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- PDB-4dm5: Putative Osmotically inducible lipoprotein OsmE characterization ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dm5 | ||||||
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Title | Putative Osmotically inducible lipoprotein OsmE characterization by Xray crystallography | ||||||
![]() | Osmotically inducible lipoprotein OsmE | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / lipoprotein | ||||||
Function / homology | Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / Lipoprotein SmpA/OmlA / SmpA / OmlA family / BamE-like / outer membrane / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Osmotically inducible lipoprotein OsmE![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mamelli, L. / Spinelli, S. / Goemaere, E. / Vuillard, L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Putative Osmotically inducible lipoprotein OsmE characterization by Xray crystallography Authors: Mamelli, L. / Spinelli, S. / Goemaere, E. / Vuillard, L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 157.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 131.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 474.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 483.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 11737.640 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 19-114 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Protein without leader peptide / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.95 Å3/Da / Density % sol: 36.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 9 Details: 0.01M Na-Borate, 1.7M Na-Citrate, Glycerol 2.5%, 0.01M Tris, 0.125M NaCl, 0.001M DTT , pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 16, 2011 |
Radiation | Monochromator: YALE MIRRORS / Protocol: SAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→39.49 Å / Num. obs: 104647 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 3.56 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.54 Å / Num. unique all: 7813 / % possible all: 92.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.82 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→39.49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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