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- PDB-5lxy: Structure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lxy
タイトルStructure of the minimal RBM7 - ZCCHC8 Complex
要素
  • RNA-binding protein 7
  • Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
キーワードRNA BINDING PROTEIN / NEXT Complex RRM RBM7 ZCCHC8
機能・相同性
機能・相同性情報


co-transcriptional lncRNA 3' end processing, cleavage and polyadenylation pathway / snRNA catabolic process / TRAMP complex / snRNA binding / mRNA 3'-end processing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA intronic binding / RNA processing / 14-3-3 protein binding / catalytic step 2 spliceosome ...co-transcriptional lncRNA 3' end processing, cleavage and polyadenylation pathway / snRNA catabolic process / TRAMP complex / snRNA binding / mRNA 3'-end processing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / pre-mRNA intronic binding / RNA processing / 14-3-3 protein binding / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / meiotic cell cycle / mRNA splicing, via spliceosome / single-stranded RNA binding / nuclear body / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
RBM7, RNA recognition motif / : / : / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...RBM7, RNA recognition motif / : / : / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Zinc finger CCHC domain-containing protein 8 / RNA-binding protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Falk, S. / Finogenova, K. / Benda, C. / Conti, E.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structure of the RBM7-ZCCHC8 core of the NEXT complex reveals connections to splicing factors.
著者: Falk, S. / Finogenova, K. / Melko, M. / Benda, C. / Lykke-Andersen, S. / Jensen, T.H. / Conti, E.
履歴
登録2016年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein 7
D: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
B: RNA-binding protein 7
C: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
E: RNA-binding protein 7
F: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
G: RNA-binding protein 7
H: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
I: RNA-binding protein 7
J: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
K: RNA-binding protein 7
L: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
M: RNA-binding protein 7
N: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,63323
ポリマ－105,91414
非ポリマー7199
水543
1
A: RNA-binding protein 7
D: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2103
ポリマ－15,1312
非ポリマー801
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6400 Å2
手法PISA
2
B: RNA-binding protein 7
C: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2904
ポリマ－15,1312
非ポリマー1602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6140 Å2
手法PISA
3
E: RNA-binding protein 7
F: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2103
ポリマ－15,1312
非ポリマー801
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6290 Å2
手法PISA
4
G: RNA-binding protein 7
H: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2904
ポリマ－15,1312
非ポリマー1602
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area5920 Å2
手法PISA
5
I: RNA-binding protein 7
J: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2103
ポリマ－15,1312
非ポリマー801
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6400 Å2
手法PISA
6
K: RNA-binding protein 7
L: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2103
ポリマ－15,1312
非ポリマー801
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6090 Å2
手法PISA
7
M: RNA-binding protein 7
N: Zinc finger CCHC domain-containing protein 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2103
ポリマ－15,1312
非ポリマー801
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.771, 66.575, 111.912
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.570, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-103-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
RNA-binding protein 7 / RNA-binding motif protein 7


分子量: 10032.661 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBM7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y580
#2: タンパク質・ペプチド
Zinc finger CCHC domain-containing protein 8 / TRAMP-like complex RNA-binding factor ZCCHC8


分子量: 5097.909 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZCCHC8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NZY4
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris-Propane 0.2 M NaBr 0.1 M Sodium malonate 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→71.79 Å / Num. obs: 24933 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / CC1/2: 0.62 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LXR

5lxr


解像度: 2.85→71.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.866 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 1245 5 %RANDOM
Rwork0.2618 ---
obs-24232 99.78 %-
原子変位パラメータBiso max: 244.62 Å2 / Biso min: 32.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→71.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5485 0 9 3 5497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195621
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.977693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.767311372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1665760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.80522.529174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.57315643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9521518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.2901
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.2411.0223112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.24111.0213111
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.0916.4913848
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å /
反射数%反射
Rwork1709 -
obs-99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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