PDB-6gtp: Structure of the AtaT Y144F mutant toxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gtp

タイトル

Structure of the AtaT Y144F mutant toxin

要素

N-acetyltransferase

キーワード

TRANSCRIPTION / TA toxin / N-acetyl transferase / ribbon-helix-helix / RHH / bacterial repressor

機能・相同性

Acetyltransferase (GNAT) domain / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / ACETYL COENZYME *A / N-acetyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Garcia-Pino, A. / Jurenas, D.

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Mechanism of regulation and neutralization of the AtaR-AtaT toxin-antitoxin system.
著者: Jurenas, D. / Van Melderen, L. / Garcia-Pino, A.

履歴

登録	2018年6月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gtp.cif.gz	88.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gtp.ent.gz	65.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gtp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gtp_validation.pdf.gz	747.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gtp_full_validation.pdf.gz	749.5 KB	表示
XML形式データ	6gtp_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	6gtp_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/6gtp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/6gtp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gtoC 6gtqC 6gtrC 6gtsC 5fvjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ap1-d 4g9o-d 2c4c-1 4up2-4 5jj6-2 4dm5-d 5z2l-3 1nw4-3 5kss-d 4gad-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: N-acetyltransferase

ヘテロ分子

22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetyltransferase

ヘテロ分子

A: N-acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.102, 58.102, 216.685
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	N-acetyltransferase 分子量: 21986.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BWP17_00640, CVH05_12355 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1V3CQ74
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M calcium acetate hydrate, 0.1 M sodium acetate, 10%(w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→49.01 Å / Num. obs: 8089 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 62.03 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.51→2.55 Å / R_merge(I) obs: 1.52 / CC_1/2: 0.448 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FVJ

5fvj

解像度: 2.5→49.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU R Cruickshank DPI: 0.535 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.799 / SU R_free Blow DPI: 0.309 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.298

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	372	5.15 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.199	7226	88.3 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.21 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0141 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.0141 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.0281 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→49.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1375	0	54	42	1471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	1463	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.27	1997	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		478	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		243	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		1463	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.32
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.25
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		193	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		1687	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.8 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2725	-	5.26 %
R_work	0.2237	1224	-
all	0.2264	1292	-
obs	-	-	57.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.9802 Å / Origin y: 18.2011 Å / Origin z: 116.481 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.112 Å²	-0.0217 Å²	0.0236 Å²	-	-0.0422 Å²	0.0093 Å²	-	-	-0.1423 Å²
L	3.6697 °²	0.7901 °²	-0.2521 °²	-	2.2736 °²	-0.4865 °²	-	-	2.722 °²
S	-0.0333 Å °	0.0689 Å °	-0.2664 Å °	0.1144 Å °	0.0511 Å °	0.0563 Å °	0.2019 Å °	-0.0513 Å °	-0.0178 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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