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- PDB-6hby: HLA class II peptide flanking residues tune the immunogenicity of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hby
タイトルHLA class II peptide flanking residues tune the immunogenicity of a human tumor-derived epitope
要素
  • (HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha ...) x 2
  • ARRPPLAELAALNLSGSRL 5T4 tumour epitope
  • HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA Class II / MHC II / Human / 5T4 tumor epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


mesenchymal cell migration / dendrite arborization / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity ...mesenchymal cell migration / dendrite arborization / regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / olfactory learning / positive regulation of chemotaxis / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / CD4 receptor binding / positive regulation of synapse assembly / intermediate filament / T-helper 1 type immune response / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / synaptic transmission, GABAergic / polysaccharide binding / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / Generation of second messenger molecules / macrophage differentiation / immunological synapse / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / detection of bacterium / T cell receptor binding / negative regulation of T cell proliferation / axon terminus / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein localization to plasma membrane / cell chemotaxis / protein tetramerization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cognition / endocytic vesicle membrane / positive regulation of protein phosphorylation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / Downstream TCR signaling / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / adaptive immune response / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / positive regulation of MAPK cascade / immune response / Golgi membrane / negative regulation of cell population proliferation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain ...: / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Trophoblast glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者MacLachlan, B. / Rizkallah, P.J. / Sewell, A.K. / Cole, D.K. / Godkin, A.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Human leukocyte antigen (HLA) class II peptide flanking residues tune the immunogenicity of a human tumor-derived epitope.
著者: MacLachlan, B.J. / Dolton, G. / Papakyriakou, A. / Greenshields-Watson, A. / Mason, G.H. / Schauenburg, A. / Besneux, M. / Szomolay, B. / Elliott, T. / Sewell, A.K. / Gallimore, A. / ...著者: MacLachlan, B.J. / Dolton, G. / Papakyriakou, A. / Greenshields-Watson, A. / Mason, G.H. / Schauenburg, A. / Besneux, M. / Szomolay, B. / Elliott, T. / Sewell, A.K. / Gallimore, A. / Rizkallah, P. / Cole, D.K. / Godkin, A.
履歴
登録2018年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
C: ARRPPLAELAALNLSGSRL 5T4 tumour epitope
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
F: ARRPPLAELAALNLSGSRL 5T4 tumour epitope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,16636
ポリマ－90,1396
非ポリマー2,02730
水5,152286
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
C: ARRPPLAELAALNLSGSRL 5T4 tumour epitope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,22622
ポリマ－44,9483
非ポリマー1,27819
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
F: ARRPPLAELAALNLSGSRL 5T4 tumour epitope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,94014
ポリマ－45,1923
非ポリマー74911
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.960, 121.290, 68.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUGLUGLUAA3 - 1791 - 177
21GLUGLUGLUGLUDD3 - 1792 - 178
12GLYGLYARGARGBB1 - 1892 - 190
22GLYGLYARGARGEE1 - 1892 - 190
13ALAALALEULEUCC2 - 201 - 19
23ALAALALEULEUFF2 - 201 - 19

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha ... , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 20727.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / Variant: *01:01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01903
#4: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 20971.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / Variant: *01:01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01903

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 BECF

#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain / MHC class II antigen DRB1*1 / DR1


分子量: 22211.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / Variant: *01:01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04229, UniProt: P01911*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド ARRPPLAELAALNLSGSRL 5T4 tumour epitope


分子量: 2008.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13641*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 316分子

#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→60.64 Å / Num. obs: 64792 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.913 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4807 / CC1/2: 0.589 / Rrim(I) all: 1.295 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→60.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 7.678 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.159 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 3165 4.9 %RANDOM
Rwork0.19307 ---
obs0.19539 61597 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.763 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.38 Å20 Å2-0.14 Å2
2--0.4 Å2-0 Å2
3----2.26 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→60.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6351 0 125 286 6762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0196648
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.026179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8661.958995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4314182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3935775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9723.391345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.267151062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5951558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0217420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3352.7393112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3242.7373111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4824.0863883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4824.0893884
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0743.1493536
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0263.1223516
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6034.5315083
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.08322.3337012
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.04822.1866959
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A198740.08
12D198740.08
21B208580.09
22E208580.09
31C14100.19
32F14100.19
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 247 -
Rwork0.325 4557 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0547-1.72340.79771.9013-1.06532.7772-0.0294-0.12320.21490.1319-0.0057-0.1296-0.2741-0.04820.03510.1651-0.0044-0.01710.0131-0.00690.017548.718411.6656100.3156
22.1161-0.0468-0.05973.7641-2.42884.1410.04490.41670.2446-0.3288-0.2023-0.3868-0.2070.47470.15740.2333-0.00850.02610.15410.04440.081860.459413.749280.051
31.1018-0.1931-0.60591.6648-0.89742.4937-0.0005-0.0071-0.26440.01640.00330.1483-0.0854-0.1301-0.00270.15460.0412-0.03230.01940.00050.083842.1756-0.096102.2921
41.4049-1.2973-1.6761.88571.73346.35610.12580.4416-0.1436-0.3456-0.24450.1767-0.2088-0.81410.11870.32290.0575-0.01920.2259-0.02610.021142.057110.141863.4596
511.3139-9.31714.286910.3463-6.2155.1877-0.6211-0.43921.41121.0782-0.0655-1.4868-0.8544-0.14810.68660.3397-0.0054-0.14740.28020.07250.248642.826811.2609108.7211
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2A89 - 180
3X-RAY DIFFRACTION3B5 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4B93 - 190
5X-RAY DIFFRACTION5C2 - 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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