.0835-0.1878-0.01820.0177-0.0946-0.0379-0.130240.8928-62.9173-2.8244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A38 - 163
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B37 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C34 - 160
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D38 - 158

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る