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- PDB-6gzj: Complex between the dynein light chain DYNLL1/DLC8 and the specif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gzj
タイトルComplex between the dynein light chain DYNLL1/DLC8 and the specific domain of large myelin-associated glycoprotein L-MAG
要素
  • Dynein light chain 1, cytoplasmic
  • Myelin-associated glycoprotein
キーワードPROTEIN BINDING / complex / heterotetramer / cell adhesion / cytoplasmic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


mesaxon / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / nitric-oxide synthase inhibitor activity / Basigin interactions / negative regulation of DNA strand resection involved in replication fork processing / intraciliary retrograde transport / ganglioside GT1b binding / motile cilium assembly / central nervous system myelination / sialic acid binding ...mesaxon / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / nitric-oxide synthase inhibitor activity / Basigin interactions / negative regulation of DNA strand resection involved in replication fork processing / intraciliary retrograde transport / ganglioside GT1b binding / motile cilium assembly / central nervous system myelination / sialic acid binding / Activation of BIM and translocation to mitochondria / ciliary tip / positive regulation of myelination / myelin sheath adaxonal region / central nervous system myelin formation / negative regulation of axon extension / Intraflagellar transport / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / paranode region of axon / Schmidt-Lanterman incisure / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of astrocyte differentiation / dynein complex / negative regulation of phosphorylation / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / cytoplasmic dynein complex / enzyme inhibitor activity / axon regeneration / dynein intermediate chain binding / Macroautophagy / transmission of nerve impulse / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / spermatid development / negative regulation of neuron differentiation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / COPI-mediated anterograde transport / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / axon cytoplasm / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / substantia nigra development / MHC class II antigen presentation / myelination / AURKA Activation by TPX2 / RHO GTPases Activate Formins / mitotic spindle / kinetochore / cilium / Aggrephagy / HCMV Early Events / cellular response to mechanical stimulus / Separation of Sister Chromatids / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / negative regulation of neuron projection development / myelin sheath / site of double-strand break / scaffold protein binding / carbohydrate binding / microtubule / negative regulation of neuron apoptotic process / cytoskeleton / cell adhesion / membrane raft / signaling receptor binding / centrosome / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1 / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain ...Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1 / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myelin-associated glycoprotein / Dynein light chain 1, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.977 Å
データ登録者Myllykoski, M. / Kursula, P.
引用ジャーナル: J. Neurochem. / 年: 2018
タイトル: High-affinity heterotetramer formation between the large myelin-associated glycoprotein and the dynein light chain DYNLL1.
著者: Myllykoski, M. / Eichel, M.A. / Jung, R.B. / Kelm, S. / Werner, H.B. / Kursula, P.
履歴
登録2018年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Myelin-associated glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6963
ポリマ－16,6612
非ポリマー351
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area5730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.050, 44.050, 204.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Dynein light chain 1, cytoplasmic / 8 kDa dynein light chain / DLC8 / Dynein light chain LC8-type 1 / Protein inhibitor of neuronal ...8 kDa dynein light chain / DLC8 / Dynein light chain LC8-type 1 / Protein inhibitor of neuronal nitric oxide synthase / PIN


分子量: 10468.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYNLL1, DLC1, DNCL1, DNCLC1, HDLC1 / プラスミド: pJExpress401 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63167
#2: タンパク質 Myelin-associated glycoprotein / Siglec-4a


分子量: 6191.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P20917
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M lithium sulfate, and 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07175 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07175 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.977→50 Å / Num. obs: 7535 / % possible obs: 82.8 % / 冗長度: 17.6 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.977→2.03 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.813 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 62 / CC1/2: 0.902 / Rrim(I) all: 0.854 / % possible all: 9.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZKE

3zke


解像度: 1.977→38.148 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.19
詳細: Refinement was carried out with a set of data that has been anisotropically truncated, due to the strong anisotropy of the crystals. Hydrogen atoms were added to their riding positions.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 346 4.61 %
Rwork0.1915 --
obs0.1931 7511 83.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.977→38.148 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数800 0 1 15 816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1351098
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.206489
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006138
LS精密化 シェル解像度: 1.9774→2.4912 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2746 117 -
Rwork0.2449 2740 -
obs--66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.43631.19470.00242.62210.53371.4360.21180.0141-0.09730.05920.2061-0.1245-0.46420.20120.49240.8363-0.2943-0.22220.26560.06340.5406-10.915220.5423-7.5058
21.9969-2.03161.07644.407-1.28360.59860.1101-0.25740.28661.15880.1938-0.0801-0.652-0.04460.19471.0008-0.08120.050.1317-0.03080.2905-15.915616.31090.0164
33.50020.87310.15230.22810.14132.5870.1305-0.4070.11950.93290.12590.4716-0.3356-0.7326-0.21410.54880.05860.1520.26580.06350.2295-22.493510.748-5.909
43.08050.59240.0962.8132-0.22483.55240.03630.15960.66550.82960.345-0.0025-1.1429-0.1571-0.06430.5095-0.03750.0440.10880.02920.2387-16.624416.8067-13.1359
53.8829-4.6589-2.75458.08812.18628.8912-0.02510.56721.53620.08750.0615-0.7314-1.696-0.2047-0.12080.579-0.0580.03760.40990.15890.5087-15.592320.3217-19.4034
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 31 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 32 through 59 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 60 through 89 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 606 through 615 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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