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- PDB-2wlb: Adrenodoxin-like ferredoxin Etp1fd(516-618) of Schizosaccharomyce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wlb
タイトルAdrenodoxin-like ferredoxin Etp1fd(516-618) of Schizosaccharomyces pombe mitochondria
要素ELECTRON TRANSFER PROTEIN 1, MITOCHONDRIAL
キーワードELECTRON TRANSPORT / IRON-SULFUR / MITOCHONDRIA / IRON / TRANSPORT / FERREDOXIN / ADRENODOXIN-LIKE / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme biosynthesis / heme a synthase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, heme protein as acceptor / heme A biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / NADPH-hemoprotein reductase activity / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster binding ...Heme biosynthesis / heme a synthase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, heme protein as acceptor / heme A biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / NADPH-hemoprotein reductase activity / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Heme A synthase, type 2 / COX15/CtaA family / Cytochrome oxidase assembly protein / Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain ...Heme A synthase, type 2 / COX15/CtaA family / Cytochrome oxidase assembly protein / Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Heme A synthase-mitochondrial ferredoxin fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mueller, J.J. / Hannemann, F. / Schiffler, B. / Bernhardt, R. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Thermodynamic Characterization of the Adrenodoxin-Like Domain of the Electron-Transfer Protein Etp1 from Schizosaccharomyces Pombe.
著者: Mueller, J.J. / Hannemann, F. / Schiffler, B. / Ewen, K.M. / Kappl, R. / Heinemann, U. / Bernhardt, R.
履歴
登録2009年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月19日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52019年10月9日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ELECTRON TRANSFER PROTEIN 1, MITOCHONDRIAL
B: ELECTRON TRANSFER PROTEIN 1, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9654
ポリマ－22,6132
非ポリマー3522
水362
1
A: ELECTRON TRANSFER PROTEIN 1, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4822
ポリマ－11,3071
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ELECTRON TRANSFER PROTEIN 1, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4822
ポリマ－11,3071
非ポリマー1761
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.965, 81.965, 68.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A29 - 45
2111B29 - 45
1211A56 - 81
2211B56 - 81
1311A89 - 104
2311B89 - 104
1411A111 - 114
2411B111 - 114

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.6512, 0.2999, 0.6972), (-0.3867, 0.6593, -0.6448), (-0.653, -0.6895, -0.3133)-41.78, 12.68, -11.17
2given(-0.6512, 0.2999, 0.6972), (-0.3867, 0.6593, -0.6448), (-0.653, -0.6895, -0.3133)-41.78, 12.68, -11.17
3given(-0.6512, 0.2999, 0.6972), (-0.3867, 0.6593, -0.6448), (-0.653, -0.6895, -0.3133)-41.78, 12.68, -11.17
4given(-0.6512, 0.2999, 0.6972), (-0.3867, 0.6593, -0.6448), (-0.653, -0.6895, -0.3133)-41.78, 12.68, -11.17

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要素

#1: タンパク質 ELECTRON TRANSFER PROTEIN 1, MITOCHONDRIAL / ETP1-FD


分子量: 11306.626 Da / 分子数: 2 / 断片: ADRENODOXIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 516-618 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q10361
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, 4 DEGR. CENTIGRADE. RESERVOIR: 0.04M HEPES,1.8M NA-CITRATE, 3% GLYCEROL,PH7.0. PROTEIN SOLUTION: 18.4MG/ML PROTEIN, 20MM POTASSIUMPHOSPHATE,PH7.4. 0.3 PLUS 0.3 MICROLITER DROPLET.

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU H2B / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月6日
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 8006 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 56.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.78 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SWISS-MODELLER位相決定
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1E6E,1AYF,1L6V,2BT6

1e6e

1ayf

1l6v

2bt6


解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 10.626 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.463 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 390 4.6 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 8006 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20.16 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1567 0 8 2 1577
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221597
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4532.0022161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91532597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5935202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.13225.7580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.90315275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7951510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.21138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.2823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.2901
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.237
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.310.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2321300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9331630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.764.5619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.2926527
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 812 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.040.05
2Btight positional0.040.05
1Atight thermal0.10.5
2Btight thermal0.10.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.389 47
Rwork0.348 745

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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