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- PDB-6gzl: Complex between the dynein light chain DYNLL1/DLC8 and a peptide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gzl
タイトルComplex between the dynein light chain DYNLL1/DLC8 and a peptide from the large myelin-associated glycoprotein L-MAG
要素
  • Dynein light chain 1, cytoplasmic
  • PRO-THR-LYS-ASP-SER-TYR-THR-LEU-THR-GLU-GLU-LEU
キーワードPROTEIN BINDING / complex / heterotetramer / cell adhesion / cytoplasmic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


mesaxon / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / compact myelin / Basigin interactions / nitric-oxide synthase inhibitor activity / negative regulation of DNA strand resection involved in replication fork processing / intraciliary retrograde transport / ganglioside GT1b binding / negative regulation of phosphorylation / motile cilium assembly ...mesaxon / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / compact myelin / Basigin interactions / nitric-oxide synthase inhibitor activity / negative regulation of DNA strand resection involved in replication fork processing / intraciliary retrograde transport / ganglioside GT1b binding / negative regulation of phosphorylation / motile cilium assembly / Activation of BIM and translocation to mitochondria / myelin sheath adaxonal region / positive regulation of astrocyte differentiation / sialic acid binding / negative regulation of axon extension / central nervous system myelination / central nervous system myelin formation / paranode region of axon / positive regulation of myelination / Intraflagellar transport / Schmidt-Lanterman incisure / positive regulation of intracellular transport / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / axon regeneration / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / negative regulation of neuron differentiation / cytoplasmic dynein complex / spermatid development / Macroautophagy / dynein intermediate chain binding / transmission of nerve impulse / tertiary granule membrane / male germ cell nucleus / ficolin-1-rich granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / myelination / ciliary tip / axon cytoplasm / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / substantia nigra development / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / AURKA Activation by TPX2 / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / enzyme inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of neuron projection development / myelin sheath / cell-cell adhesion / cellular response to mechanical stimulus / RHO GTPases Activate Formins / mitotic spindle / kinetochore / HCMV Early Events / Aggrephagy / Separation of Sister Chromatids / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / site of double-strand break / carbohydrate binding / scaffold protein binding / cilium / negative regulation of neuron apoptotic process / microtubule / cytoskeleton / cell adhesion / membrane raft / signaling receptor binding / centrosome / apoptotic process / Neutrophil degranulation / DNA damage response / protein kinase binding / protein-containing complex binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / DNA-templated transcription / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / : / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / CD80-like, immunoglobulin C2-set ...Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / : / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myelin-associated glycoprotein / Dynein light chain 1, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.953 Å
データ登録者Myllykoski, M. / Kursula, P.
引用ジャーナル: J. Neurochem. / 年: 2018
タイトル: High-affinity heterotetramer formation between the large myelin-associated glycoprotein and the dynein light chain DYNLL1.
著者: Myllykoski, M. / Eichel, M.A. / Jung, R.B. / Kelm, S. / Werner, H.B. / Kursula, P.
履歴
登録2018年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: PRO-THR-LYS-ASP-SER-TYR-THR-LEU-THR-GLU-GLU-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5523
ポリマ－12,5162
非ポリマー351
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area5760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.730, 43.730, 205.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Dynein light chain 1, cytoplasmic / 8 kDa dynein light chain / DLC8 / Dynein light chain LC8-type 1 / Protein inhibitor of neuronal ...8 kDa dynein light chain / DLC8 / Dynein light chain LC8-type 1 / Protein inhibitor of neuronal nitric oxide synthase / PIN


分子量: 10468.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYNLL1, DLC1, DNCL1, DNCLC1, HDLC1 / プラスミド: pJExpress401 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63167
#2: タンパク質・ペプチド PRO-THR-LYS-ASP-SER-TYR-THR-LEU-THR-GLU-GLU-LEU


分子量: 2047.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P20917*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M lithium sulfate, and 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 6139 / % possible obs: 65.7 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Rrim(I) all: 0.222 / Net I/σ(I): 13.34
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 1.812 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 26 / CC1/2: 0.469 / Rrim(I) all: 1.901 / % possible all: 3.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZKE

3zke


解像度: 1.953→37.871 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.28
詳細: Refinement was carried out against anisotropically truncated data. Hydrogen atoms were added at their riding positions.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2511 290 4.79 %
Rwork0.2122 --
obs0.214 6052 65.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.953→37.871 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数811 0 1 39 851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008857
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9451157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.831516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004149
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9535-2.46110.295570.24361220X-RAY DIFFRACTION29
2.4611-37.87840.24532330.20764542X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27560.18650.00661.16580.2690.2830.0726-0.1111-0.19590.60320.01740.04030.5035-0.0275-0.01990.4995-0.0208-0.01030.1263-0.00040.134117.2395-14.1599-3.4329
20.62530.7060.72291.81470.71871.71190.07040.0031-0.17770.39810.0514-0.06890.48720.12810.03230.2391-0.0069-0.03660.0872-0.0350.066917.9728-16.0984-12.509
30.4851.21760.30573.38610.89754.07370.01430.3393-0.7638-0.1078-0.11910.58730.39160.01450.07950.2217-0.0263-0.0070.1118-0.03590.1512.7538-18.2961-19.2199
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 89 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 606 through 617 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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